而其他章门弟子后来也逐渐地认识到章太炎关于文学界说的偏颇。如曾自谓与“章先生议论相同”的朱希祖于1916年编著的一部《中国文学史》，作为北大国文系“中国文学史”讲义，当时持的是章氏所谓“泛文学观”。据时为北大国文系学生的金毓黻回忆，“当是时，先生（指朱希祖——引者按）膺北京大学聘授中国文学史，撰《总论》二十首，每一首成，必以呈章先生，盖不经章先生点定，则不即付油印。”《静晤室日记》第7册，1944年7月12日条，辽沈书社1993年版，第5599页。但时至1919年，他则在《文学论》一文中对此进行了反思：“吾国学术则浑而未析者多矣。故论文学者，必包络一切著于竹帛者而为言……（吾师余杭章先生著文学论，即主此说，分文学为十六科。希祖曾据此论编《中国文学史》，凡著于竹帛者，皆为文学。二年以来，颇觉此说之不安。章先生之教弟子，以能有发明者为贵，不主墨守，故敢本此义以献疑焉）”并明确提出了“文学须有独立之资格”的口号。朱希祖：《文学论》，《北京大学月刊》第1卷第1期，1919年1月。1920年，在准备重新印发1916年那份讲义时，他更是澄清说：“余之近日之主张，已大不相同。盖此编所讲乃广义之文学，今则主张狭义之文学矣，以为文学必须独立，与哲学、史学及其他科学可以并立，所谓纯文学也。”朱希祖：《〈中国文学史要略〉叙》，《朱希祖文存》，第352页。这一时期，朱希祖还曾针对章太炎所持“中国人种西来说”，直言不讳地提出质疑：“晚近言汉族西来者，大都取证于汉、魏以来伪造之纬书神话。一二欧洲人士，亦都接近此辈，不学无术，妄相附会。驯至积学之士，亦震其新奇，从而附和之，章先生亦其一也。”《文字学上之中国人种观察》，《北京大学社会科学季刊》第1卷第2号，1923年2月。无独有偶，钱玄同此时也向周作人表示：“‘纯文学’‘杂文学’之说，虽然给他们诸公吵得有些令人头痛，但我以为这种分划是应该的。”钱玄同：《致周作人》，《钱玄同文集》第6卷，第61页。
又如，在小学研究上，黄侃向来主张“治学第一当恪守师承，第二当博综广揽”，由是对其师章太炎之说也不乏批评。他在《声韵略说》中就写道：“对转之音，发明之者为戴氏，而孔氏遵用之；然所分配多未合，即本师《成均图》，亦尚有待参者。”另外如前所述，章氏《文始》一书采纳了黄侃的不少意见，黄侃对此书也是基本肯定的，但对其中一些具体的观点则时有驳难，并对学生表示：“虽师说，亦妄说也”。黄焯、王庆元：《黄侃传略》，晋阳学刊编辑部编：《中国现代社会科学家传略》第9辑，山西人民出版社1987年版，第360、358—359页。而鲁迅尽管不专治小学，却也曾在《在钟楼上》一文中质疑章太炎对“州”的释义，“我却发见了吾师太炎先生的错处了”，鲁迅：《在钟楼上》，《鲁迅全集》第4卷，第33页。并且还针对章氏晚年所提出的“白话必须从小学中寻出本字”的论断批评说：这“其实是文不对题的。这缘故，是因为先生把他所专长的小学，用得范围太广了”，“太炎先生是革命的先觉，小学的大师，倘谈文献，讲《说文》，当然娓娓可听，但一到攻击现在的白话，便牛头不对马嘴”。鲁迅：《名人和名言》，《鲁迅全集》第6卷，第362页。关于“本字”问题，钱玄同也曾表示：“我于戊申年（一九〇八）从太炎师问字，最注意此事。……我昔服膺此训，拳拳弗敢失坠。二十年来，读书略多，见解渐变，对于所谓‘本字’之解释颇生疑问。……我现在以为本字是不必考求的。”钱玄同：《〈辞通〉序》，《钱玄同文集》第4卷，第85—87页。
