贞观元年（627年）夏秋之际，魏征被任命为尚书右丞，仍兼谏议大夫。尚书省是掌国务大权的最重要部门，但魏征任这一职务仍不能说明他就已经得到重用。当时，尚书省的左仆射是萧瑀，右仆射是长孙无忌，均为魏征的顶头上司，地位比他显赫得多。其他两省的长官，门下省的侍中为高士廉，中书省的中书令为房玄龄，都是事实上的宰相，而且论级别也要比魏征高一品。唐代尚书左右丞中，左丞为四品上等，右丞为四品下等，左丞比右丞地位要高，当时戴胄为左丞，魏征以右丞而居其下，可见其地位还赶不上戴胄。戴胄过去的经历比魏征要体面得多，他曾在隋朝末年的朝廷中小有名声，当时的重臣苏威、裴矩都对他很客气，很看重，当过越王杨侗的给事郎，以抗言敢谏而闻名。后成为王世充的郑州长史，在武牢关大战中被李世民俘获，这一点与魏征倒是有点相似，只不过有个重要区别处：魏征自虎牢关兵败降唐后，投奔的是太子李建成；而戴胄降唐后直接被李世民纳入秦王府集团之中，被委任为秦王府士曹参军。玄武门之变后，被提升为兵部郎中，封为男爵，旋及又被提拔为大理寺少卿，一跃而成为中央司法审判机关的主要领导人之一。贞观元年（627年），戴胄以敢谏忠直的风格而使唐太宗称赏不已，所以把他调到尚书丞的岗位上来，协助宰相们执法断事，参议得失。
次年，杜如晦以兵部尚书检校侍中，并兼管吏部，不久又当上尚书右仆射。上述几个人中，长孙无忌是唐太宗的妻兄，高士廉是长孙无忌的舅父，房玄龄和杜如晦则均属于原秦王府的心腹之臣。贞观时期，尤其是初期，房、杜二人共掌朝政，当时的政治体制、官制和典章制度都由他俩制定，在当时享有极高的声望，被人们称为“房杜时代”，就政治格局而言，可以说当时实行的是“房杜体制”。而魏征在上层政治圈内，面对着皇亲国戚和李世民的秦王府旧部，面对所谓的“房杜体制”，他只有自愧不如，徒生艳羡而已，在政治角力较量中是没有多大能量的。大致上，他除了在朝廷上发发议论，讲讲君道王制以动圣上的视听之外，就只有在尚书省里秉承上级的指示，办理一些兵、刑、工三部的例行公事而已，不可能再有什么作为。王珪和魏征一样，也属于原来的太子建成手下的东宫官，但到了贞观年间，蒙受的提拔晋用也跟魏征有所区别，并不同步。贞观元年（627年），李世民即位之初，王珪就以黄门侍郎的清贵要职参与朝政，进入到中央上层圈子中了，第二年，就提拔为门下侍中，成为门下省的首长，跻身入宰相的行列。而魏征直到贞观三年（629年）才开始参与朝政，但职务只是一个秘书监，迟至贞观七年（633年），才爬上门下侍中的位置，总算过了把正式宰相的瘾。这些事实说明了唐太宗对待王、魏二人并不一样，而是有所区别的，即对王珪的重用超过了魏征，这可能与王珪的出身要比魏征高贵、自己过去的官职也要比魏征高一些有关。
魏征在贞观年间经历了长达7年之久的考验，才进入上层最高权力集团，这对任何人来说，都是难熬的。唯一对这种漫长考验的感受有过之而无不及的人，在贞观年间就只有褚遂良了。褚遂良也是唐代名相，但他也是个大器晚成的贞观大臣，一个在隋末就担任过秦州都督府铠曹参军的文武双全之才，而且有当秦王府学士的父亲褚亮这层特殊的背景，却迟迟等到贞观十八年（644年）才当上黄门侍郎，开始“参纵朝政”，贞观二十二年（648年），老态龙钟的他，才当上中书令，尝到了做宰相的滋味。魏征要是九泉有知，相比之下，也许会有点欣慰：比上不足，比下有余，自己还算是幸运之人。
