就美洲而言，地理大发现的历史在很大程度上是一部征服史。人们或者出于贸易的需要，或者想要寻找合适的定居地点、矿藏、作物种植区和运输通道，从而逐渐熟悉了美洲的海岸和内陆地区。
到目前为止，我们一直在讨论西班牙和葡萄牙沿新大陆海岸的发现，但早在16世纪，他们就开始踏足美洲大陆，深入内陆进行探索。1513年，瓦斯科·努涅斯登上与巴拿马地峡相连山脉的最高峰，这是欧洲人第一次在麦哲伦命名太平洋之后看到这片大洋。在那里，他听说南方有一个土地无限广阔的国家，有无数伟大的民族在这个国家居住，他们拥有大量的黄金。在听说过“黄金国”（埃尔多拉多）故事的努涅斯同伴中，有一个叫作弗朗西斯科·皮萨罗的人，他注定将来要验证这个传说。古巴的总督迭戈·委拉斯开兹也听到过类似的报告——在达里恩北部有个拥有许多黄金的大国。于是，1519年，他派遣他的副手埃尔南多·科尔特斯率领10艘船、650人和18匹马前去调查。科尔特斯等人在他命名为维拉克鲁斯的港口登岸，他的手下——特别是他们的马——的样子吓坏了当地的墨西哥土着。那时候，墨西哥是个半开化的国家，由蒙特祖玛统治，他是阿兹特克人的最后一个国王。12世纪，阿兹特克人取代托尔特克人统治了墨西哥。早在公元7世纪，他们就来到了墨西哥高原定居，并且把金属的使用和道路的修建方法等文明元素介绍到了当地。据说，蒙特祖玛手下至少有20万军队，但他对西班牙人还是以礼相待，送给他们昂贵的礼物、黄金和白银。但这样做更引起了科尔特斯的贪欲，使他迫不及待地想要征服墨西哥。他烧毁了他的船只，深入内陆，征服了沿途的特拉斯卡兰部落，但特拉斯卡兰人一直和墨西哥人作战，因此被征服之后，他们愿意协助西班牙人对付墨西哥。经过一番征战，科尔特斯占领了墨西哥的首都，控制了整个墨西哥帝国的资源（1521年）。他立刻把这些战利品奉献到皇帝查理五世的面前，皇帝任命他为墨西哥舰队司令和总督。这是新大陆历史上戏剧性的一幕，因为没有任何探险家能够想到，可以如此轻而易举地将一个帝国收入囊中。这也证明了，即使大部分的无法无天之徒也有国家观念。这一历史事件让欧洲和欧洲人的理念传播到了美洲，更确切地说，是新大陆成为了欧洲的附庸。
一旦在美洲站稳脚跟，科尔特斯就开始探索新大陆。他亲自率队跋涉1000多英里，来到洪都拉斯，途中只使用了一张画在棉布上的地图，塔巴斯科的酋长在地图上绘出了一直到尼加拉瓜为止的所有城镇、河流和山峦。科尔特斯还派出一支小探险队，由阿尔瓦罗·德·萨维德拉带领，前去支持塞巴斯蒂安·德尔·卡诺领导的西班牙人在摩鹿加群岛的探险。1527年，这些探险者来到蒂多，听说他们来自新卡斯蒂利亚之后，当地的西班牙和葡萄牙人都震惊不已。1536年，大部分权力已经被削减的科尔特斯组织了一次沿墨西哥西北海岸的探险，来到了他认为是一座大岛屿的地方。他认为这是传说中远东的一座岛屿，靠近地上乐园，根据当时的一个爱情故事，他将此地命名为加利福尼亚。因为科尔特斯的发现，在他1540年去世之前，中美洲几乎全部的地区都被世人所知。同样地，在更早时，即1512年，庞塞·德莱昂以为他在佛罗里达发现了另一个传说中的大岛——巴玉卡，该岛来自印度传说，据说岛上有一座令人永葆青春的喷泉。科尔特斯第一次来到墨西哥的时候，皮内达就沿佛罗里达航行过，一直去到过维拉克鲁斯。