此外，章太炎向来对甲骨与金文是持一种强烈怀疑态度的。也有论者不同意此说，如姜亮夫便指出“先生于早年之说，似已不甚坚持”，“大抵先生于甲文因其‘来历不明’而疑之，此固治学谨严者应有之态度”（徐一士：《太炎弟子论述师说》，《追忆章太炎》，第418—419页）；王仲荦也回忆说，章太炎曾向其出示二三片甲骨并且说“这大概不会是假的吧”，“可见他并不是说甲骨文都是假的，是说有的甲骨文片是假的。……对真正的甲骨文他并不怀疑”（《太炎先生二三事》，同上，第77页）；汤炳正更申辩说“所有这些，与其说是‘保守’，勿宁说是由于‘严谨’而失之偏激”（《忆太炎先生》，同上，第461页）；侯外庐还曾经将章太炎与康有为相区别，参见《章太炎的科学成就及其对于公羊学派的批判》，《章太炎生平与学术》，第126页。不过从总体倾向来看，章太炎对甲骨与金文仍是持一种强烈怀疑态度的。早在《国故论衡》中他便说：“夫骸骨入土，未有千年不坏；积岁少久，故当化为灰尘。……龟甲何灵，而能长久若是哉！鼎彝铜器，传者非一，犹疑其伪；况于速朽之质，易薶之器。作伪有须臾之便，得者非贞信之人。”章太炎：《国故论衡》，第43页。直至晚年，他仍批评说“穿凿之徒，皮傅彝器，随情定字。……重以龟书刻骨，真伪难知，而妄者乃欲以倾夺籀斯，彼其灭裂故书”，章太炎：《今字解剖题辞》，《章太炎全集》第5卷，第136页。并且说：“甲骨文真伪且勿论，但问其文字之不可识者，谁实识之？……非特甲骨文为然，钟鼎彝器真者固什有六七，但其文字之不可识者，又谁实识之？……要而言之，钟鼎可信为古器者，什有六七，其释文则未有可信者。甲骨之为物，真伪尚不可知，其释文更无论也。”章太炎：《与金祖同》，《章太炎书信集》，第960页。况且在他看来，“龟甲且勿论真伪，即是真物，所著占繇不过晴雨弋获诸卒瓦事，何足以补商史？且如周代彝器存者百数，其可以补周史者甚少也”。章太炎：《与金祖同》，《章太炎书信集》，第964页。
而在这一问题上，章门弟子则大大突破了师说的樊篱，坚信甲骨与金文的价值。沈兼士即曾主张，“余窃以为今日之研究小学，应以说文始，以金文卜辞终”，沈兼士：《说文通俗序》，《沈兼士学术论文集》，第322页。并说：“甲骨卜辞之为殷代遗物，已为学者之所公认”。沈兼士：《从古器款识上推寻六书以前之文字画》，《沈兼士学术论文集》，第71页。朱希祖也在日记中将“殷墟甲骨刻辞”列为“吾国三大发见”之一，认为“确皆可信，非大言虚说所可推倒者也！”《朱希祖日记》，1939年4月24日条，引自傅振伦：《先师朱逖先先生行谊》，《文史大家朱希祖》，第214页。鲁迅同样也对殷墟甲骨表现出了浓厚的兴趣，先后购得《殷商贞卜文字考》、《殷墟书契考释》、《殷墟书契待问编》、《铁云藏龟之余》、《殷墟书契菁华》、《殷墟书契类编》、《卜辞通纂》等书，拟对此加以研究。参阅张杰：《鲁迅与罗王之学》，《鲁迅研究月刊》1999年第8期。
与此同时，钱玄同对甲骨金文的价值也予以了充分肯定。1933年，钱玄同曾对黎锦熙说：“弟在二十年前乃至十年前亦是信《说文》者。自读甲骨文金文以来，对于《说文》信仰之心乃大减”。见《与黎锦熙论“古无舌上、轻唇声纽”问题书》，《钱玄同文集》第4卷，第79页。1918年，他在致鲁迅信中便说，“你那天同我谈的乌龟身上的字，有许多的新发明……祈将已经见到的，随便写出一点，给我看看。……因为我近来要编辑讲义，关于字形一部分，颇要换点新法儿也。兼士处，亦当函询。”