再从魏征初进宰相班子时，整个宰相班子的阵容情况来看，他的处境也很不利。当时房玄龄任尚书左仆射（第一宰相）已达4年之久，而且地位十分稳固，威望正如日中天；尚书右仆射是李靖，他在李渊攻克长安之初险些被斩首，全靠李世民再三求情免死，才保全了性命，所以被李世民召入秦王幕府后，诚心竭力，成为李世民打天下南征北战时最得力的军事指挥家，他与李世民这种深厚的恩情旧谊的缘分，使他能够毫不费力地在贞观二年（628年）就以刑部尚书的本官兼任中书令，迅速进入最高权力圈。得以参与朝政的还有右卫大将军、兵部尚书侯君集，检校吏部尚书戴胄，前者在李世民当秦王时，就早已被引入幕府，数次南征北战，渐蒙恩遇，玄武门之变，他是策划者和核心参与者之一，所以贞观四年（630年）就能进入宰相班子；后者前文已经作过交代，先后担任过兵部郎中、大理少卿、尚书左丞、吏部尚书等要职，一步一个台阶，贞观四年（630年）时也踏进了宰相的厅堂。以上几人在贞观以前都同李世民有特殊关系，都有特殊背景和雄厚政治资历，而且没有什么政治嫌疑，皇帝对他们的信任和重用都超过了魏征。
在“房杜体制”时期，房玄龄一直任左仆射，杜如晦则担任右仆射，杜如晦贞观四年（630年）去世后，由李靖接替这一职务达5年之久。后来温彦博继任2年，接任者为高士廉，直到魏征去世那年（643年），仍然是房玄龄当左仆射，高士廉当右仆射，而魏征一生都始终没能当过仆射之职。“房杜体制”即使是在杜如晦英年早逝的情况下，也没有变成“房魏体制”，就充分证明了一个事实：魏征在贞观年间的实权一直不能与房玄龄、李靖、高士廉等人相比，更无法与长孙无忌等人相提并论了。大致从贞观七年（633年）他任侍中后，在政事堂会议上的发言权才稍有改善。
再从贞观七年（633年）魏征拜侍中时，诸位宰相的年龄上考察一下当时的情景。这一年魏征54岁，唐太宗37岁，房玄龄55岁，萧瑀60岁，李靖63岁，高士廉58岁，长孙无忌的年龄无法考证，可弃而不论。从上述可知的几位宰相的年龄上看，魏征比唐太宗大17岁，太宗把他作师傅看待也是合情合理的，但与其他人相比，除房玄龄的年纪与魏征不相上下之外，其他都长于魏征，少则5岁，多则9岁，所以他在政事堂议政时，不免显得年轻资浅，也比不上皇亲国戚、秦王旧属。因此，魏征发挥的作用，多见于同唐太宗的问对、议论中，而他在政事堂、门下省的作为却很少被史籍所记载，这恐怕不是出于史臣的疏忽，而是有其具体原因的。魏征任侍中之初，本来对他是一件莫大的喜事，但他却以视力不佳为由，数次打报告要求辞去这来之不易的宰相之位，而且还当面向唐太宗提出辞职的申请。这到底是怎么回事呢？是魏征由衷地不想当侍中吗？是他的眼睛果真有疾病，健康方面的欠佳导致他工作受到影响了吗？为什么要一再地辞却侍中的官职呢？《旧唐书·魏征传》中有几句话道破了个中奥秘：“征自以无功于国，徒以辩说，遂参帷幄，深惧满盈，后以目疾频表逊位。”即自己感到在唐朝立国、平定天下时没有什么战功，在玄武门之变的新旧转换之际也没有任何功绩可言，光靠几条建议，说一些话就进入最高权力层，他的心是不踏实的，底气也不足，勉强进入由开国元勋、秦府旧属和士族达官、皇亲国戚组成的这个公卿集团，是注定要被排外的。所以魏征深深感受到他不配坐在这一位子上，这把宰相椅子绝对不是那么好坐的，坐了，就要准备迎接挑战，准备应付各种压力，准备为此付出代价。魏征没有信心，于是，他害怕了，恐惧了，一种无法排除的孤独和自卑，令他退却和逃遁。