马仲英部人数虽少，但剽悍骁勇善战，到哈密东黄芦岗一战击败金树仁省军，在和加尼牙孜配合下，夜袭哈密城。马仲英低估了省军驻哈密部队的力量，更没料到省军的防守会得到老百姓的全力支持，马军发动攻城，守城军民枪炮齐发，马军死伤惨重，两方僵持不下。马仲英无计可施，只得令马仲杰率一纵队围攻哈密城，自己率步兵、骑兵突袭山北镇西、伊吾。
在此之前，金树仁命令省军国民军陆军第八团团长何振声驻守镇西，第九团团长张良诚驻守七角井。哈密农民暴动后，金树仁命令何、张两团前往伊吾镇压。何团长命令自己的亲弟弟三营长何负图率部据守镇西县城，自率一营、二营、骑兵营共计一千五百多名步骑兵与张良诚团由奎苏向伊吾达子沟进发，行进两日至阎家渠一带后，设防柳条河、周家湾一带。此时驻守天山达坂的农民暴动军头领阿不都尼牙孜米拉甫看到马仲英攻打哈密城无进展，即与马仲英联络，计划联合攻打张、何二团。在周密策划后，阿不都尼牙孜米拉甫让人散布农民暴动军从东山向西进发要截断天山达坂的假情报。何振声获悉后，随与张良诚团向达子沟开拔。谁知刚一拔营，暴动军就从东西两面突袭，省军艰难地边打边进，于7月14日上午，部队进至西遥泉时，突然迎面冲来一支骑兵，何、张二团长误认为是救援省军，未予防备，直到这支骑兵快到阵前时才发现是马仲英的骑兵。张良诚仓促布阵，何振声也立即下令部队狙击，双方激战半日，省军毕竟兵力较强，装备良好，占有优势。正在马仲英部冲突无力之际，省军张良诚团长、何团郭永固营长相继中弹身亡，省军阵脚渐乱，何团看到张团已成无首之龙，官兵伤亡骤增，省军阵脚大乱，何振声慌忙下令举旗投降。何团二营长蓝怀德无奈率部向三塘湖败退，一营长梁志鸿收拢残部五十多人，向县城败退。张团被击溃，大部做了俘虏。马仲英仅以二百多人的骑兵，在阿不都尼牙孜米拉甫的配合下，击溃省军两个团，俘虏官兵两千多人，缴获步枪一千多支、手枪二十多支、克鲁门野炮一门、小钢炮八门、轻重机枪二十挺和大量的弹药，马、驼等牲畜以及食品、车辆等物资。马仲英喜出望外，立即将俘虏中的老弱遣散，精壮者全部收编，本为两百多人的骑兵团，一下子变成两千多人的步骑兵加强团了。镇西人称这次惨烈的战斗为“西窑泉失事”。马仲英西窑泉取胜，立即率部连夜向镇西县城进发。
当晚，省军何团一营长梁志鸿率领残部五十多人退进镇西县城，县长文登鳌连夜召开各方人士紧急会议，商讨对策，一营长梁志鸿建议打开军械库，用库存的五百支枪（其中两百支为新枪）武装民众，与尚存的省军同守县城，与县城共存亡。三营长何负图听说其兄已经投降，认为守城无望，愿步其兄后尘。一营长梁志鸿见何负图如此，只得率部奔往奇台。文县长一看守城无望，干脆开城欢迎马仲英入城。这年，马仲英只有二十一岁，人称“尕司令”。镇西老百姓作歌：“中华民国二十年，东山的缠头造了反，缠头造反不要紧，口里搬来了尕司令。尕司令，胆子大，进了东山不害怕。西窑泉，开了仗，打得何团长不敢上。何团长，真狗熊，架上机枪讲人情。我说这话你不信，子弹卸下一大楞。张团长，倒英雄，一枪打在当眼睛，一命归西见阎君。”（“缠头”是对维吾尔人的俗称，因其阿訇以长布缠裹头部得之，本无蔑视之意。）
马仲英攻下哈密新城和镇西后，获得大批武器和给养，直接威胁到金树仁的统治。金树仁委任鲁效祖为剿匪总司令，盛世才为参谋长前往东征。但金树仁首鼠两端，既想平定哈密之乱，又怕鲁效祖借机壮大势力，迟迟不拨给粮草、枪械、弹药，鲁效祖不能如期起程，只好令旅长杜国治先行。
杜国治的先头部队到七角井时，马仲英已侦察得知情况，立即决定放弃回师哈密攻打老城的计划，令马仲杰继续围哈密老城，让尧尔博斯协助马福元守镇西，自己亲率劲旅西进七角井迎击，双方在暸墩相遇。
暸墩战役打响，马仲英身先士卒，一马当先，二百多骑士随后冲入杜国治阵地，杜国治旅虽枪炮齐发，但并没能阻止住马家军的冲锋，结果杜国治以一千五百多人和配有两门德国克虏伯大炮，许多轻重机枪以及地形优势之旅，被马仲英打得七零八落，狼狈逃窜，杜国治在逃亡中身负重伤，不能行动，被马军中一个连长俘获后枪杀。