1921年，他又致信鲁迅表示：“我近来‘国故’得厉害，颇有罗遗老王遗少之风，对于龟文，颇想研究。不知待斋兄近来又有新义发明否？”钱玄同：《致鲁迅》，《钱玄同文集》第6卷，第3、16页。在此期间，他还在日记中写道：“我以为应用甲、金二文推求真古字、真古史、真古制，以推倒汉人之伪古字、古史、古制，不应用汉儒之伪文、史、制来淆乱甲金之真史制也”，《钱玄同日记》第4册，1922年7月15日条，第2153页。“现在，我们应该在甲文、金文中求殷代历史，在金文中求周代历史，以匡正汉儒（兼今文家、古文家）之胡说”。《钱玄同日记》第5册，1923年1月1日条，第2467页。此后，他更是公开呼吁：“我们若专门研究文字学，自然应该从钟鼎甲骨讲起”，钱玄同：《汉字革命》，《钱玄同文集》第3卷，第64页。他还曾对王森然说：“研究我国文字，宜从最古甲骨钟鼎起”。见《钱玄同先生评传》，《近代名家评传》二集，第349页。“甲骨跟钟鼎上面的文字，现在还未经整理，但据王筠、吴大澂、孙诒让、罗振玉、王国维、容庚诸人所释，足以订正许书之违失的已经不少”，钱玄同：《论〈说文〉及壁中古文经书》，《钱玄同文集》第4卷，第268页。“现在要知道古代的真历史、真典礼、真制度，最可信据者惟有甲骨刻辞及钟鼎款识等等实物耳。今文经中，孰为史料，孰非史料，惟有以甲骨刻辞及钟鼎款识校之，方能断定其真伪与正误”钱玄同：《〈左氏春秋考证〉书后》，《钱玄同文集》第4卷，第315页。。为此，他还曾计划对历代钟鼎彝器铭文的研究做一次“索引式的整理”，成一《金文汇编》，并拟具了《编纂金文汇编计划书》。黎锦熙：《钱玄同先生传》，《钱玄同印象》，第87页。
在此还尤值得一提的是，过去人们常常误解黄侃对甲骨金文的态度，其实他晚年对此是十分重视的。关于这一点，近年来已有学者予以澄清。详参陆宗达：《我所见到的黄季刚先生》、《季刚先生二三事》，许嘉璐：《黄侃先生的小学成就及治学精神》，均收入程千帆、唐文编：《量守庐学记——黄侃的生平和学术》，三联书店1985年版。具体说来，他在1930年致亲家徐行可的信中即曾反思说：“近日闲居，深念平生虽好许书，而于数百年所出之古文字，所见未宏。夫山川鼎彝，汶长所信，今不信其所信，徒执木版传刻之篆书，以为足以羽翼《说文》，抑何隘耶？”并表示：“夫汶长之书，岂非要籍？枣木传刻，盖已失真。是用勤探金石之书，冀获壤流之助。近世洹上发得古龟，断缺之余，亦有瑰宝。……倘于此追索变易之情，以正谬悠之说，实所愿也。”黄侃：《与徐行可书》，《黄季刚诗文钞》，第76页。他还致函其弟子陆宗达指出，“所言治文字学，私意宜分三期：一即古籀文，下至唐世所云文字学；二则宋世薛、吕、欧、赵、洪、三王、张之书；三乃近代钟鼎、甲骨之学耳”，陆宗达：《季刚先生二三事》，《量守庐学记》，第133页。并屡次嘱子女及弟子为其购金文甲骨书，“务望致之，虽价昂亦不惜”，“要紧要紧”。许嘉璐：《黄侃先生的小学成就及治学精神》，《量守庐学记》，第66—67页。同时还致函书店，嘱有金石甲骨文字书即见告。司马朝军、王文晖合撰：《黄侃年谱》，湖北人民出版社2005年版，第291页。另外，他手批《说文》上也几乎每页都有引金文、甲骨加以对照之处，陆宗达：《我所见到的黄季刚先生》，《量守庐学记》，第122页。并拟撰《殷墟书契诠释》、《钟鼎甲骨考》二书予以专门考释。由此可见，黄侃等章门弟子在甲骨与金文问题上并非对章太炎亦步亦趋，而是极大地跳出了师说的窠臼。
