多国列强的激烈争夺，引起了福建人民的关注。不知从何时起，一份署名《闽路公会劝股说帖》的传单在民间传发，个中揭发了列强争夺路权的阴谋，痛陈丧失路权的祸害。他们指出：“与外人合办不如自办，如若入外股，借外款，皆以分我之利，危我之局，终不得与联合同胞自筹资金筑路可比。”《闽报》也一针见血地指出：“此举（指路权让外）然仍不能收回外人之权利，悉系让其攫取吾民之脂膏。”《日日新闻报》也为此事发表社论：“铁路为一国存亡之所系”，全省人民要“上下一心，以保全路权为无上之要着。”
于是经当时贬黜退居在家的内阁学士陈宝琛和光禄寺卿张亨嘉的发起，一场以“自保利权”、“收回利权”，杜绝列强觊觎为目的，的抵抗运动巧然兴起。在“福建也应自办铁路”的口号下，广泛得到海内外侨胞和福建地方仁人志士的响应。于是光绪三十一年八月即1905年9月，“商办福建全省铁路总公司”在福州应运而生了。这不能不说在中国的铁路事业中，陈宝琛居功甚伟。
但是，只成立了公司还不行，接下来是更为艰巨的工作，啊就是筹集资金金。公司成立后，呈报北京商部核准，先行修筑漳州——厦门，泉州——东石，福州——马尾三条海岸线铁路，并计划筹集股本银六百万元。1906年11月26日《福建新闻》报登载了这个公司的声明：“此六百万元股额为总公司之底本，此三海岸线路为全省铁路之始基。此六百万元股额集齐以后，拟另拨款建立全省铁路银行，作为总公司的财政机关。三海岸线修好后，即规划修福厦、闽赣、闽浙三条铁路干线”。
但显然，现有的资金远远不够，为了吸收投资，公司制订出《福建铁路招股简章》，推出优先股六十万元。优先股虽按全数收取股本银，但股东“备有发起人之资格，而获最优之利益”。胡国廉首先认股二十万元，被推选为协理。余下的一般股，也就是常股每一百元只按九十八元实收，以二成作为代招股人的报酬和分经理处活动经费。
陈宝琛时任公司总理，为了集股筹金，他奔走于沪、厦等地。在他的号召动员之下，沪、粤等地闽籍绅商士民也相继认股。1906年秋，北京商部奉旨派陈宝琛总理福建铁路事务，亲赴南洋各地，向华侨募股，吸收投资。当时陈宝琛每到一处，当地华人报纸便纷纷以“集股投资，修筑闽路，振兴实业，繁荣家乡”为号召，大张旗鼓地进行宣传。1907年2月初4，陈宝琛带着海外侨胞的募款风尘仆仆地返回了福州。
而在省内，铁路公司则采用“强制出股”的办法，由闽浙总督奏准强迫征收路捐：“各县粮税每银一两，每米一石，加收路捐二百文，年约征收二十万串”；“又购盐一斤，加收路捐一文，年约征收五万串”。
尽管多方筹措，但是资金还是为数有限，“内地绅商士民认股募股不及二十分之一”，资金虽已筹集一百七十余万，但离“筹资六百万，修建三线路”相差太远，公司内部有才之士皆感力不从心，看来三条铁路同时动工希望渺茫，于是陈宝琛只好放弃原订计划，先建一路。
但是究竟先建那条路？对此众说不一。公司股东会认为，公司发起之初，以修福厦线为号召，而福马一路为干线之尾闾，首先应予排除，在另二线中选择。泉州、晋江一带的投股者称：“五陵至泉州十五公里系所测福厦干线；东石至五陵二十公里，这一路短，施工易，见效快，通车后可获大利，以后招股会更加容易，所以应先修泉石线”。厦门、漳州一带的投股者则说：“铁路之起点必近于通商码头，厦门为商港，虽属海岛而岛之对岸有嵩屿，十五公里可至石尾系所测福厦干线；石尾到漳州三十公里，沿途乡村多富足，则应先建漳厦线”。
