虽然恭宗投降，都城临安被攻破，但南宋余部还一直坚持抵抗。大将李庭芝坚守扬州；同时，陆秀夫、张世杰在福州拥立端宗为帝，著名爱国将领文天祥则在江西一带发展反元势力。他的部队像他所写的“人生自古谁无死，留取丹心照汗青”一样，宁可战死，也不屈服。正在靠着这种视死如归的精神，文天祥收复了不少城池。
李庭芝坚守扬州，虽遭元军重重围困，仍坚持不降。在突围去与福州陆秀夫会师途中，被元军打败于泰州。李庭芝和文天祥一样有着一颗宁死不屈的赤胆忠心。而文天祥此时在江西实力的壮大也引起了元朝的重视，于是，元军主力南下江西。文天祥因寡不敌众，只得退守广东。后在广东潮阳被南宋叛将张弘范出卖，虽然元朝百般诱惑和威逼，文天祥至死不降，一代气节大夫文天祥吟诵着他的《正气歌》以身殉国。
在福州的南宋小朝廷，后来不断南迁，途中小皇帝端宗去世，陆秀夫又立其同父异母的兄弟为帝，并且率领南宋小朝廷一直坚持在广东沿海抗元。公元1279年，元军与宋军在崖山展开了最后的决战。混战几天后，宋军不支，张世杰与陆秀夫决定撤退。
只是，宋军的船队被元军冲散，陆秀夫不愿被俘虏，眼含泪水背着小皇帝跳海自杀。此后，残余的宋军、官员及家眷也纷纷跳海殉国（史载有数万之众殉国），另有一些逃往今天的越南，意图东山再起，但终因没有形成有力的反击规模而无所作为。至此，南宋彻底灭亡，并且结束了唐末以来370多年的分裂局面，忽必烈实现了全中国的统一。
忽必烈被看作是元朝真正的创建人，他把游牧的蒙古民族带向了正统的封建王朝。在元太祖的称谓下，忽必烈在中国历史上是具有相当分量的君王。
公元1271年，时机终于成熟。蒙古大汗忽必烈把原属西夏、金、宋、大理和蒙古本土合并成一个帝国，国号“大元”，取《易经》“大哉乾元”之意，蒙古国从此由一个少数民族建立的政权，变为中华正统王朝的一个朝代。元世祖建立帝国后成为蒙古汗国惟一的宗主，建都北京。
4.万马奔腾，横扫欧亚
草原部落的统一对成吉思汗来说是他人生中里程碑式的事件。这是对他多年的苦难与征战的最好回报。人心思定，统一安定下来的成吉思汗并没有像人们传说中那样大的野心。虽然“天可汗”的称谓足可以让他再接再厉继续征战，但是作为最高统治者的成吉思汗还是保持了清醒的头脑和对客观形势正确的认识。
就在这其他人无暇顾及，自己休养生息、积聚实力的几年中，一个突发事件打破了这个相对的安静。成吉思汗的商队被花剌子模国人杀了，于是，成吉思汗及其子孙就以这个叫花剌子模的国家为突破口，一场席卷13世纪的巨大黑色风暴开始了。
花剌子模国原先是一个仅占有今伊拉克的一部分和呼罗珊（今阿姆河以南，兴都库什山脉以北地区）的小国，臣属于西辽。公元1200年，阿拉乌定·摩诃末即位后，其国势开始兴盛。摩诃末为了摆脱西辽的统治，于1208年进攻西辽的河中城撒马尔罕（今乌兹别克斯坦第二大城市），但被西辽击败。当时西辽国内充满矛盾，撒马尔罕王奥斯曼背叛西辽，自立为汗。于是，摩诃末又与奥斯曼相联合，共同夹击西辽，从河中地区赶走了西辽势力。后来，摩诃末又击败奥斯曼，占领了河中地区（指阿姆河与锡尔河间的大片地区），再次向阿富汗进攻，征服了迦色尼王朝。
公元1219年夏，蒙古军在也儿的石河（额尔齐斯河）上游集中。成吉思汗待马群肥壮之后，于秋天亲率十几万蒙古军和金国、西夏新归附的契丹军、汉军、河西军和畏兀儿、哈剌鲁首领率领的军队以及大批能工巧匠，翻越阿尔泰山，开始西征，向花剌子模进发，抵达讹答剌。大军如瀑布般从蒙古草原一泻而下，成吉思汗军队的这种气势让花剌子模大惊失色，更让欧洲惊呼：上帝的黑鞭出现了。
成吉思汗从锡尔河中游的讹答剌附近进入花剌子模境内。成吉思汗分兵四路向花剌子模大举进攻。他一面派二儿子察哈台、三儿子窝阔台攻打讹答剌城，一面派大儿子术赤攻打锡尔河下游各城镇，自己则和拖雷统率主力部队，横越沙漠，直趋西南方的不花剌（今布哈拉）城。
在察哈台和窝阔台攻打讹答剌城时，由于守城的是杀害蒙古商人的亦纳乞克，蒙古军异常勇猛。经过5个月恶战破城，曾经杀掉蒙古商人的亦纳乞克知道求生无望，尽管刀枪尽折，仍然用砖头以死相拼。被擒后，成吉思汗命令化银灌其耳目，为被杀蒙古商人报仇。