科尔特斯的成就十分重要，他证明了一小群人竟然能够征服一个庞大的帝国，并且获得空前的财富。受到科尔特斯成功的鼓励，弗朗西斯科·皮萨罗试图寻找他听说的巴尔博亚探险队发现的埃尔多拉多。在同伴迭戈·德·阿尔米格罗的帮助下，他沿着南美西北海岸进行过多次航行。在路上，他们得知了印加王国位于秘鲁高原的消息。一路上，他们也获得了足够的金银，所以对找到印加帝国的财富充满信心。于是，他们回到西班牙向皇帝报告。查理五世准许皮萨罗远征秘鲁，任命他为总督和舰队司令，并且要他把所发现财宝的五分之一献给皇帝。1531年2月，他率领180人的小探险队出发了，其中有36人是骑兵。采用科尔特斯的策略，他挥军直取首都库斯科，抓住了当时的印加国王阿塔瓦尔帕。国王向皮萨罗提出，他希望交付赎金以换取自由：用金条填满他所在的房间，房间长22英尺，宽16英尺，金条的高度达到他手掌的位置。国王实现了他的诺言，皮萨罗及其同伴获得了相当于300万英镑的财富。
非洲奴隶贸易图
然而，他们并没有释放阿塔瓦尔帕，而是随便找了一个理由处决了他。皮萨罗解散了探险队，志得意满地认为以他们所拥有的财富，足以招募到能够协助他顺利前往埃尔多拉多的人手。1534年，他在海岸附近的利马定居。与此同时，阿尔米格罗被派到南方，自封为智利总督。1539年皮萨罗的兄弟冈萨雷斯开始了穿越安第斯山脉的探险。他来到了亚马孙河的源头。8月，他的一位同伴弗朗西斯科·德·奥雷利亚纳一直航行至亚马孙河河口，行程达1000里格。最初，人们以奥雷利亚纳的名字命名这条河，但是他的报告中提到，当地有一个女勇士组成的部落，于是便称其为亚马孙河。奥雷利亚纳还报告说，北方另外有一个埃尔多拉多，那里的庙宇屋顶覆盖着黄金。这份报告后来导致了沃尔特·罗利爵士对圭亚那灾难性的远征。通过他的远航，奥雷利亚纳将西葡两国在新大陆中的“势力范围”连接到一起。到1540年，在哥伦布第一次远航之后的一个半世纪的时间里，西班牙探险家已经熟悉了中南美洲的大致轮廓及其内陆部分地区的情况。虽然教皇已经将巴西分给了葡萄牙，但其余的大部分地区都属西班牙所有。葡萄牙明智地将巴西作为他们输出本国过剩人口的目的地，大批葡萄牙人到巴西定居，建立种植园。另一方面，西班牙人则将这些领地视为仅供他们访问的巨大市场，他们在墨西哥和秘鲁发现了大量的金银矿和水银矿。其中，波托西的矿藏尤为着名，而这些矿藏的利润都归西班牙所有，西班牙人像筛子一样“过滤”了输出到欧洲的贵金属，提高了旧大陆的贵金属价格。回程的西班牙大型帆船会把欧洲的商品运到新西班牙地区出售，那里只能买到佛兰德的布料，而西班牙的中间商竟然将其价格提高到原来的三倍。西班牙这一短视的策略自然鼓励了走私，吸引各国的船舶参与到走私活动之中。
在16世纪时，葡萄牙人自西非地区大量引进了黑人奴隶到南美洲
我们已经看到，法国和英国曾经探索过北美的东北海岸。而在16世纪，它们便很少涉足那片当地人并不友好的地区，而且那里也没有中美洲的耀眼财富。无论是1534年卡地亚的探索，还是更早的卡波特，其后都没有追随者继续他们的探险。布列塔尼的渔民曾经到过纽芬兰的渔场，无数探险者也试图找到西北航道的入口，但直到17世纪初，欧洲人才开始开发美洲北部。1565年，欧洲人在佛罗里达建立了第一个城镇——圣奥古斯丁。然而，三年后，法国探险队破坏了这里。1584年，沃尔特·罗利爵士想要在如今的弗吉尼亚州附近建立一个殖民地，但努力了三年都失败了，直到詹姆斯一世统治时，英国人才有组织地在北美海岸地区建立了种植园。