再如，在经学史研究上，钱玄同更是与章太炎持截然不同的看法。他早年“颇宗今文家言”，钱玄同：《论今古文经学及〈辨伪丛书〉》，《钱玄同文集》第4卷，第225页。因此在1910年1月13日的日记中即曾明确写道：“余虽受业章先生，然观以辟今文说，亦颇不为然。”《钱玄同日记》第2册，1910年1月13日条，第958—959页。这一时期，他站在今文家的立场上，对章太炎着力阐发的“六经皆史”说提出质疑，时至1923年，他仍坚持认为：“章学诚和章炳麟师都主张‘六经皆史’，就是说孔丘作六经是修史，这话本有许多讲不通的地方”。见《研究国学应该首先知道的事》，《钱玄同文集》第4卷，第256页。关于钱玄同对“六经皆史”说的态度，参刘贵福：《黎锦熙〈钱玄同先生传〉献疑三则》，《鲁迅研究月刊》2004年第1期。认为“此说实未可从”，《钱玄同日记》第2册，1910年1月16日条，第966页。并且指出“世尤有牵章实斋六经皆史之说，六经皆史说其他姑弗论，即如《诗》、《易》二经如何能说是史？……后世乃认《诗经》为史，岂非谬误”，因此“今日读此经，惟当取□□五经，五经制度皆同典谟制度，无异于《春秋》，康君谓此本孔子所定，托诸尧舜，其说最通”。《钱玄同日记》第3册，1916年1月6日、1日条，第1396、1385页。与此同时，他还对章氏批判刘逢禄“心窃怀疑，再取刘书细读，终不敢苟同太炎师之说”，钱玄同：《〈左氏春秋考证〉书后》，《钱玄同文集》第4卷，第298页。并肯定皮锡瑞“《春秋》是经，左氏是史，……体例判然不合”的论断“其说最确”。《钱玄同日记》第2册，1910年1月16日条，第964页。
1911年2月，钱玄同谒今文家崔适请业，“时向崔君质疑请益”，钱玄同：《重论经今古文学问题》，《钱玄同文集》第4卷，第134页。“始借读《新学伪经考》，……自此也笃信‘古文经为刘歆所伪造’之说”，从此更“专宗今文”，钱玄同：《论今古文经学及〈辨伪丛书〉》，《钱玄同文集》第4卷，第225页。以至于被同门视为“背师”。《钱玄同日记》第3册，1916年1月3日条，第1390页。而当他在1917年“思想改变，打破‘家法’观念”之后，钱玄同：《论今古文经学及〈辨伪丛书〉序》，《钱玄同文集》第4卷，第225页。更是突破了今古文之争的壁垒，对章太炎古文经学和崔适今文经学都加以深刻反思：“他们俩都是经师，崔师是纯粹的今文家，不信一切古文经说而绝对地相信《春秋公羊传》；章师是纯粹的古文家，不信一切今文经说而绝对地相信《周礼》。我对于两师那种‘不信’的态度，认为大体是不错的，而对于他们那种‘相信’的态度，实在不敢赞同”，钱玄同：《论〈说文〉及壁中古文经书》，《钱玄同文集》第4卷，第266页。“就是章君，能拨开孔子作经的云雾，而仍躲在周公制礼的云雾之下；康君能拨周公制礼的云雾，而仍躲在孔子作经的云雾之下，此其蔽也。我们现在应该取他们拨云雾之点，而弃他们躲在云雾下之点，则古史真相才能渐渐明白地披露了”。《钱玄同日记》第5册，1922年12月24日条，第2448—2449页。钱玄同还曾对友人表示：“近二十年来，弟读书稍多，……对于先师章公太炎之著作，亦多有不敢苟同者矣。”钱玄同：《致郑裕孚》，《钱玄同文集》第6卷，第299页。显而易见，他在经学史研究上已极大地突破了其师章太炎拘于古文经学的门户之见，诚可谓“学出余杭，不囿樊篱”。国立北平师范大学编：《钱玄同先生纪念集》，转引自吴锐：《钱玄同评传》，百花洲文艺出版社1996年版，第282页。