成吉思汗和拖雷的主力部队则攻打不花剌城。不花剌是穆斯林世界的最大的城市之一。它包括三部分：城堡（周长一千米半），不花剌本城（狭义上的不花剌，即内城）和郊区（外城）。同其他多数城市相反，这个城市的城堡不是建在内城以内，而是建在内城以外。本城建在城中心的一个台地上，周围有城墙，有集市门、香料商门、铁门等7个城门，每个城门的名字都足以引起人们的联想。其中一些著名的清真寺吸引着信徒们。
蒙古军的到来对于这样一座城市来说是经受不住的。大兵压境，兵来如山倒，不花剌城的突厥守军被成吉思汗军队的阵势所惊慑，无心恋战，一心只求保命，企图突破围城的防线而逃跑，结果自然是城破人亡。不花剌城被很轻易地攻破了。
蒙古军队士气大振，在成吉思汗的率领下从不花剌浩浩荡荡进军撒马耳罕，恰好此时察合台和窝阔台的军队也开到了城下，于是两股大军汇合共同攻城。花剌子模国国王摩诃末以11万军队守城，撒麻耳干居民（有一部分仍是伊朗人）在国王的带领下也勇敢地进行了反击。善战的摩诃末也不是等闲之辈，成吉思汗一时也束手无策。
成吉思汗重新研究策略，他发现城里虽有守军11万，但这11万当中有5万为波斯人，6万为突厥康里部人。他根据此时的形势和对方兵士的心理，决定从敌方内部来瓦解敌人。
这个被瓦解的对象就选定在6万突厥人身上，因为突厥人与蒙古人在历史上是出于同一种源。
于是，成吉思汗派人向突厥人做思想工作，此计果然奏效，突厥人也认为自己和蒙古人同种，蒙古人必会善待他们，于是第5日，20多名突厥康里族将领率3万人出城交出武器投降。这使得城中大乱，蒙古军入城，摩诃末仓皇逃走。城中那些被认为有用的人，如技术工匠被带往蒙古，成吉思汗爱才之心可见一斑。
成吉思汗的强大完全是摩诃末所没有想到的。他此时的境地在他自己看来似乎是做了一场噩梦。他从自负走向极端沮丧，最后完全迟钝了。在他逃亡的生涯中，他到过巴里黑（巴尔赫）、呼罗珊西部，其后他在与日俱增的恐慌中又跑到与他的统治地区遥遥相对的另一端：伊拉克·阿只迷（这不是现在的伊拉克，而在伊朗境内）西北的可疾云（今伊朗德黑兰省加兹温）。
摩诃末死后，其子札兰丁继承王位。公元1221年，为了替父报仇，札兰丁率六七万军队北上进驻八鲁湾（今阿富汗喀布尔北），在这股劲头的作用下打败了前来追击的蒙古军。成吉思汗是一个永不言败且执著到底的人，往往越是遇到强敌他的信心就会越坚定，这次的失败是不会令成吉思汗善罢甘休的。
于是不久，成吉思汗又派遣3万蒙古军再次来战，结果不知何故又被札兰丁打败，看来是在等待着成吉思汗的亲自上阵了。此时的成吉思汗已到了再也无法熄灭心中怒火的地步，他立刻重新举起战刀，跨上战马亲自与札兰丁进行激战。结果，札兰丁的军队伤亡甚众，札兰丁跃马跳进印度河，泅水逃往印度。
至此，几乎整个中亚，包括帕米尔高原、现今的阿富汗、伊朗、伊拉克以及前苏联穆斯林地区尽属蒙古。征服中亚地区对于成吉思汗帝国是另一具有里程碑意义的事件，在此之前，成吉思汗只是在蒙古草原上驰骋，还只拥有东方的经验，而中亚是穆斯林地区，对于蒙古人来说属于西方。既然西方大门已经洞开，欧洲就不远了。花剌子模的覆灭标志着成吉思汗开始成为当时东西方的共主。
蒙古人是一群天生不会退缩的勇士，成吉思汗的儿子窝阔台继承了他的遗志，率领着曾经攻破了万里长城的无敌铁骑，继续向欧洲推进着。在成吉思汗死后10年里，窝阔台率领蒙古远征军再次远征欧洲，在整个欧洲大陆掀起了一股令人谈之色变的蒙古风暴，让欧洲人领教了超级帝国的席卷“风范”。
公元1236年秋，奉窝阔台汗之命，一支由15万精兵组成的蒙古大军向欧洲开战。军队名义上是由统治咸海草原和乌拉尔山区的拔都汗率领，拔都是术赤的继承人，是长子中的长子，由他做统帅。在他身边会集了成吉思汗各支代表：拔都的兄弟斡儿答、别儿哥和昔班；窝阔台之子贵由和合丹；窝阔台之孙海都；拖雷之子蒙哥；察合台之子拜答儿和孙子不里。按照察合台的“长子出征人马众多，威势盛大”的提议，诸王、万户、千户、百户、那颜等的长子参加这次出征，故称“长子军出征”。