使魏征变成如此表现，唐太宗是应该负主要责任的。君臣之间合作了7年之久，依然让魏征时时痛感身是客，无法与皇上及一班同僚达到水乳交融的境界，并非单纯因魏征过于敏感，疑神疑鬼，而是真真切切地存在着他与唐太宗及秦府旧属们之间的无法克服的心理隔阂和身份障碍。尽管唐太宗从理性上认识到君臣之间应以诚信相处，号召大家不计前嫌，精诚团结；魏征在口头上也经常强调君臣之间不应存形迹和芥蒂，而事实上双方并不可能完全做得到，双方疑忌之事是根除不掉的，魏征的身份和昔日的经历，在唐太宗心头，总是一团永远抹不去的阴影。在玄武门之变中夺得皇位的唐太宗，清醒地知道，他在政变中能够制胜的重要原因就是秦王府的文武心腹们能精诚团结，所以，对魏征并不能完全信任和重用，是符合情理的。
唐太宗与魏征之间一直存在的这种戒惧之心，有时便很自然而然地暴露出来，甚至还出现过相当紧张的情况，例如太宗曾向皇后吐露过想杀掉魏征的念头，幸亏经皇后巧为劝解，才使魏征化险为夷。还有一件君臣关系险些彻底恶化的事情，却鲜为人知，不妨在此简略介绍一下。据《魏郑公谏录》卷五《太宗移旧阁》篇中记载：唐太宗正在移建一座旧阁，魏征认为欠妥，太宗却以为这是在“谤我作望陵台”，魏征其实是觉得此项工程，用十车铜，不免奢侈浪费一些。唐太宗却在盛怒之下，对魏征产生了敌对思想。他的这种看法不仅没有在事后消除，甚至跟另外的大臣杜正伦谈及，性质显得很不简单了。他说：“魏征与我的关系，并不是原来秦王府旧部下的那种老关系，是我从罪犯中把他赦免出来，给他出路，送他富贵前程的。我只不过看在他能够诤谏，所以对他如此之好，可他却不知天高地厚，自以为是个什么东西，照他那想法，好像国家不重用他，这国家就不好；我不听他的，我就不讲道理！自古以来的贤君明王，没有魏征，也照样创造出太平之世，我今天难道少了他魏征，天下就没有了？”看来，只要遇到不愉快的时候，唐太宗就要揭魏征的老底，撕他的伤疤，把魏征在历史上做过降虏，当过东宫党人的经历不时挂在嘴上。上述这件因移建一座旧阁而引起的龃龉，发生在约贞观十七年（643年）间，经过那么长时间的相处，唐太宗还没能根本扭转对魏征的猜疑态度，可见玄武门之变时的阵营关系仍然像永不消逝的魔障，存留在唐太宗的记忆之中。成见，是一种多么可怕的东西！魏征终其一生始终没能掌握国家政务大权，恐怕就是由于君臣间的这种特殊关系所致。
尽管君臣二人的关系有其消极的一面，但积极的方面仍应居于支配地位。唐太宗不但承认：“贞观以后，尽心于我，献纳忠谠，安国利人，成我今日功业，为天下所称者，唯魏征而已。古之名臣，何以加也！”而且把他和魏征，与苻坚同王猛的关系相比拟，甚至把魏征比作当今的诸葛亮，作为皇帝的谏臣，魏征对唐太宗的立国思想和政治路线的确立方面，确实起了极其重要的作用。尽管他掌权有限，实绩不多，对唐太宗时期的具体政务并无太多的操持和筹划，但他对于整个唐代的政治方向和原则方针却起了总策划人的作用。
