东晋政权虽然是南北大族共同支持下所建立的政权，可在政权权力分配上，北方大族占有绝对的优势，南北大族在政权中的地位是不平等的。北方大族在政权中占主导地位，如与司马氏共同支撑东晋政局的王、庾、桓、谢四大世族，都是北方南渡的侨姓大族，他们占据着从中央到地方的实权职位。而南方吴姓大族虽然也在朝廷中做高官，但大多数都是有其名而无其实的虚官。这种不平等，使南方吴姓大族非常气愤。在他们内心深处，他们根本看不起那些流亡到江南的大族，包括皇帝司马睿在内，只不过是一些丢失了家园的高级难民罢了。他们称北方南迁的士族为“伧子”或“伧鬼”。北方士族有皇室做后盾，也轻视南方大族，所以双方在感情上矛盾很深。
侨姓大族与吴姓大族无论在政治上、经济上，还是在生活习俗、感情上都有很深的矛盾，北方士族在政治上驾驭吴人，势必将积累已久的矛盾引爆，周玘正是在这种情况下，图谋举兵发动政变的。
周玘字宣佩，义兴阳羡（今江苏宜兴）人。周氏乃江南数一数二的大族，江南素有“江东之豪，莫强周、沈”的说法，周氏从东吴以来，势力就很强大。周玘的父亲就是西晋有名的将领周处，周处除三害是历史上有名的故事。周处入仕西晋后，担任过新平（今陕西彬县）县令，为官廉洁公正，注意团结少数民族，很得民心，后战死在战场。周玘为人也刚直不阿，名重一方。他曾为西晋王朝“三定江南”，为西晋王朝的稳定立下“赫赫战功”。
西晋末年，以张昌为首的流民起义在荆州地区爆发，他的部将石冰、封云率领部众转战在扬州、徐州一带，给江东地主阶级以沉重的打击。304年（永兴元年），周玘联络江东大族，推江东大族首领吴郡顾泌为都督扬州九郡诸军事，发动江东大族的私人武装，配合政府军队，把石冰、封云起义军镇压下去，这就是周玘的“一定江南”。
307年（永嘉元年），西晋右将军陈敏在广陵（今江苏扬州）起兵，想称霸江东。当时中原大乱，朝廷无力管江南的事，陈敏便占据历阳（今安徽和县），自称都督江东军事、大司马、楚公。他想拉拢江东大族，帮助他建立割据江东的新政权，便任命“江东首望”顾荣等大姓四十多人为将军、郡守。顾荣等见陈敏残暴凶狠，不适合为一国之主，再加上他出身低微，不甘心居于其下，所以不想拥护他。在这种情况下，周玘联络顾荣、甘卓等大族纷纷起兵，共同讨伐陈敏。陈敏战败被斩，这就是以周玘为首的江东大族“二定江南”。
310年（永嘉四年），司马睿已移镇江东，西晋建武将军钱王会在广陵起兵，自称西平大将军、八州都督，挥师南下，进攻义兴，想割据江东。周玘率领乡里私人武装，讨灭钱王会，稳定了江东局势，这就是周玘的“三定江南”。
周玘的“三定江南”说明，江东大族不仅拥有雄厚的经济实力，也拥有令人瞩目的军事实力。如此强大的势力令移镇江东的司马睿担忧。周玘虽对朝廷立下如此大的战功，司马睿也不想重用他，只任命他为吴兴太守。周玘对侨姓大族入主朝廷，而吴姓大族却受到排挤感到气愤，正赶上侨姓大族刁协对周玘轻视和污辱，周玘一怒之下，便与镇东将军祭酒、东莱（今山东掖县）王恢密谋，想发动武装政变，讨伐王导、刁协等北方大族，推周玘、广陵人戴渊等南方大族入朝执政。当时他们联络居住在淮泗地区的流民首领夏铁，令夏铁在淮泗起兵，他们在三吴响应。313年（建兴元年），夏铁在准备起义时走漏了消息，晋临淮太守蔡豹杀了夏铁，整个计划泄露。