儒家和道家，是中国本土固有的思想。而佛教，自两汉之际传入中国，并经由魏晋南北朝之际的发展，逐渐同中国传统的文化氛围相适应，有效地展开了其中国化的进程。从这个时候开始，儒、道、释三者之间的论争、融合，成为中国传统思想发展史上的一个重要的现象。如果从最为简单的角度来看的话，魏晋南北朝之际，可以视为三教并立形式的形成时期，而隋唐之际，则是三教论争最为激烈的时代，到了宋明之际，则以三教融合为其基本表现形态，关于这个历史的考察、梳理，学术界的成果已经颇为丰富，这里就不再赘述。
而就明代而言，中国的传统的儒、释、道三家思想经由宋代的发展，其融合程度已经非常明显，当然，各家都是从自己的立场出发去融摄其他两家的思想资源，以达到更利于自身发展的目的。明代自中晚期开始，主流的思想形态为阳明心学，其融摄三教的特点就更为明显（尤其是王门后学，如王龙溪）。而林兆恩就是在这样一个背景下出现的，就历史阶段而言，林兆恩所处的时代是三教融合最为盛行的时刻；就学术资源来说，阳明心学及其后学对于三教融摄作了很大铺垫。因此，在这个背景下，林兆恩倡导三教合一，并建立三一教也是很自然的事情。
三教合一是林兆恩思想的基本特征，而心学则是其思想得以建立的理论基础。从总体上来说，建立在心学基础上的三教合一的宗教思想大致包括五个层次：道一教三、三教一致、非非三教、三教合一以及归儒宗孔，构成一个完整的体系。
第一节 道一教三
林兆恩的宗教思想所赖以建立的基础实际上就是心学所推崇的“心”，林氏以“心”作为宇宙的本体，作为万物的主宰。
圣人之心，包罗乎天地者也。惟其心能包罗乎天地，故其气能充塞乎天地。惟其气能充塞乎天地，故凡天地之间形形色色，如上之日月星辰，下之山岳河海，以至昆虫草木，生生化化而无尽者，则皆我之形也。……则是天地之间只我一心尔。心无所不包，心外无物、无理，正是在这种心学理论的基础之上，林兆恩的宗教思想得以建立了起来。在林兆恩这里，“心”实际上也就是“道”，既然，“心”是普具众理的，“天地之间只我一心尔”；同样，就“道”而言，天地之间也只有一个“道”，这是万物赖以存在的本体，是宇宙的“常道”，是亘古不变的真理。
道者，无方无体，无为无名，而无所不为者也。遍天地之内，天地之外，只此一个一尔，而无二也。故天得此一以常而清，地得此一以常而宁，日月得此一以常而明，四时得此一以常而序，孔子得此一以常而圣，老子得此一以常而玄，释迦得此一以常而禅。“心”即“道”，“道”即“心”，这是宇宙万物的根本，是“一”，无论是山河万物，还是四时变迁，抑或者是人世中的圣、玄、禅等等，世间的一切都是禀此“道”而来的，“道”乃是万物存在的现实依据。孔子、老子、释迦之所以倡言儒、道、释，而成圣、成玄、成禅，也都是禀此一“道”而来的，“窃以人之一心，至理成具，欲为儒则为儒，欲为道则为道，欲为释则为释，在我而已”，儒、道、释三教都是合乎人心之理的，都是禀共同的、唯一的“道”而来的，在本质上是同一的，即同归于作为根本的“道”，亦即“心”。
夫道一而已，而教则有三。譬之代君理政，各有司存，此其教之所以三也。故孔子之教，惟在人伦日用，所谓世间法者是也。黄帝老子之教，惟在于主极开天，所谓出世间法者是也。而况释迦之出世，则又在于虚空本体，无为无作，殆非斯人可得而拟议而测量之者。盖我之道，未有儒，未有道，惟有释之先之道也。……譬之树然，夫树一也，分而为三大枝：曰儒、曰道、曰释。……故儒、道、释者，枝也。而未有儒，未有道，惟有释之先者，根也。天下无二道，圣人无异教。
这就是林氏“道一教三”说的基本内涵，就其论述而言，其论三教之同，乃是基于“道”，就“道”作为本体而言，儒、道、释三教都是禀自于作为本体的“道”，都是体现了“道”的属性的，因此，就本质而言，三教是同一的，所谓“天下无二道”。三教均是禀自于本体之“道”，“道”是根本，而三教是枝条，不管是儒、道，还是释都是由根本所衍生出来的。既然“道”是唯一的，是根本，三教均是禀道而来的，在本质上是同一的，那么又为什么在现实中会有儒、道、释三者的不同称谓？林兆恩认为，教之所以异乃是因为其功能的不同，出于“设科教人”的需要，也就有了教的区别。
