1. 孙中山第一次护法（1917-1918）
临时约法和国会是辛亥革命的重大成果，也是近代以来先进中国人向西方学习谋求共和民主制度的结晶和主要标志，孙中山一直将临时约法和国会看做是中华民国的象征。1914年，袁世凯解散国会、废除临时约法后，孙中山即发表《讨袁檄文》和《讨袁告示》，指出袁世凯解散国会使国家无“正论”，号召国人“扫除专制凶残，改革恶劣政治，恢复人民主权”（上海《生活日报》，1914年6月3日。）。袁世凯死后，孙中山立即发表规复约法宣言，指出：“袁氏凡百罪孽，皆由其以天下为私之一念而来。”因此，“规复约法，尊重民意机关，则唯一无二之方，无所用其踌躇者”。1917年5月，围绕参战问题，黎元洪与段祺瑞的矛盾即府院之争，日益激化，最终导致督军团干政，张勋上演复辟丑剧。早在督军团肆虐之际，孙中山几次致电黎元洪，要求维护临时约法和统一。至此，视国会和临时约法为民国的命脉的中山先生，决定放弃当时正在筹办的实业建设，开始投身护法运动。
面对凶残、横暴的北洋军人以进行护法，孙中山深深意识到没有武装力量，难以与北洋军阀对抗，更谈不上实现救国救民的宗旨。为此，他开始与当时在沪的海军总长程璧光联络，希望海军参加到护法的行列。督军团叛变后，海军总长程璧光见形势危迫，即电饬第一舰队司令林葆怿率舰队驻大沽，以备缓急。在叛军会师天津，组织临时政府后，程于6月4日晨入总统府面见黎元洪，希望护送黎元洪南下以免遭受督军团的威胁，然黎元洪不愿南下。程于次日向伍廷芳问计，廷芳建议他去上海找孙中山、唐绍仪、岑春煊等人。于是，程在6月9日率舰队南下。抵沪后程立即就去拜访孙中山，孙希望其率师讨逆，并答应解决程关心的海军经费问题。而且，孙派廖仲恺运动北洋海军军官彭春源等南下护法，廖的夫人何香凝被分配做北洋海军的妇女家属工作。何女士在上海哈铜路的寓所接待一些海军家属，对他们讲解护法的必要，做说服动员工作。
除联络海军之外，孙中山还注意到与段祺瑞有矛盾的西南地方实力派：桂系陆荣廷及滇系唐继尧。为与陆荣廷、粤督陈炳焜商讨讨逆护法，孙中山派胡汉民于6月14日抵达广州，与陈炳焜接洽。广东省长朱庆澜与陆、陈有矛盾，希望借孙中山以自重，故与驻粤滇军第一师师长张开儒、第二师师长方声涛等组织滇粤联军，以朱为联军司令，国民党人李烈钧为总参谋，张开儒、方声涛为前锋司令，并聘胡汉民为总秘书，决定出师讨逆。
张勋复辟之后，孙中山致电西南六省各界，指出“唯西南六省，为民国干净土”，希望与西南联合起来建立护法临时政府。与此同时，孙还号召原国会两院议员南下护法。起初，孙与唐绍仪议定将护法政府的根据地设在上海，但鉴于上海是西方势力和封建顽固势力的集聚之处，外交问题牵涉过多，加之海军方面曾表示如果军饷有着落，西南也欢迎，也可将海军移驻广州，可以两粤为护法根据地。张勋复辟期间，广东省长朱庆澜曾派人到上海邀孙中山赴粤组织政府。西南的桂系和滇系对段祺瑞的武力统一政策又极为不满。以上各种原因使得孙中山决定将护法根据地放在广东。
