火起之前说。许多当事人的回忆，都提到在曹宅火起之前，学生们即痛殴了章宗祥。匡互生在《五四运动纪实》中也作了这样的记载：“在曹宅西院火光初现的时候以前，在曹汝霖的小老婆和父亲被大家交给在内的警察带出的时候以后，忽然在东院房间的木桶里走出一个身着西装面像日人的人，被一个同学赶上前去用一根旗杆劈头一击，那人就倒身在地佯作身死，于是动手打他的人就往后走去，而一时‘曹汝霖已经被大家打死了’的喊声就传遍了内外，胆怯的学生就乘机回校避祸去了。但是一些热烈的学生们却争先恐后的去看那被打死的人，以证实当时的传言是假是真；哪里知道那佯作身死的人已乘机逃到外面一间皮蛋店里去躲藏好了，后来却被另一批搜寻曹章的人在一间皮蛋店里面的一间黑屋的床上又把曾经被打装死的人搜寻出来，大家就拉住他两只脚从那间黑暗屋里倒着拖到皮蛋店的门口，同声地问他是什么人，他总是绝对地不作声，大家耐不过，就各用那手中所持长不满尺的小旗杆向着他的面孔上乱打横敲，而那些手中没有武器的学生就只得权借皮蛋作武器向被打的人的头上打中了几十百把个皮蛋，于是死不作声的被打的头上只见满面的鲜血和那塞满了耳目口鼻的皮蛋汁了。不过同时却有一个真正的日本人负重伤出死力替他保护，大家因此颇怀疑那被打的人是日本人，所以不曾把他打死，因为那天到场参观的西洋人日本人实在不少，很有令人怀疑的原因哩。哪里知道他正是那一个向日本政府亲递那封有‘欣然承诺’四字的换文的驻日公使，亲回中国运动承认直接交涉的章宗祥！”
以上两种说法，在时间上稍有参错，在情节上也有详有略，但大体过程还是一致的。
曹宅火起后约半小时，警察总监吴炳湘、步军统领李长太即率大批军警赶到。这时，已经将近6时了，学生已大部散走，“尚在看热闹的学生委实只有几十百把个人了，而那些攻打曹宅用力过多的人，这时多半也已经精疲力竭地跑回学校休息去了。”“团体既散，军警乃敢逮捕学生中之徒步散归者，往往缚之去，被逮者三十二人。”
学生们被捕后，备受苦辛。“既到警厅，32人共住一房，如待贼寇，看管颇严。”
学生被捕后，警察总监吴炳湘立即当面向曹汝霖道歉，并派车将曹及其全家送往东交民巷的六国饭店。章宗祥也被护送到日华同仁医院。这时，消防队也已赶到曹宅，其“东院一排西式房已将烧尽了，只剩了门房及西院中国式房一小部分，随即救灭”。
当日晚间，日本驻华公使馆人员、新闻记者以及曹的党羽、新旧交通系要人等纷纷出入于六国饭店。曹为自己的卖国罪行辩护，要求徐世昌对其负责；他还指使北京政府交通部下令各电报局禁止拍发学生的电报，但这个阴谋未能得逞，因为学生的电报已由外国电报局发出了。
同日晚，国务总理钱能训的家中，也在召开阁员的紧急会议，研究对付学生的办法。有的主张将参加此次游行的学校一律解散，有的主张将各校校长免职，有的还主张对学生大逮捕。与此同时，总统府也在准备取缔和镇压学生行动的命令，警察总监和步军统领也在筹划进一步的武装镇压。
总之，反动派慌作一团，对学生们的爱国行动恨之入骨。他们百般设法，企图将已经掀起的革命浪潮镇压下去。
但是，反动派也不是铁板一块的。总的来看，大总统徐世昌、教育总长傅增湘等一些无实权的人物，主张对学生运动不应操之过急，而要采取怀柔、软化政策。而操实权的皖系军阀段祺瑞、徐树铮、段芝贵等及曹汝霖、陆宗舆等则主张对学生运动要严厉镇压。段芝贵甚至叫嚣：“宁可十年不要学校，不可一日容此学风。”因此，《青岛潮》一书的作者说：“被捕学生，在徐总统意，尚无成见。而段祺瑞、徐树铮及曹陆诸人，从旁耸动，不曰党派阴谋，即曰过激举动，拟兴大狱，处以非刑。”“有人往访曹汝霖，曹曰：‘此无他，党派问题耳。’其机关报纸又大言以鼓吹之，谓为过激派之输入，固已预备一网打尽之计矣。”
