同治帝6岁登基，18岁才亲政，然而，仅仅“亲政”两年，就患病而死，终年19岁，成为清朝皇帝中寿命最短的一个。因此，他的死因也就成为了晚清宫廷中的又一悬案。
同治帝载淳，咸丰六年（1856）生于紫禁城的储秀宫，生母为懿嫔叶赫那拉氏，即后来的慈禧太后。咸丰十年（1860），英法联军攻陷天津，直逼京师。5岁的载淳随父皇咸丰、皇母懿贵妃逃难到承德避暑山庄。
咸丰十一年（1861）七月，内外交困的咸丰帝，怀着无限遗恨溘然早逝。咸丰帝临终前，作出一个皇权与臣权互相制衡的精心安排，立皇子载淳为皇太子，命肃顺等八大臣辅佐太子执政，定年号“祺祥”。咸丰帝死后，两宫太后和恭亲王奕訢发动了“辛酉政变”，废除了“祺祥”年号，6岁的载淳即位，改元“同治”，意寓两宫太后同时治理天下之意，慈禧与慈安两太后实行垂帘听政，其实真正执掌国政的是慈禧太后。同治帝6岁登基，18岁才亲政，只“亲政”两年，就患病死去，终年只有19岁，成为清朝皇帝中寿命最短的一个。
在晚清的皇帝中，同治皇帝的死因一直是史界和一般老百姓津津乐道的话题。对此，目前学术界主要有两种观点：
第一种观点，同治帝是因微服逛妓院，染上梅毒而死。因为，从常识上说，在当时的情况下，虽然尚未找到医治天花的有效良药，但即使是一般的百姓，患天花还不至于死亡，所以民间把天花称作“天花之喜”，何况是堂堂天朝皇帝，身边有的是高明的御医，怎么就那么容易死的呢？另外，在没有医学专业知识的老百姓眼里，天花和梅毒的病症有点类似，因此怀疑同治帝得的是梅毒而不是天花也就是很自然的事了。同时，从同治帝平常的行为习惯上怀疑他有可能染上梅毒。据《清代外史》记载，同治帝选皇后的时候，同生母西太后发生了意见分歧。西太后喜欢美貌艳丽但举止轻佻的侍郎凤秀的女儿，但同治帝和东太后慈安却都看中了清朝唯一的“蒙古状元”崇绮之女阿鲁特氏，该女虽然相貌平常，但举止端庄，一见就知道是有德量者。同治帝不顾母后的反对选择了阿鲁特氏为皇后，凤秀女只被封了个慧妃。对此慈禧太后一直耿耿于怀，甚至没有给予崇绮家“皇亲国戚”的特殊待遇。婚后，同治帝与皇后“伉俪綦笃”，这就更加激起了慈禧太后的不快。慈禧千方百计地离间帝后二人的关系，派太监阻止皇帝和皇后相见，又强迫同治亲帝近慧妃。同治帝当时虽有一妻四妾（慧妃之外还有瑜妃、瑨妃和珣妃），却左右不是，不能自主，因此索性谁也不亲近，终年独宿乾清宫。在乾清宫的同治帝独眠难熬，就经常化装成老百姓微行出宫。据传，有好几个人在肆井中亲眼看见过同治帝的行踪。后来，就从宫中传出同治帝出痘病重之事。这样，人们有理由怀疑，皇帝微行时也许到过前门外的八大胡同逛妓院，因而染上了梅毒。现在涉及这段历史的许多文学作品，都采用了类似的说法。
第二种观点则认为，同治帝是死于天花而非梅毒。设在故宫内的中国第一历史档案馆的研究人员曾经根据从堆积如山的清宫档案中找出的《万岁爷天花喜进药用药底簿》（以下简称药底簿）进行分析，认为同治帝所患之病是天花而绝非梅毒。其理由有以下几点：（一）在患病之初，患天花者发病很急，一般都要伴随着发烧、脉搏跳动加快的反映，而患梅毒者则起病不急，无发烧症状。而药底簿则记载同治帝发病之初连续发了七天的高烧，“脉息浮数而细，系风瘟闭束，阴气不足，不能外透之症，以致发热头眩，胸满烦闷，身酸腿软，皮肤发出疹形未透，有时气堵作厥”以及“咽喉干痛，胸满作呕，头眩身热”等，这些都是出天花的症状。（二）从药底簿的记载里可以看出，同治帝患病时出现头痛、背痛、发冷、寒战等全身性的天花症状，而梅毒患者是不会有这些全身性的明显症状的，表面上看也许像个健康人。（三）从天花皮疹的分布部位和转化规律上可以看出同治帝患的是天花之症。从分布部位上看，天花皮疹一般发于额部、发际、面颊、腕，逐渐延及臂、躯干、而至下肢，多见于身体暴露部位，呈离心状分布，这与药底簿所记的症状是相吻合的；从皮疹形态的转化规律上看，一般天花患者在患病的头两天就会出现斑疹，数小时后斑疹迅速变为圆形的丘疹。病人出疹后，全身中毒症状反而明显减轻，胸堵烦呕现象减退，大便通畅，胃口渐开。又过了二三日，丘疹开始灌浆，成为疤疹，这种疹的中间凹陷成脐形，周围有红晕。到了天花起病的第八九日，疱疹转为脓疽。又过两三天，脓疱逐渐干缩成痂。大约在发病后的二至四周，痂开始脱落，天花发病的过程基本结束。药底簿的记载正好与上述的症状以及皮疹的转化过程相一致。而梅毒则不同，发病的周期要比天花长，而且梅毒的斑疹大小如蚕豆，形状为圆形或略带不规则形，不是天花疱疹的那种脐形。
那么，为什么患天花会导致同治帝的死亡呢？研究者认为，因为同治帝在天花的后期不幸皮肤感染，“发热头眩俱退，惟湿毒乘虚流聚，腰间红肿溃破，浸流脓水，腿痛筋挛，头项胳膊膝上发出痘痈肿痛。”这种并发性的皮肤感染愈来愈重，使病人逐渐丧失了抵抗力。最后，皮肤感染发展到发生“坏疽性口炎”（俗称“走马牙疳”）的地步，此病一般发生在全身性疾病的末期，很可能导致全身衰竭而突然死亡。
另外，有学者根据父辈传下来的口碑等材料认定同治帝确系死于梅毒，同时强调，后来发生了一个变故，直接造成了同治帝的猝死：“十二月初四日午后，阿鲁特氏来东暖阁视疾，当时载淳神志清醒，看见皇后愁眉锁目，泪痕满面，乃细问缘由。这时早有监视太监走报西太后，说皇帝和皇后阁内私语。慈禧急来东暖阁，脱去花盆底高跟鞋，悄悄立在帷幔之后窃听，并示意左右禁声，切勿声张。此时皇后毫无察觉，哭诉备受母后刁难之苦。皇帝亦亲有感受，劝她暂且忍耐，待病好之后，总会有出头的日子……不料慈禧听到此处正刺所忌，竟勃然大怒，立刻推幔闯入帷内，一把揪住皇后的头发用力猛拖，一大撮头发连同头皮都被拉了下来，又劈面猛击一掌，顿时皇后血流满面，惨不忍睹。慈禧又叫太监传杖，棒打皇后。同治大惊，顿时昏厥，从床上跌落在地，病势加剧，从此昏迷不醒。急传先曾祖入阁请脉，但已牙关紧闭，滴药不进，于次日夜晚死去。”
研究者对同治帝的死因各执一词，同治的死因也就成为中国近代史上又一个解不开的谜。