1917年7月6日，孙中山与章太炎、朱执信、陈炯明、许崇智等由上海乘应瑞、海琛两舰赴广州。10日晨抵达汕头。12日，在汕头各界欢迎大会上孙中山发表护法演说，认为共和“非一蹴可致”，督军团叛乱的原因，在于“新旧潮流冲突”，因“新人物有新思想，新希望”，凡事“步步向前”，旧人物则“步步退后”；而复辟之所以发生，乃由“旧潮流造成”。他断定张勋复辟不会长久；并说倪嗣冲、段芝贵等实为“旧流人物”，“今日反对复辟是假”，“争后来之势力是真”；号召国民为“除尽假共和”，实现真共和，“有一分子责任，即尽一分子力”。17日，孙中山一行抵粤，在广州黄埔公园欢迎大会上孙进行演说，并主张电请海军全体舰队来粤，然后在粤召集国会及请黎元洪前来执行大总统职务。19日，孙在广东省议会欢迎大会上演说，提出再造政府，恢复国会两项办法。提议以省议会名义，请国会议员来粤召集国会，如不足法定人数，可开紧急非常会议，以决大政。是日，广东省议会致电旅沪国会议员，欢迎来粤召开国会。后旅沪众参两院正副议长吴景濂、王正廷复电赞同。
21日，海军总司令程璧光、第一舰队司令林葆怿自上海通电全国，痛斥倪、张毁法叛国，宣布海军将士一致拥护约法，恢复国会，惩办祸首。同日，孙中山在广东全省学界欢迎会上演说，指出共和政治已成时代潮流，“帝制实不能与共和竞争”；揭露段、倪等是假共和，张、康等为真复辟，而假共和之祸实更甚于真复辟；故自今以后，“所患者，真共和与假共和之竞争耳”（上海《中华新报》，1917年7月29日。）。次日，程、林率舰队开赴广东。24日，广东省长朱庆澜致电程璧光，欢迎海军来粤护法。8月5日，海军舰队全部抵黄埔。
大约同时，旅沪国会议员也响应孙中山的护法号召。7月23日，旅沪国会议员发表对外交团宣言，宣布不承认段祺瑞非法政府。26日，国会议员吕志伊等四人通电声讨段祺瑞，历数段氏破坏约法，蹂躏国会等六大罪状。28日，旅沪国会议员首批五十余人起程赴粤。8月4日，旅沪国会议员180人起程赴粤。
滇系首领唐继尧愤恨段祺瑞挑拨川军攻击滇军，也不承认段的国务总理。1917年8月11日，唐通电拥护约法，认为国会非法解散，不能认为有效，应迅速召集开国会；再者，国务员不待国会同意，由总统任命，不能认为适法；那些兴兵抗命的祸首，应照内乱罪，按法律惩办，以彰国法。同日，岑春煊也电请陆荣廷支持孙中山护法。岑氏说中山护法主张实为大处落墨、清源正本，应表同意，希望陆速来广东、共商大计。陆荣廷时任两广巡阅使，只求保住两广地盘。然由于段祺瑞执行武力统一政策，以傅良佐代谭延闿为湖南督军，陆有唇亡齿寒之忧，所以与唐继尧一起也以拥护约法为名对抗段祺瑞。
到8月中旬，南下抵粤的国会议员已达一百五十多人，但仍不足法定人数。18日，孙中山在广州黄埔公园宴请南下国会议员，商讨召开国会事宜。大家认为，北京政府已拒绝恢复临时约法，向西南各省用兵，中华民国已名存实亡；为了对内团结护法各省，对外实行独立自主的外交政策，必须在南方另行组织政府，由于议员人数不足法定人数，所以采用法国先例，先召开非常会议。19日，在粤国会议员在广州回龙社第一招待所讨论两大急务：一、开设国会；二、组织政府。最后决定于25日在广州召开非常国会。
8月25日，非常国会在广州正式开幕，国会议员一百五十余人出席。会议由原众议院议长吴景濂主持。孙中山与程璧光、林葆怿、朱庆澜等均列席祝贺。27日，非常会议举行首次会议，讨论《国会非常会议组织大纲》。31日，会议通过《军政府组织大纲》，大纲规定：中华民国为勘定叛乱，恢复临时约法，特组织中华民国军政府；军政府设大元帅一人，元帅二人，主持一切；由国会非常会议分次选举；临时约法的效力未完全恢复以前，中华民国行政权由大元帅行之；大元帅对外代表中华民国；军政府下设外交、内政、财政、陆军、海军、交通六部等。