这实际上也就是林氏所谓世间法与出世间法的区别，这种分别就如同君主需要任命各种官员以统治天下一样，官员们各司其职，各尽其责，就根本来说，还是一统于君主的。儒、道、释三教因其功能不同而具有了不同的教化法门，以满足世人的需要。“道也者，所以本乎其教也；教也者，所以明乎其道也。但世人不识道与教之分也，故以教为道焉，岂非所谓教三而道亦三邪？殊不知儒氏以其道而儒之以教人也，而非儒自儒以为道也；道氏以其道而道之以教人也，而非道自道以为道也；释氏以其道而释之以教人也，而非释自释以为道也”，“道”是只有一个的，它通过“教”而表现出来，现实中的三教都是由这唯一的“道”而来的。儒家由“道”出发加以儒家的解释，并以之来教化人；道教是对“道”作了道教化的解释，并以之来教化人；佛教是对“道”作了佛教化的解释，并以之来教化人。因此，虽然有“教”有三种不同的形式，但是，它们都只是体现“道”的不同方法罢了，“道”是唯一的。简而言之，“道一”，是就其本体而言的，强调作为根本的“道”是共同的、唯一的；“教三”，是就其具体功能而言，强调三教在具体的生活中所具有不同的功用。
道一教三说是林兆恩从其心学立场出发对于三教本质的认识，这是其“三教合一”宗教思想的理论基础，也是其所倡导的三教合一的根本理论依据。
第二节 三教一致
道一教三说是从本体的角度出发对于三教本质的阐释，在林兆恩看来，三教之所以是同一的，不仅是因为三者同源于作为本体的“道”，而且就三教的理论旨趣而言，三者也是具有共同之处的，这就是其三教一致说。三教一致说是从思想内容的角度对于三教所作出的评判。
儒、道、释三教在理论上存在着一些差异，特别是印度佛教与中国儒学是不同类型的异质文化，矛盾冲突在所难免。但是随着佛教的逐渐中国化，与儒、道在理论上差异逐渐缩小。尤其是两汉以后儒、道、释三教共同为政治统治服务，三教的思想实质也相一致，互相渗透、互相补充不但是有可能的，而且早已在东汉末就开始紧锣密鼓地进行。
林兆恩在考察历史上的三教一致论的基础上，从道一教三说出发，逻辑地推论出儒释道三教既然在“道”这一本源上是同一的，那么各自所包含的基本内容和认识“道”的途径、方法就必然有许多相同或相似之处。因此，林兆恩着重探讨三教的共同点，在他看来，儒、道、释三教思想旨趣上的共同之处至少包括以下几个方面：
第一，从基本理论旨趣上看，林兆恩认为三教都是关于心身性命的学说：“孔子之学，心性也；黄帝老子之学，心性也；释迦之学，心性也。”“三教圣人之所以养之于内而心身性命之学同也。”又说：“释氏曰：‘明心了性。’儒者亦曰：‘尽心知性。’道家曰：‘性命双修。’儒者亦曰：‘尽心至命。’曰心曰性曰命之既同，则天下之道原于一矣。释氏之归一，道家之得一，儒者之贯一，盖谓此也。”对于心身性命问题的关注，构成了三教共同的出发点。
第二，从心身修炼的具体方法来看，林兆恩认为三教都主张向内反省，发明本心。
他说：“释氏寂灭之旨，……此心不在于声色臭味而灭绝之，夫既不住于声色臭味而灭绝之，岂不无思而为，寂然而诚哉？至大学所谓格致者，格此声色臭味而知自致矣。老子之所谓虚无者，无此声色臭味而心自虚矣。故释之寂灭，道之虚无，儒之格致，其旨一也。”又说：“儒家之静，佛家之禅，命字虽殊，其旨一也。诚使佛家而知有本来面目焉，坐可也，行可也。儒家而知有主敬工夫焉，静可也，动可也。”“儒门之反，玄门之逆，命字虽殊，其旨一也。……故儒门者流能善反之，则天地之性存焉，便成尧舜。道家者流能善逆之，则天地之性存焉，便成神仙。”建立在本心基本上的内省工夫，亦是三教修炼方法的共性。
第三，从立身处世的原则来看，林兆恩认为三教都提倡内外双修，心身性命与纲常人伦不相妨碍。他在《道释人论疏稿》中写道：“臣窃惟斯道之大也，在内则有心性之学，在外则有人伦之重，内外兼修，古今所同。臣每以心性人伦之大，而考诸二氏之初，实未尝有异于儒者。”又说：“三氏之教，其初同也。顾道流则自以修命为高，而曰禅学之所修者性，而不及命。释流则自以为修性为高，而曰玄学之所修者命，而不及性。抑岂知性命双修，乃释老之教所以同邪。”这也就是世间法与出世间法的并重，三教皆然。