王恢慌忙逃到周玘府上，周玘为保全自己，只好杀死王恢，把他的尸体埋在猪圈里。消息传到司马睿那里，他没敢轻易动周玘，当做什么事也没发生。不久，召周玘为镇东司马，周玘还没有到任，又改任他为建武将军、南郡（今湖北江陵）太守。周玘刚走到芜湖，司马睿又让他回朝任军咨祭酒。周玘知道，司马睿如此反反复复地捉弄自己，是自己的计谋被司马睿知道的结果。他又气又恨，病死在家。临死前，他对儿子周勰说：“我是被北方南渡的‘伧子’们活活气死的，能为我报仇，才是我的好儿子。”
他把仇恨的种子埋进了儿子的心中。周勰决心继承父志，完成父亲未竟的事业。他暗中联络吴兴郡功曹徐馥，想以叔父周札的名义，召集江东对侨姓大族心怀不满的大族，共同起兵，讨伐王导、刁协，反抗朝廷。徐馥先发兵，攻杀了吴兴太守袁秀，参加的人数达数千人。周勰族兄周续在宜兴起兵响应；孙皓族人孙弼在广德（今安徽广德）起兵响应，他们想推周札为主。而周札却觉得事情进行得太仓促，计划得不好，恐怕事情难以成功，便把周勰的计划告诉了义兴太守孔侃，徐馥、孙弼、周续相继被杀害，周勰发动的武装政变失败。但作为这次政变的主谋周勰，司马睿顾及周氏在江南的威望和影响，没有追究。
周玘、周勰父子所发动的武装政变虽然失败了，但以周氏为代表的江南大族对北方大族的仇视并没有消除。司马睿和侨姓大族考虑到政权初建和周氏在江南的影响，没有追究周氏，但他们始终感到来自周氏的威胁。双方都处于心神不安的状态。322年（永昌元年），王敦叛乱，当王敦大军杀至都城建康时，身为都督石头城水陆诸军事的周札，却打开城门，让叛军进城，杀死戴渊、周岂页、刁协，刘隗逃跑。周札是想假借王敦之手，消灭掌政的侨姓大族刁协、刘隗等，完成周玘父子用武装政变所未干成的事。
周勰因迎王敦入城有功，被王敦封为光禄勋，不久又迁右将军、会稽内史，周札父子都官居显位，出现“一门五侯”的局面。这引起侨姓大族的不满，王敦也感觉到不安。他决定利用离间计，离间江南两大豪强的关系，然后个个击破，消灭这两大隐患。他先拉拢吴兴沈充，密谋共同剿灭周氏，王敦给沈充的好处是让他成为江南最大家族。沈充同意了王敦的条件，答应与王敦联合。王敦派庐江太守李恒，诬告周札与道士李脱要谋反，王敦和沈充联合出兵，杀死周札，周札一门都被斩尽杀绝，从此江南一大豪强势力周氏被消灭。不久，王敦叛乱失败，沈充被作为王敦的死党被消灭。就这样，江东两大武装豪强势力在大族内讧中同归于尽。
周、沈江南两大世族虽被消灭，但吴姓大族与侨姓大族之间的矛盾并没有结束，南方大族不仅在东晋，就是整个南朝，他们在政治上都受着压抑和歧视。南北大族间的矛盾一直存在着，只不过没有太大的爆发罢了。
东晋王朝不仅南北士族间有矛盾，更主要的是掌权大族与司马氏之间的矛盾，他们为争夺政权而拼得你死我活，如王敦叛乱。
王敦字处仲，王导的从父兄，晋武帝女儿襄城公主的驸马。他生性凶狠残暴，刚愎傲慢。西晋末年，东海王司马越任命他为扬州刺史，他与王导共同辅佐司马睿建立了东晋政权。他的恩德司马睿没有忘记，投之以李，报之以桃。司马睿登上皇帝宝座后，任命王敦为都督江、扬、荆、湘、交、广六州诸军事，镇守武昌，实际上，他掌握着东晋朝廷的军事大权。他所镇守的武昌，位于长江中游，是下游建康的门户，关系着朝廷的生死存亡。