照此长久争论不休，双方相持不下，于是有为持平论者提出一个较为公平的方案：“由嵩屿起点修十五公里至石尾，接入福厦干线再四十公里过同安，又七十公里达泉州，统共一百二十五公里。五陵至东石，石尾至漳州列为缓建支线”。但公司苦于财力不足，此方案虽然比较完满，可惜实际操作性不强。
于是又再争论数月，修路聘用的工程师、测量师等人已全体到达厦门。于是只好由总工程师陈庆平、副总工程师王回澜亲自到以上各地实地调查了铁路工程及铁路运输等情况，做出“先办一路不能不以漳厦一线为入手”的结论。争论至此方始平息下来，但已拖延了开工筑路的日程。
1906年10月起，在厦门乌尾街公司办事处设立了招股总经理处，由叶寿堂为总董，邱振祥、黄秀娘、陈星耀、傅孚伯。叶心镜为协董，将各地经理处所收股银全部汇到厦门。到了1907年2月，漳厦铁路在离嵩屿一公里多的的增安乡设立工程处，开始了铁路的工程测量。“盖测过十里之路，即开十里之工”，当年7月，漳厦铁路终于历经千难万险破土动工。
可是没想到几经艰难曲折方始破土动工的漳厦铁路，开工后不久就遇到了重重困难。线路选定后陈宝琛就呈请闽浙总督行文漳厦铁路沿线各州县办理购地事宜。但是清朝政府官吏办事拖拖拉拉，拖延数月，各州县尚未将征地文告下到乡里。《福建新闻》报指出：“业经匝月尚未奉文，虽陈阁学一再催问而尚无消息，亦可怪也。”
而好容易挨到线路勘测之后，制订出铁路自嵩屿开始，沿九龙江出海口北岸，西经海沧、芦塘、下厅、通津亭、后港溪、石美、蔡店、（吴宅）至九龙江东岸的江东桥，再过江通至漳州。而一些以善断阴阳风水自居的庸人，却趁着修铁路要拆迁沿线的一些房舍茅庐、坟冢墓地，四出活动，以“风水宝地“等邪说盅惑人心，从中骗取财物，谋取私利。这一举动大大影响了房屋拆除和墓地迁移的进度，无形中增加了此项资金的开支，阻碍了铁路施工。按当时商部订立的《铁路章程》，“遇有庐墓所在，苟者绕越，自应设法以顺民情；若轨路万难绕避，应由地方官断给迁费，以免争执阻碍”。由此，铁路仅购嵩屿至江东的地价及拆迁费用就高达160000元。
陈宝琛尽管也称得上是饱学之士，但毕竟不是经济学家，也并没有开公司、理财物的经验，因而公司在资金的使用上，本末倒置而且从不加以核算和节约。开工伊始就在嵩屿建造了大量的厂房、仓库、站房等辅助建筑设备，用去资金123600元；勘测线路的工程杂费也用去491400元。因而资金周转成了修建铁路的最大难题。
以至工程期间，公司不得不向德国宝记洋行订购宝记机车（系英国制造，洋行倒卖）一辆；向日本三井洋行订购三井机车（系美国制造，洋行倒卖）一辆，以及购买车辆、钢轨、枕木等用去700000元。这样一来公司本就微薄的资金更为捉襟见肘，严重影响了筑路堤、铺轨道、架桥梁、修涵洞等主要工程的进展，于是这条轻轨铁路出现了“三日修，两日停；停了修，修了停。”的局面。大大影响了工程进度和质量。