9月1日，非常国会选举孙中山为海陆军大元帅，陆荣廷、唐继尧为元帅。9月10日，孙中山在广州就任海陆军大元帅，发表就职宣言，表示要“竭股肱之力，根除奸凶，恢复约法……与天下共击破坏共和者”（《军政府公报》第1号。）。是日，非常国会选举伍廷芳为外交总长，唐绍仪为财政总长，孙洪伊为内务总长，张开儒为陆军总长，程璧光为海军总长，胡汉民为交通总长。同时任命章炳麟为军政府秘书长，李烈钧为总参谋长，林葆怿为海军司令，李福林为大元帅府亲军总司令，许崇智为大元帅府参军长。其后又任陈炯明为军政府第一军总司令，吴景濂为大元帅府高等顾问等。从以上军政府组成人员来看，军政府是由国民党、海军及驻粤滇军组成的联合政府。不过，陆荣廷与唐继尧相继致电非常国会，拒绝接受元帅职。
以孙中山为代表的军政府的成立，鼓舞了全国各地反对北洋军阀政府专制统治的力量，各地纷纷响应，宣布独立，促进了护法运动高潮的到来。广西谭浩明、广东陈炳焜、云南唐继尧宣布独立；陕西于右任，福建许崇智，四川熊克武，湖南刘建藩、林修梅也相继独立；李烈钧又在广东赶走龙济光。南北形成对峙局面。
张勋复辟结束之后，段祺瑞秉承武力统一中国的政策，决定对西南护法各省动武。1917年8月6日，段特派傅良佐为湖南督军，吴光新为长江上游总司令兼四川查办使。9月19日，傅良佐派驻湖南陆军第一师代理师长李佑文率步炮四团往攻湘南。20日，李自长沙率队南下。22日，李部在衡山县七里滩与林修梅所部交战，林军获胜，占领了衡山县。28日，李军第一团第三营不愿湘人内战，在衡山石湾起义，率部加入刘、林军，第二团也全体响应。李佑文只身败逃长沙。
10月1日，段祺瑞与《大陆报》记者谈话，声称将出兵剿灭南方粤、桂援湘的军队。由于湖南是两广门户，又是滇黔咽喉，湖南若失，则对西南极为不利。2日，陆荣廷在南宁召开军事会议，讨论援湘问题。议决桂、粤共出援兵八十营，组成五军，任谭浩明为“两广护国联军总司令”，陆裕光、林俊廷、韦荣昌、马济、林虎分任各军司令。后改由韦、林（俊廷）、陆分任桂军第一、二、三军司令；马、林（虎）分任粤军第一、二军司令，另委任沈鸿英为粤军第三军司令。林虎、沈鸿英因广东战事均未赴湘。9日，孙中山在广州也召开军事会议讨论援湘、攻闽等事。议决：（一）派员与陆荣廷及两广督军等磋商抵御龙济光等计划；（二）以滇军第三师援湘；（三）以滇军第四师及海军即日誓师攻闽；（四）饬陈炯明、朱执信两军长加紧招募兵员，加紧训练，为滇军、海军后援；（五）电陆荣廷、唐继尧火速出师武汉。
10月初，段祺瑞命令第八师师长王汝贤为湘南司令，第二十师师长范国璋为副司令，分三路夹攻湘南：正面攻衡山，右翼攻宝庆，左翼攻攸县。护法战争打响。护法战争波及闽、粤、赣、湘、鄂、川、陕，战线绵延五千余里，其主要战场是在湖南和四川。
10月5日，投降北洋政府的湘军第二师第四旅旅长朱泽黄与宣布护法的湖南自主军周伟、宋鹤庚部在青树坪（永丰西南40里）交战，朱军获胜，次日，占领界岭（湘乡县属），随后东攻衡阳。10日，与刘建藩所部永属区司令谢国光战于洪罗庙（衡阳县属），朱军又胜，谢军退走台源寺（衡阳县属）。嗣后，援谢军抵台，朱军久攻不克，遂改道西窥宝庆。11日，朱军与周伟、宋鹤庚再战于界岭，朱军连战连败，15日，退至青树坪，17日，退守永丰。19日，周伟、宋鹤庚进攻永丰之朱泽黄。由于傅良佐派卫队一团增援，朱军获胜，周宋部退至黑田铺（宝庆县属），朱军占领青树坪。20日，周伟与朱泽黄约定：周部退出宝庆，朱部阴守独立。是日，朱泽黄进驻宝庆。23日，周伟、宋鹤庚与朱泽黄再战于青树坪，周、宋部连战失利，两天之后，朱军占领洪罗庙。31日，两军战于衡阳县双山铺，朱军失利，自洪罗庙退至界岭。11月13日，湖南护法军周伟部攻占湘乡。