王敦手握强兵，又占有军事重镇，便越来越不把司马睿这个皇帝放在眼里，篡权之心日增。晋元帝司马睿在立足未稳时，对王氏是俯首帖耳，言听计从。当他坐稳皇帝宝座后，对王氏的权势过大日益感到不满，尤其是王敦对自己的威胁，他得想办法削弱王氏的权力，保住自己的皇位。他渐渐疏远被自己称为“仲父”的王导，重用北方大族刘隗、刁协、周岂页。为东晋王朝立下汗马功劳的王导、王敦对于司马睿这种过河拆桥的作法非常不满，王导较有修养，一切都不动声色，而王敦则不然。晋元帝司马睿为防止王敦起兵，采用心腹刘隗、刁协的计谋，重新进行军事部署，以牵制王敦。以戴渊为征西将军，都督司、兖、豫、并、冀、雍六州诸军事，司州刺史，镇合肥；刘隗为镇北将军，都督青、徐、幽、平四州诸军事，青州刺史，镇淮阴；以他的叔父司马承为湘州刺史，并且宣布释放扬州地区内沦为僮客的北方流民，把他们充实到军队中去，以增强军事实力。
司马睿计划一出台，王敦就明白这是针对自己的，他决定趁各位刺史都督新到任，还未站稳脚跟，自己先发制人，遂以讨伐刘隗、刁协为名，要进行“清君侧”，就是清理皇帝身边的小人、奸臣，于322年（永昌元年）正月在武昌起兵。王敦率领精兵良将顺长江而下，直赴建康。王敦的心腹沈充也在吴兴起兵，响应王敦。面对来势凶猛的强敌，司马睿惊慌失措，急忙调戴渊、刘隗带兵还朝，保卫建康，并让梁州刺史甘卓、江州刺史陶侃袭击王敦的后方。可是，这些人哪里是王敦的对手，三月，王敦就打到建康城下。拥有重兵镇守石头城的义兴大族周札正想借王敦之手杀侨姓大族，王敦大军一到，他便打开城门投降，王敦顺利地占领了建康。杀死戴渊、周岂页，刘隗、刁协向北方逃跑，刁协在路上被杀，刘隗被石勒处死。
王敦在武昌起兵，身处建康，整天在皇帝身边的王导是什么态度呢？实际上，王导对王敦起兵表示默许和支持，只不过王导没有举动罢了。当王敦起兵时，戴渊、刘隗和刁协就劝司马睿将朝中的王氏全部杀光，司马睿没有同意。王导见王家已有被灭族的危险，便每天都率领他的从弟中领军王邃、左卫将军王廙、侍中王侃、王彬及宗族二十多人到宫中待罪，以争取主动。司马睿采纳了周额的建议，没杀王导宗族。
后来，王敦攻占建康后，更加专横跋扈，引起朝臣和大族们的不满，再加上陶侃、甘卓等扰其后方，他没有实现他的篡权野心，只好还镇武昌。
王敦是从建康撤出去了，可整个朝权都掌握在王氏手中，司马睿见无力削弱王氏势力，于十一月忧郁病死。太子司马绍即位，即明帝。王敦还镇武昌后，仍不死心，于323年（太宁元年）移镇姑熟（安徽当涂），自领扬州牧，更靠近都城建康。324年（太宁二年）五月，王敦病重，他要做最后的垂死挣扎，夺得皇位。七月，王敦以兄王含为元帅，率水陆大军五万，进攻建康。明帝知道王敦要反，早已做好了准备。王敦的这次举兵，也没有得到王导的支持。建康城守卫森严，王含强攻，没有成功，这时王敦病死，皇帝的美梦没有实现。在朝廷各路大军的联合攻击下，王含兵败，王敦之乱被彻底平息。
王敦死后，琅玡王氏失去了在荆州的军事权，没有了军事上的依靠，政治上的权力自然被削弱。但朝廷仍不能奈王氏如何，虽不如从前那么显赫，但王氏子孙在朝任高级职务的仍不少。如王导以司徒进位太保，王舒为湘州刺史等，这就是门阀政治赋予那些大族的特权。不过，对中央政权的控制权已由王氏手中转移到了颍川庾氏手中，王氏还是衰落了。