陈宝琛为了能使工程顺利继续下去，作出了很多努力。公司于1908年10月11日在福州城内东大街浙江会馆召开“闽路公会”，号召海内外同胞募股。“是日到会者三千余人，因席满未挤进座者尚有二千余人”，各界到会代表慷慨登上讲坛，陈说利害，言及维持闽路之策，首在筹集股项。会议之后，尽管海外侨胞和国内地方绅商士人仍有认股，但为数却已不多。陈宝琛为此痛心、、焦急不已。在《退职意见书》中写道：“公司股款告竭，函电交驰中外，股东无有起而应之者。陈于此欲任其废弃，则已成为可惜；欲筹其继续，则非力之所能。”
1908年5月17日，陈宝琛上奏折要求清政府拨款，“藉供赶完已开工各工之用”。第二年腊月也正是宣统元年，以漳厦铁路的站房、材料等财产作抵押，约定以每年福建省内强制征收的粮盐税捐款逐年还本付息，由交通粤行银行拨款五十万元修建漳厦铁路。这样漳厦铁路由商办变成官商合办，并于1911年6月4日成立铁路总局。
历经风雨磨难，终于在1910年12月，嵩屿至江东桥的工程完工，未及等待江东大桥建成。铁路就在次年五月草草通车营运，次铁路是福建历史上的第一条铁路，全线长仅二十八公里，开始只设有九个车站，后来增设吴宅共十个车站。虽然这条铁路名义上叫“漳厦线”，但其实只是东边隔海并未到厦门，西边隔九龙江也未到漳州。铁路一端在嵩屿，隔着三千五百米深海而与厦门遥遥相望；另一端在江东桥，前临九龙江的支流北溪，江面宽阔，距漳州还有十七公里的旱路。就是这么一条短短的铁路，前不跨海，后不过江，如同人的盲肠一般，短而无用，因而被世人讥讽为“盲肠铁路”。
据记载，当时从漳州前往厦门的旅客，早晨要跑十七公里的路程，赶到江东桥买票，有时候尽管步履如飞，赶到火车站时，第一班火车也已经开走；如果要搭乘第二班火车到嵩屿，天也就黑了，如果恰逢退潮，当天就进不了厦门岛。从厦门往漳州，小火轮渡海后搭乘火车，到达江东桥后，或舍火车就舟船。沿北溪顺流而下拐入南溪由水路向漳州进发；或下火车后跑旱路，步行十七公里进漳州。搭火车来往于漳厦两地，其间大费周折，反而不便于出行。
更为严重的是，铁路建造时质量低劣，工程粗陋，平时又缺乏维修和保护，以至日久天长，枕木朽坏，螺丝失落，更换殊少，列车不敢疾驶，名为铁路，这列火车实则比老牛还慢，而且“车行时有出轨之虞”。当时曾经流传着这样一个笑话：有一个乘车农民，在行车中竹笠被风吹落车外，他急忙跳下火车去捡竹笠，待手持竹笠返身紧跑几步便追上了火车。可见火车的速度，实在叹为观止。当时由厦门经海澄到漳州的汽车，全程只要三个多小时就能到达，而乘火车既慢又不便，还有谁愿意去乘坐火车呢？所以这条铁路通车以来，每天乘客不过四、五十人，载货也只有一千多公斤，它一开始营业就处于亏本赔钱状态，因而人们把这好不容易见成通车的列车形容为“火柴匣”。
到了1930年，漳州至嵩屿公路建成通车，火车竟然比汽车还慢，铁路营业一落千丈，这条当时已经破烂不堪的盲肠铁路似乎再也没有存在的价值了，它的命运也就宣告结束。抗日战争爆发后，国民党地方军政当局以修筑防空洞为名，大肆拆卸路轨，管理处留下的机车、器材也受到大量破坏，并且最终被盗卖一空，最后竟连嵩屿车站和地皮也出卖给了美国的美孚公司。至此，这条当年为无数侨胞和福建人民所期望的铁路草草幻灭了，遗留下来的惟有荒草丛生的路基土堤和沿途凋蔽破落的铁路站房。
尽管修建铁路耗尽了陈宝琛的心血，但其结果和效用却显然和他的付出不成正比。然而陈宝琛为民请命，兴业救国的举动也的确值得后人称叹。不仅是铁路，在教育上陈宝琛也作出了一定的贡献。