大约在朱泽黄与周伟等湖南自主军交战的同时，北军第八师第十五旅旅长王汝勤与林修梅部在西倪铺（湘潭县属）交战，王军连连获胜，10月9日，攻破护湘关（湘潭与衡山交界处），10日，占石桥铺，11日占衡山。由于湖南形势直接关系两广的安危，陆荣廷为保住两广地盘，决定联合孙中山对抗段祺瑞。陆任命桂系将领谭浩明为湘、鄂、桂联军司令，令其指挥驻粤桂军马济、马鋆等部出耒阳向攸县、醴陵进攻；广西方面林俊廷、陆裕光等部经武岗向宝庆进攻；韦荣昌部经零陵向衡阳进攻。同时，湖南护法将领刘建藩、林修梅等在衡阳设立“护法军湘南总司令部”，推举程潜为总司令。12日，湘南护法军与北军在衡山县萱洲铺开战。次日，护法军击毙北军团长傅良藻（傅良佐之弟）。随后赶到的桂、粤军队从左右两翼增援。14日，湘粤桂联军击败北军夺回衡山县城。次日，林修梅在衡山一线乘胜追击，连克护湘关、白果寺（衡山县属）、南冲铺（湘潭县属）。20日，林军在衡山县高眉山歼灭北军王汝勤所部千余人。23日，北军全力攻右翼，湘、桂军接力抵抗。24日，北军改攻左翼，为粤军击退。是役历时12天，湘粤桂联军获胜，共毙北军约千名。
就在南北双方在湘南鏖战之际，11月14日，北洋军湘南各军总司令王汝贤、副司令范国璋在长沙发表通电，提出南北停战，电称：“此次湘南自主，以护法为名，否认内阁。但现内阁虽非依法成立，实为事实上临时不得已之办法。即有不合，亦未始无磋商之余地。在西南举事诸公，既称爱国，何忍甘为戎首，涂炭生灵，自应双方停战。”（转引自李新主编：《中华民国史》第二编 北洋政府统治时期，中华书局1987年版，第160页。）王、范隶属直系，其通电主和实际上是直系冯国璋的“和平统一”政策与段祺瑞“武力统一政策”矛盾的反映。次日，段祺瑞通电全国，指责王汝贤停战系为虎作伥、不顾大局，声称为避免北方军人分裂起见，呈请辞职。同日，湘督傅良佐偕周肇祥自长沙仓皇出逃。长沙绅商组织“湖南暂时维持军民两政办公处”，公推王汝贤为办公室主任。17日，湘、粤、桂联军与北军第八师王汝贤等部在易俗河（湘潭县属）交战，由于王军无心恋战，联军乘胜占领湘潭，王军败走长沙。
18日，直督曹锟、鄂督王占元、赣督陈光远、苏督李纯联衔通电，主张北京政府及西南各省撤兵停战，表示愿任调停之责。同日，王汝贤、范国璋率军撤离湖南省城，湘南护法军前锋进占长沙。21日，陆裕光、赵恒惕、周伟与宋鹤庚分别率湘粤桂联军第一、二、四军自长沙拔师拟攻岳阳。由于陆荣廷急于与北方直系讲和，害怕进攻岳州破坏直桂联盟，故让谭浩明以联军总司令名义通令响应停战。12月17日，谭浩明抵长沙。次日，谭通电宣布暂以“湘粤桂联军总司令”兼领湖南军民两政事宜。湖南被划入桂系势力范围。