李世民即位后于第二年（627年）改年号为“贞观”，对全国统治达23年之久，直到去世，“贞观”的年号一直没变。在这20多年的时间里，唐朝在各方面取得了显著的成就，成为中国封建社会历史上的一段黄金盛世。历代人对太宗这一统治时期的政绩和功业大加赞颂，称之为“贞观之治”。导致这一局面出现的原因是多方面的，既有赖于唐太宗的英明领导，也有赖于无数臣民的共同努力。“贞观之治”是当时君臣齐心协力、精诚合作的产物。唐太宗对贞观之治的贡献当然是极其巨大的，他是当时上演这出精彩大戏的头号主角，历来获得的赞誉已经够多了。但是，群臣也都在给唐太宗甘当配角，都以不同的身份，在不同的岗位上，以不同的方式和表现，替唐太宗帮着忙、出着力、操着心，他们像一群称职而又尽心卖力的演员，与唐太宗共同将贞观之治这幕历史剧演得非常精彩，获得巨大成功。而从贞观元年（627年）到贞观十七年（643年），魏征以谏臣的身份，向太宗提出了大量的建议和意见，发表了许多言论，从而构成了魏征的学说和思想体系，也形成了唐太宗时期的国策和路线。
前面已经讲过，魏征在“玄武门之变”后，是以东宫党人的罪犯身份出现在唐太宗面前的。好不容易得到唐太宗的宽大和原谅，但原秦王府旧部中的许多人却不原谅他，像魏征这种昔日的敌人，如今在新政权里，本应是战战兢兢服从指挥，老老实实地做人，可他刚被任命为詹事主簿、谏议大夫这芝麻大的小官，就不知天高地厚，在奉命宣慰山东时，竟敢擅自做主，私放建成党羽，回京后不但没有受到处理，反而通过一番花言巧语，搏得皇上的表扬和赞许，这真是太不像话了！可是，尽管那班秦府旧属愤愤不平，但因为有唐太宗的肯定，他们也只好憋住这口恶气，隐忍在胸，没有向魏征去发泄。魏征并没有在乎朝中人们的心情和态度，他的确有些旁若无人，一涉及事关真理与谬误，大是与大非时，他就顾不上自己的身份和地位，按捺不住自己的秉性，定要挺身上前，争个高低，辩个究竟。例如，唐太宗刚即位的时候，召开了一次朝廷百僚大会，会议议程之一是讨论“教化”问题，即经过十年大乱之后一个百业凋敝、万户残破的社会如何治理和振兴？这种社会状况之下的人民该如何去统治？对此，唐太宗当时也是心中没有底，信心很是不足。魏征针对唐太宗的忧虑和担心，提出了自己的看法：“长期处于和平安定社会中的人民，容易生出骄狂和怠慢，这样就不好去教育和管理了；遭受过战乱的人民，愁苦不堪，发愁吃苦的人最向往和平安定，所以最听话，最容易教育和管理。因而大乱之后治理国家，就像饿极了的人渴望吃东西一样，来得更快、更自觉。”唐太宗认为很有道理，但却认为：“善人治理国家也要经过百年的工夫，况且在今日？”魏征不同意，他认为：“圣明地治理国家，就像声音立即有回响一样，一年之内必可见到效果，三年见到成绩都太晚了，哪用百年？”当时的宰相封德彝认为魏征在吹牛，唱高调，劝唐太宗不要听他的话。封德彝认为：“上古以来，一直到今，人心一天比一天变得奸诈，秦朝想用严刑峻法，汉朝想用霸王之道，都想把人心收拢过来，但都没有成功，要是能够教化过来，他们难道不想去教化吗？魏征只是一介书生，不识时务，妄谈高调，若听从他的说法，国家必败。”魏征不顾地位的悬殊，丝毫不被宰相的高位吓退，针锋相对地质问封德彝：“古代黄帝征蚩尤，高阳征九黎，汤伐夏桀，武王伐纣，都能达到天下大治，他们哪个不是在天下大乱之时创造出大治社会的？如果按照封大人的论调，人心今不如昔，一天比一天变坏，那么今天的人民都可以成为魔鬼了，还谈什么治理国家呢？现在的问题是采用什么办法治理国家，而不是人民能不能教化和治理。”由于唐太宗采纳了魏征的意见，几年之后，收到了预期的效果。关于教化问题的讨论，具有非常重大的意义，其结论被唐太宗作为贞观时期制定国策的理论基础，对数十年的全国大政方针产生了不可估量的影响。