第四，从体验“道”的途径来看，林兆恩认为三教包含有立本、入门、极则三个层次。
他说：“夫道一而已矣，而教则有三，故孔子之教圣教也，老子之教玄教也，释迦之教禅教也。亦自有立本，亦自有入门，亦自有极则。”他极力反对孔子之教专注于纲常人伦而不及心身性命之学，释老之教专论心身性命之学而不谈纲常人伦的传统说法，认为孔子之教虽侧重于纲常人伦以立本的体验“道”的工夫，但同时也兼有孔子之教的纲常人伦以立本、释迦之教的虚空本体以极则的工夫。老子之教虽侧重于修身炼性以入门的工夫，但同时也兼有孔子之教的纲常人伦以立本、释迦之教的虚空本体以极则的工夫。释迦之教虽侧重于虚空本体的工夫，但也兼有孔子之教的纲常人伦以立本和老子之教的修身炼性以入门的工夫。
总之，在林兆恩看来，三教不但同禀于“道”本，而且在各方面均不存在着根本的差别，所包含的思想内容基本相同。
第三节 非非三教
林兆恩因痛感世之儒者、道者、释者所诵所行，大都口是心非，背离孔、老、释迦的本意，“世之学孔子者，而以孔子之道专在于三纲五常以立本也，殊不知此乃孔子之教，而非孔子之道只如是焉已也；世之学老子者，而以老子之道专在于修心炼性以入门也，殊不知此乃老子之教，而非老子之道只如是焉已也；世之学释迦者，而以释迦之道专在于虚空本体以极则也，殊不知此乃释迦之教，而非释迦之道只如是焉已也。”世人因为不知道“教”与“道”之间是有区别的，他们学儒则以为孔子之道就只是三纲五常而已，学道则以为老子之道只是修心炼性而已，学佛则以为释迦之道只是虚空本体而已，于是，“各以门户自高，各执偏见以相诋，迷谬愈深，是非舛错。故有华言饰行，巧取世资，托乎孔子之儒，而不知乃儒之蠹，非孔子圣教之正也；服石饵金，希慕长生，托乎老子之道，而不知乃道之蠹也，非老子玄教之正也；削发游方，断弃伦属，托乎释迦之释，而不知乃释之蠹也，非释迦禅教之正也”。
这样对于立志求道的人来说，很容易会不知所从而误入歧途，林兆恩自己就有过这样的体会，“初，余之迷于外道也，概有十年。盖尝师事儒门，而穷物、而词章矣，既而悔之；又尝师事玄门，而遗世、而辟粮矣，既而悔之；又尝师事空门，而著空、而枯坐矣，既而悔之。屡入迷途，幸而知返。”林兆恩所述的这一段经历，大致也就是林兆恩在嘉靖二十五年（1546）屡次科举失败而放弃了举子业，开始寻求心身性命之道的过程，在此后的十余年间，林兆恩遍访三氏，以求悟道，“从儒者讲道，徒见其详于手容足容之间，剖析支离之陋，恐孔门授受之指，似不如此也。乃复弃去儒者之学，而从二氏者流，徒见其溺于枯坐顽空之习，搬精闭气之术，又恐释迦老子之道，似不如此也”，这样的过程让林兆恩感到困苦，无从抉择，“忧愁愤闷，殆穷人之无所归焉”。
自己的亲身体验，使得林兆恩对于三教纷争的状况极端不满，于是下决心著书立说，指斥其非，以匡复三教正宗为己任。嘉靖三十三年（1554），林兆恩著《非三教》，万历十二年（1584），他把自己平生重要著作汇编为一部集子，题名为《圣学统宗非非三教心圣集》，其目的就是要把三教所存在的问题揭示出来，“今以余所所迷而非，及余所见闻而非者，俱与诸生言之。庶诸生有所鉴戒，而不复余昔日之迷，可笑而可痴也”。这也就是林兆恩所谓的“非三教”，“‘非三教’也者，非以非三教也；以三教之流者非也”，很明显，林兆恩的“非三教”并不是反对三教本身，而是针对三教末流违背三教本旨纷争不已而迷惑世人的现状，也就是非三教之非，或者说非非三教，“曰非非三教者，以三教之非者非之也”，他反对的是不符合孔、老、释迦原旨的儒道释末流，而不是儒道释本身。
如果说道一教三说、三教一致说是从理论的角度强调三教在根本上是一致的，这种合一只是一种理论上的可能性，那么，非非三教说实际上是从现实的角度对于三教进行批判，以揭示出倡导三教合一之现实必要性。