在护法军夺取衡山、湘潭、长沙之后，12月1日，鄂军第一师师长石星川在荆州宣布护法，组织了湖北靖国军。同日，原鄂军第二师师长王安澜在鄂豫边宣布独立，进军随县，宣布护法。16日，襄阳镇守使黎天才宣布参加护法，自任湖北靖国军司令。12月11日，陕西警备军分统领耿直在西安发动兵变，赶走督军陈树藩，并在凤翔宣告独立，护法讨逆，自任陕西护法军西路总司令。1918年1月25日，陕军团长胡景翼在三原宣布独立，组织陕西靖国军，曹世英、胡景翼分任左右翼军总司令，连克临潼、西安。浙军旅长叶焕章在宁波宣布自主；豫西民军首领王天纵在汝州宣布独立。北洋军阀控制的地盘一片混乱。
北洋将领停战主和的通电，在南方护法阵营内部引起了不同的反响。以孙中山为首的资产阶级革命党人始终坚持护法的原则，指出停战要以恢复约法和旧国会为原则，反对南北调和。11月18日，孙中山发表时局通电，指出：“此次西南举义，既由蹂躏约法，解散国会，则舍恢复约法及旧国会外，断无磋商之余地。”（《大元帅对于时局之通电》，《军政府公报》第25号，1917年11月19日。）并希望西南各省，一致主张到底。同日，孙致电孙洪伊，指出“护法原以恢复约法效力及旧国会为目的”，若“舍此不提，则吾人此次义举，即成为无意识之举动”。孙中山强调，议和“当以取消非法机关，恢复旧国会为唯一无二之条件”。（上海《民国日报》，1917年11月25日。）然以岑春煊为首的政学系和桂系陆荣廷则对议和求之不得。19日，岑春煊发出调和时局通电，要求冯国璋责成内阁罢兵尊法，则西南各省可徐图解决。而陆荣廷甚至抢在北京政府停战令发表之前首先宣布停战。24日，陆荣廷复电李纯，赞成直隶等四督军停战通电，并希望转呈总统以明令颁布。28日，谭浩明奉陆荣廷之命通电停战。12月3日，冯国璋致电陆荣廷，希望双方各饬现在交战地点的前敌军队驻扎原地，一律停战，听后解决，估计一周之内事情当有分晓。孙中山对岑、陆这种不顾大局的做法极为愤怒，于是把护法的希望寄托在唐继尧身上。他一再致电章太炎希望敦促唐继尧率兵东下，进击武昌。但唐氏以川中逆军尚未荡平为由，拒绝东下援鄂。12月4日，唐电告直、苏、鄂、赣四督军，已令驻川滇军停战，非常国会在12月7日致电程潜，指出北军表面调和，实则厚增援兵，希望粤桂援军迅速攻打岳阳。10日，程潜也致电西南各省，指出北京政府陆续增兵岳阳，声明不能轻与议和，以免中计。但陆荣廷对于程潜等人的警告置若罔闻。15日，陆荣廷致电冯国璋等，要求罢兵息民。
不久，在日本寺内内阁的支持下，加之冯国璋与南方媾和计划受挫，段祺瑞东山再起，北京政府内主战派力量逐渐占据上风。督军团首领倪嗣冲被徐树铮请到天津，鼓动十六省区军阀发表联名通电，坚持“全面讨伐”，反对“局部讨伐”。倪嗣冲并和张怀芝、张敬尧、卢永祥等通电打击主和的直系江苏督军李纯。
12月2日，在段祺瑞、徐树铮的策动下，曹锟、张怀芝与山西、奉天、福建、安徽、浙江、陕西、黑龙江、上海、察哈尔、绥远、热河等七省三区督军、都统、护军使代表在天津召开督军团会议，与会代表一致主战，各省还认定了出师数目，要求冯国璋明令讨伐湘、粤。会议初步制订了两路进攻湖南的计划：第一路由曹锟任主帅，率军由京汉路南下，经湖北进攻湘北；第二路由张怀芝为主帅，由津浦路南下，经江西进攻湘东。尽管冯国璋一心主和，但在督军团的压力下，国务院在15日还是特任直督曹锟为攻湘“第一路军总司令”，鲁督张怀芝为“第二路军总司令”。18日，冯国璋特派段祺瑞督办参战事务；又令准免王士珍陆军总长兼职，以段芝贵继之。21日，攻湘“第一路军总司令”曹锟派师长吴佩孚率领第五混成旅自保定起程南下。同日，攻湘“第二路军总司令”张怀芝派兖州镇守使施从滨率山东“暂编陆军第一师”南下。30日，北京政府派第七师师长张敬尧南下攻湘，是日，张部先遣队抵九江。