不久以后，徐世昌将曹汝霖安顿在北海团城，将章宗祥安置在北海北岸之静心斋（当时北海未开放），“斟酌周到，煞费苦心”，并派人送曹、章各5万元，“一为盖房，一为养伤”。但是，曹汝霖等完全是听命于段祺瑞的。段慰问曹说：“这次的事，他们本是对我，竟连累了你们，我很不安。”并说：“你们不必辞职，看东海（指徐世昌）如何处置？”曹本来是预备辞呈的，因段“嘱不必辞”，只好暂搁。徐世昌派人送来5万元的事，曹也立即向段报告了，但段回答：“还了他，我们不是可以用金钱收买的”，曹也遵嘱立即将款退回。
从以上事例，可以看出，反动派的确不是铁板一块的，在他们之间，也充满着矛盾。对于被捕的32名学生，如何处理呢？看来，反动的司法、宪警当局也是意见不一的。据当时的报道说：“4日当学生被捕至警厅后，诸要人即在警厅中开一紧急会议。列席者有司法总长朱深、交通次长曾毓隽、大理院院长姚震、警备司令段芝贵、李统领、吴总监、宪兵陈总司令（兴亚）等，会商处置学生方法，众议不一：有主张最激烈者，立送交大理院审究主使，以为必受有何种运动，非从严惩办不可；其时有人以两种例证告吴总监，日本国务总理桂太郎被殴及民国5年公民团扰乱议院事，皆未移交法庭，今兹事同一律办法未便歧异。吴纳其说，始拘置厅内。”
5月5日的总罢课
5月4日晚，当反动派在筹划如何镇压学生的时侯，各校的学生也在召开大会，讨论的中心是如何营救被捕的学生，如何继续斗争。
蔡元培参加了北大的学生大会，对学生表示同情，并说要负责营救被捕的学生；但他劝告学生不要再继续开会，而应照常上课。学生们没有采纳停止活动、照常上课的意见，而认为应该实行罢课，并进一步组织起来。有的学生还表示，应该用集体“自首”的办法来营救被捕同学。当晚，北大学生干事会便成立了。有成百的学生纷纷参加干事会，他们分别担负起总务、文书、交际、会计、庶务、纠察、讲演等各股的事务。国民社、新潮社、平民教育讲演团、少年中国学会的成员，很多都是干事会中的积极分子。如邓中夏、黄日葵等都参加了文书股的工作。当时的文书股，负责编辑《五七》小报，是个宣传机构。
5月5日上午，北京各大专学校学生代表召开会议，决议自即日起一律罢课，并通电各方面，请其支援。学生们宣布罢课的理由说：“各校学生既痛外交之失败，复愤同学之被拘，更有何心研究学问？此罢课之第一理由也。青岛问题当以死力争，被拘同学亟宜营救，全体奔走，日无暇晷，学虽至宝，势难兼顾，此罢课之理由二也。”
同日下午，各校的学生又在北大法科召开了全体联合大会。学生代表们传达了上午会议的情况，并报告了挽救被捕同学的办法，以及怎样坚持罢免曹、章、陆等卖国贼的要求。从会议上，学生们知道了他们的斗争不是孤立的，社会各界爱国人士都同情和支持他们的爱国要求。远处西郊的清华学校的学生，昨日未能参加游行，今天派代表参加了大会，并当场宣布：“我校僻处西郊，（昨日）未及进城，从今日起与各校一致行动。”学生们讨论了组织学界联合会的问题。在会上，许多学生发表了激昂慷慨的演说，并热烈地展开了捐献。还有一个学校的代表，血书“杀卖国贼”几个大字，悬挂在会场上。北京十几个学校的校长也出席了这次大会，并且组成了以蔡元培为首的校长团，准备营救被捕学生。
大会以后，北大和高师的代表共同起草了北京中等以上学校学生联合会的组织大纲，并和中等以上学校的学生代表进行了联系。
5月6日，北京中等以上学校学生联合会宣告成立。会内分评议、干事两部，评议部负责议决事项，干事部负责执行议案。评议部的评议员，由每校出二人担任；干事部则委托北大学生干事会代理。联合会的会址设在马神庙北大的理科。
当学生们紧张集会的时候，各校的教职员和一些社会人士也纷纷向反动政府呼吁。教育部在5日上午向各校校长下达命令，令将为首“闹事”的学生一律开除。但在当日下午在北大召开的专门以上十四校校长会议上，与会者却不以为然，他们认为不应让少数学生负责，而应释放被捕学生，如果政府不接纳此意见，全体教职员即一律罢职，也在所不惜。除教育界外，其他各界，或以团体名义，或以个人名义，也纷纷电请释放被捕学生。连安福国会的议员，也有表示要弹劾政府的。