蒙古军进入欧洲后，首先攻取伏尔加河下游的布里阿耳城。1237年冬，进兵俄罗斯，里亚占公国成为蒙古袭击的第一个目标。里亚占大公尤里·伊果烈维奇无力抵抗，向弗拉基米尔公国和切尔尼克夫公国求援。可是，俄罗斯诸公国均不出兵。里亚占公国无援，经过3天交战，其都城里亚占被蒙古军占领。
1238年初，蒙古军打到莫斯科，据志费尼《世界征服者史》记载，它的居民多如蚂蚁和蝗虫，而它的四周，树木和茂林密布，以致连一条蛇都不能穿过。蒙古军到达后，从四面八方修筑了足够三四辆大车并排而行的道路，然后架起投石机，仅用5天时间就攻陷了莫斯科城，杀死了该城的王公弗拉基米尔。
占领莫斯科后，又向东北方向进军，占领了俄罗斯（弗拉基米尔大公国）首都弗拉基米尔等14座城市。至此，全部俄罗斯领土被蒙古军所占领。
一个俄罗斯是不足以满足窝阔台的胃口的，他的目标是整个欧洲。公元1241年初蒙古军进入欧洲腹地。首先领教其铁蹄之苦的是波兰。拜答儿率领察合台手下的3万军卒，向波兰进攻，其目的是摧毁匈牙利的外援。这时的波兰，其国王波利斯拉夫五世住在都城克拉克夫，只能管辖直属之地，其余4个小公国各自为政，不能实行统一指挥。
兵临波兰城下，西里西亚大公亨利集结波兰军以及日尔曼、法国、捷克的条顿骑士共3万人，准备迎击蒙古军。条顿骑士团乃十字军时代产物。他们身穿铁甲，手握长矛，刀箭不入，勇不可挡。蒙军久攻不下，拔都与左右将耳语一番，似是经不起城头攻势，撤兵退逃。联军见机不可失，忙出城追击，来到一处山林，烟雾四起，这当然是蒙军的火攻之计，沉重的铁甲反成累赘，铁甲战士一筹莫展，惨遭歼灭，亨利本人也阵亡。蒙古军获胜后，拔都便命拜答儿立即离开拉齐布日，向莫拉维亚挺进。拜答儿遂率军向匈牙利前进，与拔都主力部队会合。
欧洲这次不知深浅的应战，使欧洲骑士对蒙古骑兵大感恐惧。一些平民百姓连蒙古是何方神圣也不知道，见蒙将横刀跃马，威武非凡，还以为是天兵神将，故对蒙古西征，欧洲出现了所谓“上帝之鞭”一说。他们认为是由于自家腐败，罪孽深重，才导致上苍派神兵来惩罚他们。有人则更认为蒙军是魔鬼之师，所以，他们甚至拿着十字架出战。
公元1241年4月2日至5日，蒙古的三路军队（至少是部分）在佩斯对面集合。佩斯城的匈牙利王贝拉四世匆忙集合他的军队。4月7日蒙古军开始攻城，此一役，双方惨烈异常，蒙军用沾上火药的火箭攻城，城头也不甘示弱，报以飞箭。蒙古军缓慢地撤退，一直退到绍约河与蒂萨河合流处。正是在合流处上游的莫希南部，速不台于4月11日在那里赢得了他最辉煌的一次胜利。拔都在战争前夕，以成吉思汗的方式登上高地，呼唤蒙古人的最高神腾格里--长生天，并祈祷了一天一夜，这显示出了蒙古人对这场战役的志在必得。
两军分别对阵于绍约河两岸。速不台于4月11日夜间率军在吉里勒斯和纳吉·者克斯之间渡河。次日早晨，他派出他的两侧翼军，从侧面包抄敌营，突然把匈牙利军包围起来，四面袭击，然后从西面让出一条路，使匈牙利军在逃跑中互相践踏，蒙古骑兵在后面快速追击。结果，许多大主教阵亡，只有少数军卒退回佩斯，贝拉四世逃往奥地利，继后又逃亡到亚德里亚海的一个岛上。蒙古军转而进攻佩斯城，当地居民顽强抵抗，因无人组织，经过3天苦战，佩斯城失陷。
1241年之后的整个夏天和秋天，蒙古人都留在匈牙利的平原上休整，这片没有树的平原也许使他们想起了自己的故乡。随后，北、中、南三路军队在多瑙河畔会师，拔都大军一路打到亚德里亚海的威尼斯国边界，一路打到离维也纳只有30里的地方，征服整个欧洲大陆的计划指日可待。
就在此时，窝阔台大汗去世的消息从远方的草原传来，这一天是公元1241年12月11日。窝阔台的突然离世给各位首领带来了一个关系他们命运的新问题。继承人问题使蒙古人决定撤离匈牙利。贵由和蒙哥已经率先回到了蒙古，其他军队首领于是也无心恋战，如退潮般地撤回了蒙古。