陈宝琛是福建师范大学的创建者，陈宝琛所创办的“苍霞精舍”以及他初期的办学理念对后世教育有一些帮助。
在光绪十一年也就是1885年，陈宝琛因“荐人失察”，而被降五级。闲放家乡，同年，他出任福州鳌峰书院院长，参于办学活动。光绪二十二年，他又与陈璧、林纾等人合力创设苍霞精舍，可以说这是福建最早开办的新式普通教育学堂。光绪二十四年，他创办了以学日文为主兼学汉文的福州东文学堂，这是福建在“戊戌变法”期间首设的新式中等专业学堂，陈宝琛时任该学堂主理总董。光绪二十九年即1903年，闽浙总督陈仰祈与陈宝琛商定把福州东文学堂改组扩充为全闽师范学堂，后又升格为福建优级师范学堂，陈宝琛首任学堂监督，这是福建第一所培养中、小学师资的师范学校。
到了宣统元年即1909年，陈宝琛又奉召进京任幼帝傅仪的老师，时值还兼任福建教育总会会长职务，继续关心着福建新学的进程。
陈宝琛既当过帝师又办过学院，既是旧时代私塾先生，又是新式学堂的教育者，在数十年的办学生涯中，他积累了丰富的经验，形成了一套自己的办学理念。
陈宝琛提倡“崇实学以励人才”。他主张要讲求有用之学，反对空谈之风，提倡“行已以有耻为质，读书以有用为程”。主张“崇实学以励人才”。他指出：只要“屏黜空言”，就能“风气日开，人才辈出”。应该说在当时乃至现在这种反对空谈，主张实学，强调学以致用，培养有用人才的观点，都是具有积极和进步意义的。对于当时的科举制度，更是一种突破。陈宝琛还注重办职业教育和师范教育，尤其是普通中小学教育和学前教育，强调要设立实用课程，加强教学实践环节，以培养有实际才能的学生.
其次他主张东西方文化相互交流。尽管这是位思想较为守旧的满清遗臣，但是在教育上他却格外清醒。陈宝琛主张办洋务应以造铁路为先。把西方先进的科学文化技术移植到中国。办洋务学堂，学习西方的科学文化。并亲自创办了各级各类学校。还曾大力发展留学教育。派出留学生，为促进中西文化的交流不遗余力。
陈宝琛还注重学校管理和师范教育，提倡教者师为先。他借鉴了日本的办学模式，按近代学校要求健全学校管理机制。多方筹措办学经费。在他主持的福州东文学堂，“创始无持久之费，公举无责任之责，束修所入，尚不及出款十分之二”，在福州东文学堂时期，他就亲自出马向绅士、商贾及其他殷实之家募捐。多种渠道培养和选聘教师，组建自己的师资队伍。陈宝琛还制订可比较完善的校规校纪。学规严谨，纪律严明。
陈宝琛所创办的福建省第一所“苍霞精舍”新式学堂，为福建近代教育理念的确立，奠定了基础。
实际上治学兴教也是陈宝琛为了实现富国图强，抵御外侮，意图通过教育实现其救国救民的爱国愿望。陈宝琛在被废黜回乡后的岁月里，并没有无所事事，反而把爱国热情倾注在从事办学、为国储材上，他始终关注着家乡的文教事业。
1902年，陈宝琛把鳌峰书院改为全闽大学堂，1903年又改称福建高等学堂，东文学堂改为全闽师范学堂，他均担任监督（校长）。在这个基础上，1907年正式建立高师档次的“福建优级师范学堂”，这就是福建师范大学最早的前身。陈宝琛创建了福建省的系列化师范学校，并为遍设全省的中小学做出很大贡献。他把实业与教育并重，为中国的交通建设和教育发展都奠定了一定的基础。
壬申密折无力扭转乾坤