必须指出，在这些要求释放学生的人士中，有的是真正同情学生，有的则是怕学生再闹出更激烈的行动，局面不可收拾。如当时国会议员的质问书中，便这样提出问题：“若必将逮捕少数学生，按寻常违法治罪，则恐惹起绝大风潮而后患将不堪设想”；“原情宽宥以息乱端”；“为息事宁人计，必有适当措置，然后可以弓耳患于无形。”
“后患将不堪设想”，这确实是反动派最畏惧的。因为学生在总罢课中，而“五七”就要来临，学生们要闹出怎样的“乱子”，真是“不堪设想”的。在这种形势下，反动派不得不考虑释放学生了。据报道说，警察总监曾面告徐世昌，要求必须将学生释放。若是总统一定不放，北京的秩序如果紊乱，我可不负责任，并且我即刻辞职，请总统再另简贤能。随着又把学生如何筹划，商界如何愤激，一般公民如何激烈，在野诸政客如何不平，一样一样的说个不了。老徐一听知道要真下命令（即送法庭惩办学生），恐怕闯出别项乱子来，所以不顾曹、章的面子，当时也就答应吴氏的建议了。
6日晚间，吴炳湘向蔡元培等提出在实现两个条件下释放被捕学生。两个条件是：
（一）明日（7日）不许学生参加群众大会；
（二）各校在明日一律复课。蔡元培等完全答应了这两个条件。
在蔡元培等的劝说下，学生们于7日晨复课了。同日上午，各校遭逮捕的学生被释返校。当人们去迎接的时候，被捕的学生认为“我学生多拘一天，则国民多一次刺激，甚至我32人被杀，其刺激甚大，坚不肯出”。后来，“经同学再三劝慰，始各返校”。蔡元培和北京大学的全体学生，在汉花园文科新校舍（即红楼）前，迎接了被捕的北大同学返校。一位目击当时情景的北大学生回忆说：“汉花园红楼北面的广场里放了五张方桌，北京大学全体学生都在广场上等候着被捕同学的归来。不知道从什么地方借来了三辆小汽车，每辆都装满了人，我在红楼门外远远望见三辆小汽车出沙滩来了，即刻回到广场上的同学队伍中，三辆车里面的被捕同学大约12人至14人，全体站立桌上和同学见面。情绪紧张万分。因为太紧张了，被捕同学没有一人说话，在校同学也没有一人说话。当时大家只是热泪交流。”
北京高师同学回校的情景，一位当时的被捕者在五四运动60周年时回忆说：“我们北京高师被捕的学生共有8人，5月7日由警察厅派两辆车子送我们回校。刚到校门口，就被欢迎的同学和邻近的居民围住。我们一下车，就给戴上大红花，把我们一个个抬起来，高高举起，并为我们拍摄了两张照片（这两张照片，我一直珍藏到现在）。群众的爱国热情倾注在我们被捕获释者的身上。我们能获释返校，这是群众的力量，这是全国人民的胜利，使我受到深刻的教育，终生难忘。当时的情景，到今虽已整整六十年，但仍历历在目。”
事后，同学们了解到，被捕的人在监禁中的表现，都是很不错的。他们被捕以后，先是监禁在步军统领衙门（地址在前门里公安街，当年叫户部街），30人挤在一个极为肮脏的监房内，室内放着小便木桶，满屋臭味；第二天，他们又被绑着，用板车送到了京师警察厅，30个人住在一个大房间里，室内仍然放着两个大尿桶，空气非常恶劣。在警察厅，同学们一个一个地被传讯，时间长短不同，但被追问的问题是一个，即：谁是指使人。但审问者没能达到目的，因为被审问者都回答说：自己就是自己的指使人。
敌人失败了，人民胜利了。同学们都为被捕者的释放而庆幸。
被捕的学生虽然被释放了，但5月7日这一天，却冷淡地过去了。反动政府严禁国民外交协会原订于5月7日在中央公园的国民大会的召开。