由于魏征越来越受到唐太宗的信任，就遭到了一些大臣的不满和嫉妒。魏征不但在关于教化问题辩论中成了得胜者，又在有关以威刑肃天下的大政方针的讨论中，以否定的态度，推翻了以威刑为主统治人民的主张，提出应推行以爱民厚俗的王政，唐太宗再一次站在魏征一边，同意了他的主张。那些像封德彝一样持不同政见者，对小小的魏征如此锋芒毕露，咄咄逼人，早已心存不快，如今几次三番，恃宠放言，据理力驳，挫败大臣的建议，顶回上司的计划，更是引起许多人的怨恨。魏征这个人真的应了“大智若愚”的成语，他在政治上的大智大慧，对国家兴亡和社会盛衰的远见卓识，历史早就公认了他无愧于“大政治家”的称号。可就是这个精通政治的大家，却对于政治圈子里的小气候、小手段、小伎俩、小纠葛、小阴谋等，是那样地一窍不通，有时甚至到了傻乎乎的程度。他不会察言观色，不会见风使舵、不会阿谀逢迎、不会拉帮结派、不会投机取巧、不会两面三刀、不会欺上瞒下、不会防嫌避忌、不会明哲保身……他的现实表现，一点也不像个政客，而是一个地地道道的书生！他的书生气其实是有家庭传统的，甚至有些遗传因素在里面，魏征的少年不事生业，读书兴趣大，又不只潜心儒学，钻研一经，而是多所通涉，泛读典籍，尤其是喜欢研究纵横之术，说明他落拓不群，志向甚高，理想成分很重，他的青少年时期的突出表现，就是总把学问当成政治，而一旦投入政治，他又以执着的秉性去探索政治的真谛，而忘却自己身处俗世和人事的复杂纷扰，甚至不顾个人的得失成败，一味地把政治当成学问去对待。这种在追求理想、抒发志向时把学问当成政治；在面临现实、对待事业时又把政治当成学问的表现，是魏征富有浓厚的书生气的典型反映，不独魏征，中国传统的知识分子本性莫不如此，自古至今，概不例外！
魏征的这种不拘小节的性格，不顾嫌疑的磊落行为，唐太宗是理解的，欣赏的，但并不是所有的人都理解，都欣赏。他由一个有罪的前太子党人一跃而成为尚书右丞，一下变成能够经常出入皇上寝宫内的宠信之臣，成了唐太宗几天不见就有点想念的有分量的大红人，至少导致了三个方面的人心中不快和不满。
一类人是封德彝之辈，这种人阴险狡诈，诡计多端，早在隋朝做官时，就以会耍诡计、玩手段而著称。封德彝这样的人谈不上什么仁义信用，而只是靠熟悉前朝典章制度，精通官场人事和文章而进入唐朝高层权力集团，但在唐太宗即位后没有做出什么显著成绩和建树，全靠善于逢迎主上、倾轧同僚而保住地位。他在朝堂上的观点遭到魏征的驳斥，一个高高在上的宰相竟败在小人物魏征的手上，焉有不痛恨之理？好在封德彝也不是唐太宗的旧部亲信，而且在上层人物中人缘极差，况且行将就木，日薄西山，是李世民将要遗弃的无用元老，所以他对魏征还不太构成多大的麻烦和威胁。
另一类人就是原秦王府旧属诸大臣。他们当中主要人物是房玄龄、杜如晦、长孙无忌、高士廉、尉迟敬德、程知节、褚亮、虞世南等一大批文武旧部。唐太宗即位不久，房玄龄就作为这批人的代表，向唐太宗提意见：“秦王府老部下中许多没有被提拔升迁的人，都充满了牢骚埋怨之情，说他们侍奉在皇上左右那么多年了，出生入死，肝脑涂地，坚定不二，忠心耿耿，如今安排官职，却还比不上前太子宫和齐王府里的人，真让人寒心，大家心里确实想不通啊！”这里所指的原太子宫和齐王府旧党，显然包括了魏征、王珪、韦挺等人。原秦王府旧属诸人认为他们才是唐太宗的嫡系，是名正言顺的政权接管者，是有充足理由享受高官厚禄的。不料唐太宗对人事的安排并没有像他们所想的那样，纯粹地按一朝天子一朝臣的思路去做，并没有全用旧部，“尽除异己”，而是酌情而定，适当地闲置了一批自己过去的忠诚部属，而大胆提拔进用一些从前的“敌对”“异己”人物。