企业仅有一个好的一线基因还不够，因为任何企业都不可能扁平化到只剩一个层级。一个层次的社区化虽然在信息行业社区化组织很盛行，但在大多数情况下，由于人力资源的稀缺性，以及人的能力的差异性，依据专业人做专业事的分工原则，企业组织的层级在大多数情况下是存在的。那么，如何规避臃肿、成为一个高效的组织就成了组织发展中最重要的课题。前文中的红桃K案例就是因为组织发展出了问题而失败的。
在电影《蝙蝠侠归来》中有个场景，一大群蝙蝠一窝蜂地穿过水淹的隧道涌向纽约市中心。这些蝙蝠是由电脑制作的，制作者先制作出一只蝙蝠，并赋予它一定的空间以使之能自动地扇动翅膀；然后再复制出几十甚至上百只蝙蝠，直至成群。之后，再让每只蝙蝠独自在屏幕上四处飞动，但要遵循算法中植入的几条简单规则：不要撞上其他蝙蝠，跟上自己旁边的蝙蝠，离队不要太远。
复制一只蝙蝠，再加上几条原则，就可以制造出一个有序的群体。这就是一个生命体的成长原理。
那么，作为企业的组织，设计那个一线最简单“基因”的原则是什么？从一线向上发展的基本规则又是什么呢？
如前文所述，企业管理不到位的主要问题体现在两个方面：一是上下级之间信息不对称，由此产生有决策权的人没有足够的信息，有足够信息的人却没有决策权；二是企业管理理论普遍忽视的动机问题。只有激励到位，才能产生足够的动机去从事符合组织绩效、也符合个人需求的行为。
所以，组织发展具有五项原则：
第一，足够的决策信息。决策权与信息分离是管理中的普遍现象，有信息的一线人员没有决策权，层层汇报后交给只拥有扭曲的二手信息的决策者做出决策。足够的决策信息在绝对意义上并不存在，但相对充足的决策信息是可以通过调整决策流程做到的。
第二，足够的权力。一线人员拥有信息却由于缺乏决策权而丧失商机的情况比比皆是。把决策权和拥有信息的一线人员相互结合也是符合昆虫式机器人设计原理的，同时也提高了操作者的正向动机。权力下放，分散决策权力在保证决策安全的情况下是组织发展的方向。这五项原则互相联系、支持、制约。
第三，足够的能力与激励。之所以把能力和激励放在一起，就是因为目前这两者在管理中被普遍忽视，但实际上关系却非常紧密。现状往往是有岗位分析却没有能力评测，有考核却没有激励。在现实中，同一个岗位上不同员工的能力可能相差数倍，在关键岗位这种差别可以达到上千倍上万倍。岗位分析常起到埋没人才的作用。认识到能力的差别，并对有能力的人激励到位，才是一个组织最应该做的事情。关注操作者的关键动机，从关键动机出发设计激励机制，是基因单元的最重要保障。但动机也是最复杂的，即使是企业家本人的最主要动机也不一定是业绩，自尊和自我实现的需求有时会压过公司业绩的需求。
第四，可衡量的组织绩效。“基因疗法”的基因单元并不意味着可以脱离组织单独发展，其输出成果必须符合整体组织绩效，而且可以衡量。是选择一个科室或一个小组还是选择一个人作为一个“基因疗法”的最小单位，其依据的标准就是遗传代码的完整性产出的组织绩效可计量性。譬如：如果一个采购员或一个消费品销售员就可以清楚衡量其在组织中的绩效，我们就把个人作为“基因疗法”的最小单元。
第五，充分的结果反馈。每一个“基因疗法”单元的结果信息输出必须是充分的，只有这样才能保障权力下放不会被滥用。好在作为最小单元，其信息输出的设计相对简单。这也是为什么要做“基因疗法”的主要原因。需要主动反馈或能够自动反馈的信息包括：关于业绩的财务指标和五原则的执行情况。
我们可以把这五原则比喻为汽车驾驶的几个必备元件：
1.足够的决策信息＝汽车电池，没有足够的信息将无法启动正确的决策；
2.决策权力＝启动钥匙，有信息、没权力，相当于没有汽车钥匙；
3.足够的能力与激励＝油门，获取足够能力的人和激励是需要费用的，不踩油门汽车难以提速；
4.符合组织绩效＝方向盘，激励方向必须符合组织绩效，避免跑偏；
5.充分的信息反馈＝安全带，没有足够信息反馈的权力下放是危险的。
