玄奘带着解决中土佛教义理纷杂歧异的目的，而远游五印度，决心取回《瑜伽师地论》的原本，以释众疑。至印度后，他在印度的学术中心——那烂陀寺，就学于年已逾百的宗师戒贤，得到印度瑜伽学派的嫡传。印度瑜伽学派是佛教大乘有宗的的主观唯心主义的思想体系。为公元四、五世纪间的无著、世亲兄弟所创。后经过陈那、护法等，而传至戒贤的。德高望重的戒贤是当时那烂陀寺内的首席宗师，他对玄奘不远万里，寻求哲理的精神很钦佩。因此对玄奘格外器重，热情地向玄奘传授了瑜伽学派的经论。
大雁塔东门楣佛像玄奘在慈恩寺总理寺务，主持佛经译场，讲说新译的经论，特别是传播阐发了瑜伽学派的义理，培育了大批青年僧徒，号称弟子三千。遂使慈恩寺成为名扬国内外的佛学研究中心。并在这里开创了我国佛教各宗中，哲学色彩最为浓重的“唯识宗”。它依《解深密经》《瑜伽师地论》等，宣扬“万法唯识”“心外无法”的主观唯心主义。依唯识论所说，宇宙万物，都不过是心识所呈现出的影像，世界上只“唯”有“识”并无“境界”，完全否认客观世界的存在，故名“唯识”。又因为它用许多烦琐的唯心主义的概念，对客观世界的物质、精神现象以及宗教的臆想世界，进行概念分析、解释，故又名法相宗。由于这个宗派创始于玄奘，宏杨于他的弟子窥基，而他们都住慈恩寺，故将慈恩寺称作它发祥的“祖庭”。或直接称它为慈恩宗。
玄奘一生致力于法相宗经论的传译，而他的弟子窥基则致力于此宗义理的阐发。窥基之后，传慧沼、智周等。在唐代此宗盛极一时，而且也东传日本、朝鲜等国。不远万里来长安的日本学僧道昭、智通、智达等，都先后学法相宗于玄奘。道昭等将法相宗带回日本，以元兴寺为中心，广为传播，称南传寺。开元四年（716年）日本学僧玄昭入唐，从智周学习几二十年，始东归日本，弘扬法相宗于兴福寺，称北传寺。法相宗至今，仍是日本佛教中一个隆盛的宗派。玄奘的新罗弟子们，也将此宗传入朝鲜。
由于玄奘卓越的学术、宗教方面的建树，遂使慈恩寺成为名扬四海的佛教名刹。日本、朝鲜的学僧，以及印度、西域诸国来长安的僧人，大都慕名住在慈恩寺中。