政权班子的组建和人事组织的安排历来是政治性最强、最敏感的问题，是一切人最为关注的重中之重。唐太宗不仅留用了魏征等人，而且还日益信任和重视，那些在新政权建立后即被闲置和冷落的人，自然把对老主子李世民的埋怨和不满转移到魏征等人的身上，并且由埋怨和不满激化成为愤怒和仇恨！要不是有唐太宗的出面解释和极力维持，秦王府那帮老部下早就将魏征等人赶出京城，甚至会动手把他们一刀劈成几段！
唐太宗是不会让自己的昔日嫡系部下过分地放肆的，他深谙人君驭人之术，往日的功臣，不能让他们过分抱成一团，形成一个无法驾驭的势力，而是要采取适当的抑制政策，削弱他们在新政权中的比重；对于昔日的敌对势力和异己力量，则尽可能施以恩惠，示以宽大，适当吸收一些德才兼备的有用之士，来弱化或消除敌对势力对新政权的仇视和疑虑，尽可能团结一切能够团结的人，尽可能化不利因素为有利因素。况且将这样的人引进一些到新政权里，还可以起到抵制老部下和心腹嫡系力量的作用，以达到权力平衡，由皇帝自由调节和控制的目的。当然，唐太宗内心所想是一回事，却不能实话实说，嘴巴上讲出来的话，必须冠冕堂皇：“君王必须至公无私，才能让天下人心悦诚服，朕和你们每天所吃的饭，都是人民给的，设官分职，都是为了人民，本应选择贤才而任用，岂能够以是否是嫡系，是否是老部下而分先后主次呢？如果是德才兼备的贤人，哪怕没有背景我也要任用；若没有什么本领又无德行，哪怕是我的老关系，也不能提拔重用他。今天，你们不管人本身德才行不行，只看到过去的部下没有被重用就牢骚满腹、埋怨不已，这还成什么体统？你们还考虑到国家的利益吗？”
第三类人是某些皇亲国戚，也不满魏征的“小人得志”。比如唐太宗的叔父淮安王李神通，不但看不惯魏征这类在打江山、建立国家的过程中一天仗都没打过的一介书生，光靠给皇上写几条建议就渐渐走红，他甚至连唐太宗最重要的谋臣和心腹房玄龄、杜如晦等重臣也瞧不起。当唐太宗登上帝位，大封功臣之时，李神通就当着文武百官的面向唐太宗提意见，对功臣的排列先后和功勋的大小评定提出反对性看法：“臣举兵关西，首应义旗，今房玄龄、杜如晦等人专弄刀笔，功居臣上，臣窃不服！”魏征连争功的资格都没有，李神通自然更不把他放在眼里。可是，短短几个月之后，情况竟发生这样大的变化，昨天还在开国功臣中连名字都找不着的魏征，今天却可以人模人样地在朝堂与宰相争辩国家大事，甚至能够在皇上面前昂首挺胸，侃侃而谈，敢对国家大政方针指手画脚、评头论足；而像自己这样尊贵无比的皇叔、昔日浴血奋战的开国元勋，却遭到了皇上的冷落，在国家的大是大非上，根本没让自己参与讨论和发表意见。难道居功至伟、亲贵威严的王爷竟比不上一个尚书右丞，真是岂有此理！
三股源流不同的汹汹之水，一齐向魏征涌来。可淳朴无邪的魏征依旧在干他想干的事，丝毫未理会这些来自暗处的算计和陷害。自己刚刚在政坛站稳脚跟，几道谏疏被唐太宗欣然采纳了，他就抑制不住兴奋之情，开始以天下为己任的架势，知无不言，言无不尽地尽情敞开心扉，向皇上坦露自己的一切，甚至还越俎代庖，不顾自己的官位低微，还向皇上荐举起人才来了！贞观元年（627年），他上表极力推荐杜正伦，认为这个人古今难匹，是个栋梁之才。唐太宗同意魏征的推荐，立即任命杜正伦为兵部员外郎。那些早就恨着魏征的人，见魏征竟然干预起朝廷的用人大权，就再也坐不住了，于是他们寻找借口，认为魏征是在为亲戚谋私，为了拉帮结派，树立朋党，向唐太宗参了魏征一本。