5月7日的上午，中央公园的门被封闭了。天安门左右两三里间的交通被断绝了。2000多个警察，成千上百的马队、步兵，布满在南至中华门、东西至三座门的区域内。四周汇集来开会的群众，都被驱散了。据《每周评论》报道：“在道旁和中央公园门前――十点钟以前集合――的人，还能集合演说，不久便为马队冲散。有的往先农坛，有的往商会，又都被军警解散。有的往国民外交协会，这里的会虽开成功，也因地方太小，人数太少，没有什么结果。”
5月7日的国民大会虽然没有开成，但是学生们的爱国热情却一点没有冷却，他们的爱国活动也丝毫没有停止。例如，在5月7日的当晚，高师的学生便开会发起建立各界联合抵制日货的组织。陈荩民在回忆中说：“5月7日返校的当天晚上，我们高师学生会评议部就召集评议员开会。参加开会的评议员除我外，回忆出来的还有董鲁安（于力）、熊梦飞和匡互生3人。在这次会上，建议组织成立北京各界抵制日货联合委员会，我被选派为高师代表去参加这个会。后来，我被推选为全国各界抵制日货联合会主席，委员会内还有北大代表李光宇及女高师代表朱光玉。委员会向全国各界宣传抵制日货，即：不买日本货，不用日本货，不卖日本货。并动员中学生制作一些家常日用品如手巾、儿童衣帽等等代替日本货，送往商店销售。全国各界都支持这个运动……”
远在西北郊的清华学生虽然未能在5月7日进城开会，但在5月9日于校内体育馆举行了“国耻纪念会”，会上决议通电巴黎和会的中国代表，要求拒绝签字。全体同学庄严宣誓：“口血未干，丹诚难泯，言犹在耳，忠岂忘心。中华民国8年5月9日，清华学校学生，从今以后，愿牺牲生命以保护中华民国人民、土地、主权，此誓。”会后，同学们当即在大操场上焚烧了校内的日货。
蔡元培的出走
马克思主义认为：“任何地方发生革命震动，总是有一种社会要求为其背景。”但是，反动的封建统治者，并不能也不愿意去认识这条真理，他们往往“把革命的发生归咎于少数煽动者的恶意”。
由于北京大学是新文化运动的中心，又是“五四”示威游行的发动者，因此蔡元培校长就成了反动派攻击的主要目标。“于是北京学生一万五千人所为之事，乃加罪于北大之一校，北大一校之罪加之于蔡校长之一身。”
在5月4日当晚的内阁紧急会议上，反动派即深责教育部门，并集中攻击北京大学和蔡元培，教育总长傅增湘曾为蔡略加解释，便遭到内阁总理钱能训的责问：“汝谓蔡鹤卿校长地位不能动摇，假若蔡死则何如？”傅因而于5月6日便提出了辞呈。
上面这段消息（钱对傅的责问），曾为当时报纸纷纷登载。于是曹汝霖、章宗祥行将报复之说四起，有的说他们“一方面以300万金购人刺蔡，一方面派人焚北大校舍，杀北大学生”。有的人还说徐树铮已经调来了军队，在景山上架起了大炮，准备轰击北京大学。这些传说，很可能都是谣言，但它并不是违反逻辑的。而且，在许多传说中，有一条确是事实，即内定要更换蔡元培的校长职务。“某派即提出马其昶为北京大学校长，已得当局同意。”
在这种形势下，蔡元培于被捕学生获释后不久，便准备了向北京政府的辞呈。辞呈说：“元培滥膺校席以来，不称厥职，久图引退。此次大学校学生，因爱国之故，激而为骚扰之举动，元培实尸其咎。唯因当场学生被拘，不能归罪于少数，未即引咎。目下学生业经保释，各校亦已一律上课，元培不敢尸位，谨请辞职以避贤路。”
蔡元培辞职的心情是完全可以理解的，他在后来解释这一行动时说：“被拘的虽已保释，而学生尚抱再接再厉的决心，政府亦且持不做不休的态度。都中喧传政府将明令免我职而以马其昶君任北大校长，我恐若因此增加学生对于政府的纠纷，我个人且将有运动学生保持地位的嫌疑，不可以不速去。”
辞职是可以理解的，但秘密出走却给人留下了一个谜。蔡于5月8日下午得一紧急消息；9日晨5时半，秘密出京，行前向北大师生留下了这样一个启事：
“我倦矣！‘杀君马者道旁儿也。’‘民亦劳止，迄可少休。’我愿少休矣！北京大学校长之职，已正式辞去。其他向有关系之各学校各集会，自5月9日起，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。”