但是，在战斗中，马仲英腰部受重伤，不能继续参加和指挥战斗，借居沙枣泉养伤，其部也不再西进。
金树仁一面派人和马仲英谈判议和，一面重新布置军队迎击马部。而马仲英一则后方有马步芳、马鸿奎等人为患，孤立难撑。二则伤势有恶化危险。三是部队将士思乡心切，不宜久住。四是隆冬将临，部队无御寒棉衣等物。五是马军在人数上毕竟处于劣势。只好下令部队分队偷偷撤离新疆，回安西、玉门、敦煌一带驻扎休整。
留驻在镇西的马福元实际兵力仅一个连，接到命令准备撤离。消息不胫而走，而且在镇西城乡盛传马福元要在撤离前屠城。这使镇西人义愤填膺，住在城外三乡的青壮年家眷大都在城里（那时镇西人大都在城、乡均有房屋，农忙时青壮年下乡种地，冬闲时回城窝冬），大家焦急万分。大河乡乡约（俗称“农官”）李安立即组织民团，准备赶往县城与马福元一拼。恰巧省军关得胜团的一个营也从七角井赶到大河乡，先派参谋田永祯化装进城，联络城中凡能参加战斗的人准备了刀棍一类原始武器。8月10日，部队和民团急速开赴县城。关得胜带骑兵连在前边列队行进，李安领二百多农民，手执铁锨、铁叉、大刀等随后。为制造疑兵以壮军威震慑马家军，李安让民团赶了成群的牲畜，有的牲畜尾巴上拖上树枝等物向城里进发，大路上尘土飞扬，似有无数人马冲来。马福元见状惊恐不已，急率一连人马打开城门落荒而逃。马仲英第一次进新疆就这样结束了。
1932年8月，马仲英见金树仁统治集团内部相互倾轧，危机四伏，认为是进新疆的大好时机，首先派马世明率领“枣骝团”进疆，会同尧尔博斯、和加尼牙孜攻克鄯善，以此为根基，经常在吐鲁番、托克逊一带活动，不断袭击金树仁省军盘踞的城镇。
马仲英打算以东疆为根据地，分南北两路夺取迪化，进而占领全疆，于是，于1933年5月由马仲杰率兵第二次攻进镇西县城，并委任马履康（又名马寿山）为县长。
天山南路的马世明、马全禄部步步逼近到达迪化南山一带，于1933年2月19日攻入迪化市郊，而由马仲杰率领的天山北路军从镇西出发，沿木垒、奇台西进。在攻打奇台时，马仲杰急于攻下城池，不顾城垣坚固，采取攻坚战，结果身中数弹，倒地身亡。马仲英闻讯暴跳如雷，亲率大军猛攻奇台，为弟报仇。正当这个时候，迪化发生了“四一二”政变，统治新疆五年的金树仁政权倒台。新疆军政大权落入盛世才之手。
1933年6月8日，马仲英带七千余人从吉木萨尔经三台，到达紫泥泉布防，6月10日盛世才也率近七千人到达阜康。
6月12日，盛、马在紫泥泉激战。战斗一开始，马军打得十分凶猛。潮水般地冲向盛军阵地，盛世才差点儿被活捉。盛军中的刘万奎部最为英勇，刘万奎及许多士兵枪法娴熟，命中极高，给马军极大杀伤。入夜后，天降大雨，气温骤降，竟然下起冰雹。马部由内地而来，又值夏天，皆衣衫单薄，冻得手脚麻木，不能持枪射击；而盛军多是新疆人，了解气候特征，备有皮衣，尚能坚持。到第二天，盛军发起猛烈攻击，马部死伤惨重，马仲英率所剩三千余人败逃，从吉木萨尔退到奇台、木垒，越天山南下。
在此形势下，原金树仁政府委任的县长李含荃（李溶之子）秘密召集张炳南、孙茂亭、蔡海山、李含英等商定夺回县城，决定以宴请驻守城中的马部头目马应彪为名，在席间抓捕马应彪及其部下军官。但在席间李含荃神色慌乱，被马应彪识破，离席回营即带兵抓走李含荃，押解至哈密，并于同年12月在哈密北沙窝将其杀害。蔡海山跑出城到大河乡又与李安组织起二百多人的民团，1934年1月2日天亮前从南门潜入城中，拿着大刀，手执劈山炮、抬炮冲击东厅衙门。驻镇西的马部八十余名军政人员只得逃离。镇西民团和三乡农民乘势追杀，二十余人被击毙。马仲英第二次进驻镇西也以失败告终。
马仲英部败走之后，当地回族惨遭杀害。原本镇西回民人数甚多，从马天保起兵响应妥得璘造反时“兵三千”中可以证明。到马仲英两占镇西失败后，当地许多回民被杀，幸免者也都迁居他地。