唐太宗闻奏大惊，急忙责成最高监察官御史大夫温彦博专门调查处理魏征一案。这温彦博是温大雅的弟弟，隋末时期就与兄长大雅一样在士大夫中间享有盛名，认为是未来宰相之才。隋末大乱后，曾当过罗艺的总管府司马，因为劝罗艺归唐有功，入唐后被唐高祖任命为幽州总管府长史，没过多久，就调到长安，当上中书侍郎，封为河西郡公，随后在与突厥的一次战争中，兵败被俘，滞留在阴山沙漠达数年之久，直到唐太宗即位后，才回归朝廷，当上了吏部侍郎，在考校和任免官吏的过程中，办事不太公道，无数官员不服，他们经常在吏部衙门与温彦博大吵大闹。温彦博恰恰是个能争善辩会吵架的人，与人争吵不休，在朝廷大臣中留下很坏的印象。唐太宗把魏征的案子交给温彦博负责，他能够处理得好吗？果然，温彦博煞有介事地调查一番，自然毫无结果，杜正伦与魏征属八竿子也打不着的关系，根本没有亲戚关系；再从政治背景上看，杜正伦原属秦王府文学馆的学士，与前太子党人、齐王府旧部也没有半点瓜葛。所以，说魏征荐举杜正伦是“阿党亲戚”，完全没有任何证据，纯属造谣诬陷。可是温彦博与那帮暗恨魏征的人一样，对魏征也有一种难以言状的抵触和反感，可能是出于文人相轻的缘故，自己早在隋末已是文名满天下，那时谁认得你魏征？如今凭几篇奏议论疏就打动了皇上，不知天高地厚地大发议论，胆敢指点江山，评点国是，连封德彝这样的老前辈也敢顶撞，真是个狂妄之徒！也可能是出自同僚的嫉妒之心，尽管自己从年龄、资历和当前的地位上看，本没有必要去嫉妒各方面不如自己的人，但他还是出于一种从骨子里轻蔑魏征的偏见，看不惯魏征的得志。因为魏征不是出身于士族显宦之家，也没有值得炫耀的功名和声誉，没有卓著的功绩，单靠一张嘴皮一支笔，就轻而易举地获得了机遇，太便宜他了。不煞一煞他的傲气，灭一灭他的狂妄，他更不知道自己姓什么了！于是，温彦博在无法抓住魏征的任何把柄的遗憾之余，仍不依不饶向皇帝参了一本：魏征虽然没有“阿党亲戚”的确凿证据，但他为人处世“不存形迹”，是非常错误的，望皇上仍然要对他严加处理。
“不存形迹”是什么意思呢？用如今的话来解释，就是不顾忌自己的言行，不注意影响，即使没犯什么错误和罪过，但是为人处世不考虑分寸，惹得别人有想法、有意见，所以，仍应看作一种毛病，一种缺点，甚至是不能容忍的错误！说穿了，用“不存形迹”来攻击魏征，是对魏征怀有仇恨的人阴暗心理的典型表现，找不到真凭实据，就捕风捉影；连风影都捕捉不到，就只好用莫须有的东西来攻击，达到泄愤解恨的目的。可是，就是这样一种无中生有、生编硬造出来的“罪名”，竟然能堂而皇之地写进了对魏征的调查结论里，而且竟然对唐太宗产生了影响。尽管唐太宗也发觉这种结论的无聊和荒唐，但架不住众口一词，明知对魏征有些委屈、冤枉、不公正，却依然迫不得已地在奏本上大笔一批：“希望魏卿今后要注意形迹。”并且指定由温彦博去对魏征进行批评教育。魏征见唐太宗的表态和批示，不禁大为惊诧和难过。其他任何大臣官员，对他误解也好，不满也罢，甚至因仇恨和愤怒对他诬蔑、诽谤、罗织罪名，他都可以不去计较，不去理会，都可以泰然处之，从容受之。可是唐太宗竟然也表达了同样的态度，明令自己从今往后不得“不存形迹”，这可让魏征受不了。身为皇上，口衔天宪，万岁爷一句话，就是亿兆臣民不可违抗的天条呀！连你也不辨是非，照着别有用心的佞臣的话，依样画葫芦地指责我“不存形迹”，性质就大不相同了。