“杀君马者道旁儿”，这是什么意思？学生们不能理解。5月10日，一位北大的文科教授向学生指出了这个典故的出处和含义：“‘杀君马者道旁儿。’《风俗通》曰，杀君马者路旁儿也。言长吏养马肥而希出，路旁小儿观之，却惊致死。按长吏马肥，观者快之，乘者喜其言，驰驱不已，至于死。”
蔡引用这个典故的意思，显然是在说，同学们不要再挽留我了，让我走吧，不然，我会积劳致死的。同学们虽然是爱护我，其结果反倒害了我。后来（一年以后），他解释说，引《风俗通义逸文》典故，“但取积劳致死一义，别无他意”；引《诗经？民劳》两句，也只是“但取劳则可休一义”。
当时曾有人认为：“君者指政府，马者指曹章，路旁儿指各校学生。”这显然是一种误解。照这种解释，蔡元培把一切罪过都推到学生身上了，而这是不符合当时蔡的思想情况的。
蔡于5月9日晨，至天津；不久离津，乘津浦车南下。离津时曾和一友人谈话。从谈话中，使我们解开了蔡元培出走之谜。现将当时报道和谈话抄录如下：
蔡孑民南下登车时，遇一天津友人，询以辞职何以如此坚决？蔡曰：“八日午后，有一平日甚有交谊而与政府接近之人又致一警告谓：君何以尚不出京？岂不闻焚烧大学、暗杀校长等消息乎？我曰：诚闻之，然我以为此等不过反对党恫吓之词，可置不理也。其人曰：不然，君不去，将大不利于学生。在政府方面，以为君一去，则学生实无能为，故此时以去君为第一义。君不闻此案已送检察厅，明日即传讯乎？彼等决定，如君不去，则将严办此等学生，以陷君于极痛心之境，终不能不去。如君早去，则彼等料学生当无能为，将表示宽大之意敷衍之，或者不复追究也。我闻比语大有理。好在辞呈早已预备，故即于是晚分头送去，而明晨速即离校，以保全此等无辜之学生。”
这位友人的规劝，出自何意，另作别论。从蔡元培这方面说来，显然是为了保护学生才秘密出走的。看来，这点可以肯定。
可能是怕被人误解，所以在蔡出走后的第二天（5月10日），即给北大同学来信，明确地解释自己出走的原因。这封信的上款为“北京大学同学诸君鉴”，下署“十日蔡元培启”，信的内容是：
仆深信诸君，本月四日之举，纯出于爱国之热诚。仆亦国民之一，岂有不满于诸君之理？惟在校言校，为国立大学校长者，当然引咎辞职。仆所以不于五日即提出辞呈者，以有少数学生被拘警署，不得不立于校长之地位以为之尽力也。今幸承教育总长、警察总监之主持，及他校长之援助，被拘诸生，均经保释，仆所能尽之责，止于此矣。如不辞职，更待何时？至一面提出辞呈，一面出京，且不以行踪告人者，所以避挽留之虚套，而促继任者之早于发表，无他意也。北京大学之教授会，已有成效，教务处亦已组成，校长一人之去留，决无妨于校务。惟恐诸君或不见谅，以为仆之去职，有不满意于诸君之意，故特在途中，急促书此。以求谅于诸君。
这封信，反映了蔡元培对五四运动的矛盾心情：学生行动“纯出于爱国之热诚”，我是同情的；但学生的职责是读书，5月4日的行动是越轨的，我是校长，应该负责。由于对学生的同情，他积极营救被捕学生；由于认学生运动为越轨，他又“引咎辞职”。这种矛盾，生动地说明了这位资产阶级自由主义教育家的性格。
但是，蔡元培在当时是受到广大师生尊敬的。特别是他积极营救被捕学生，而且直到学生获释后，才辞职出走，更赢得广大师生的同情。
学生们坚决要求蔡元培回校，拒绝北京政府另派校长。这一斗争的意义，不仅是蔡的个人去留问题，更重要的是它坚持了学生爱国运动的正义性质，即：错了的不是学生，而是政府。
蔡元培的辞职和出走，在他个人来说，是一种消极的行动。但是，这一消极行动却取得了意想不到的社会积极效果。因为，一场爱国运动的爆发，“不是少数几个人活动的结果，而是人民的要求和需要的自发的不可遏止的表现”，反动派“如果企图用暴力来压制这种要求，那只能使它愈来愈强烈”。