我到底犯了哪条哪款？凭什么要忍受这莫须有的罪名？这种冤屈再不辨明，我还真的就这样莫名其妙地变成了犯错的人了。况且，某些臣僚居心不良，执法不公，办事不当，尚可容忍，不去计较，因为影响有限，危害不大，倘若是皇上苟且因循、不辨是非、言有疏忽、行有闪失，却事关重大，非同小可了！皇上对我下了如此的结论，作为个人来讲，牺牲些名声，损失些体面，背负些委屈，承受些冤枉，经些打击和磨难，甚至丢官去职、身陷囹圄，我都可以认了，都可以不在乎，不吱声。可是，这样的搞法，分明已不只是我魏征个人是非荣辱的问题，而是关系到一个国家、一个君王如何分辨忠贤、判断是非的问题，关系到天下臣民行为规范的趋向和标准，关系到到底要提倡什么样的工作作风、办事原则、做人标准和社会风气的问题。因此，魏征不能无声隐忍，他要向皇帝亮明自己的看法，他也同样要求皇帝就此事给个说法，将这一切的大是大非搞个清清楚楚、明明白白！
没过几天，魏征等待到了一个入见唐太宗的机会，果真就此问题向皇上开展了论战，他开门见山地亮明了自己的观点：“臣听说过君和臣之间要想协调默契，必须有共同的思想和感情这样的道理。要是君臣之间、上下之间，不顾国家利益，不讲大是大非，而只注意‘形迹’，都时刻考虑什么分寸、影响，老想着每做一件事，每说一句话，别人会怎么看、怎么想，长此以往，每个人必将顾虑重重，放不开手脚，又怎能全心全意、无私无畏地替国家办事效劳呢？那么，这样的局面下，国家的前途命运是何结果？是兴是亡就没办法说了。”唐太宗是何等聪明之人，他马上反应过来，说道：“朕已经明白了，对前几天说的话，朕已经感到后悔了。”说完，唐太宗便作沉痛悔过状，和颜悦色地望着魏征，眼中还流露出期求原谅、盼望和解的神色。可倔强的魏征却并不就此罢休，自己的心愿还没有表达完呢。只见他上前一步，弯腰下拜，然后满脸严肃地对唐太宗说道：“希望陛下让我做个良臣，不要让我做忠臣！”听着这一字一顿的话，看着这严肃万分的脸，唐太宗不由心里一阵慌乱，一下子被搞懵了，不禁急切地问道：“做良臣、做忠臣都是好事呀，爱卿怎么说出这样的话来？难道忠臣与良臣有什么区别吗？”魏征依然满脸深沉地郑重回答道：“两者当然不一样。比如舜时的后稷、契、皋陶等人属于良臣，而像夏末的关龙逄、商末的比干等人就属于忠臣。做良臣是本人获千古美名，君王也光耀百世，君臣两全其美，子孙代代相传，福禄绵长无疆；而忠臣却不一样，靠丢性命换取忠贞成仁的名声，而他的君王必然背上大恶的臭名，永远被钉在历史的耻辱柱上。而且国家终究逃不掉灭亡的命运，忠臣的名称再怎么美好，也是没有意义的。从这种角度去看，忠臣和良臣之间，相去太远了，根本就不能相提并论。”唐太宗认真地听着，并且陷入了沉思。过了好半天，他才回过神来，感慨万分的抓住魏征的手，喃喃说道：“有道理，有道理！魏爱卿讲得好啊！”动情之下，竟握着魏征的手，久久没有松开，直到魏征起身告别时，唐太宗还依依不舍地送出宫门，并且立刻传令，赐给魏征500匹绢，以聊表对魏征的感激和鼓励。
到了贞观二年（628年），魏征总算是在四面的夹击中艰难地挺了过来，在唐太宗创立的贞观政权中站稳了脚跟，他的观念，他的设想，他的劝告和建议，都化作唐太宗的一道道指令而顿时产生了法律化和制度化的效力。在欣喜地看到这一良好开端的同时，魏征不禁感慨万千：创造一个好的政治局面并且始终保持清新向上的政治空气，是多么的不容易呀！