岳阳为湘省门户，地处湘鄂交界，战略位置特别重要，自1913年二次革命失败后，岳阳一直为北洋军阀控制。1917年11月中旬南方护法军占领长沙后，程潜等人要求趁热打铁拿下岳阳。但由于桂系陆荣廷主张停战和谈，使南北双方处于不战不和的局面。12月1日，荆、襄自主，武汉震动。由于自身利益受损，鄂督王占元一改以前主和态度而主战。冯国璋在皖系军阀的压力下，在1918年1月14日命令北军吴光新、吴佩孚、王占元、赵倜等部向荆、襄发动进攻，荆、襄先后于22日和27日陷落。为了支援黎天才等反抗北军的压迫，同时为在战略上处于主动地位，在湖南主战军人压力下，湘、粤、桂联军在1月中旬一举攻占直系北军盘踞的岳阳，27日上午，联军占领岳阳。
护法联军攻占岳阳后，西南各省纷纷要求乘机进攻武汉。当时鄂省北军主力全都集中在荆、襄，武汉空虚。若联军进取武汉，与黎天才的护法军会师湖北，将使南方护法联军在南北战局中处于十分有利的地位。但桂系认为双方应适可而止，转战为和。故联军占领岳阳的次日，谭浩明、陆荣廷等发表通电，表示决不进犯鄂境一步，并请李纯竭力斡旋、促成和局。
在南方湘、粤、桂联军攻占岳阳后，主战的皖系军阀更加嚣张，竭力压迫冯国璋和国务总理王士珍下讨伐令。1月30日，冯国璋被迫向西南下达讨伐令，命令曹锟、张怀芝、张敬尧等分路进兵，特派曹锟为两湖宣抚使，张怀芝为第二路军总司令兼湘赣检阅使，张敬尧为攻岳前敌总司令，再度攻湘。就在这时，冯国璋旧直系的核心人物陆建章，策动驻武穴的中央第十六混成旅旅长冯玉祥发出了反对南方用兵的通电。冯旅原奉命援闽，到达浦口就拒绝前进；以后又奉命援湘，开到武穴即按兵不前。在陆建章的指挥下，冯策划驱赶顽固主战派安徽督军倪嗣冲。冯氏此举，给主战派以重大打击。为压迫冯国璋对南方用兵，徐树铮又采用请张勋入京逼黎下台的伎俩，勾引张作霖奉军入关，唆使奉军劫走自日本根据中日军械借款协定第一批运到秦皇岛的步枪27000余支。1月31日，鄂督王占元致电李纯，建议以荆襄归鄂，岳阳归湘，斡旋南北停战。李纯据以发出世电（31日），倡道和议。对此，岑春煊、陆荣廷、谭延闿等表示欢迎，但北京政府通电反对。2月2日，北京政府下令讨伐湘鄂南军，不将长沙克复不能议和。是日，国务会议通过岳阳讨伐军费1000万元。4日，北军攻岳前敌总司令张敬尧、湖南矿务总局聂仲邦，与日本兴源公司签订27万两规平银借款合同，以水口山铅矿砂6000吨为担保，借款用于湖南军政开支。5日，冯国璋在北洋主战各督压力下，发表“罪己”布告，并任命吴佩孚署理陆军第三师师长。
2月中旬，各路北军分别向湘鄂、湘赣边界进军。26日，吴佩孚抵达蒲圻，兵分两路进攻岳阳，3月10日，曹锟下总攻击令。3月11日，南北两军激战。桂系军阀向来惯于驱使他人为自己打头阵，将湘军摆在岳阳第一线，自己的五个军在后方做预备队。结果在吴佩孚率领的陆、海军的攻击下，赵恒惕湘军第一师的防线很快被突破。17日，吴佩孚师第六旅攻破岳阳，次日完全占领，南军伤亡达千人，向长沙败退。22日，张敬尧所部也占领了平江。25日，湘鄂桂军统帅谭浩明弃守长沙。26日晚，吴佩孚第三师不费一兵一弹开进长沙，张敬尧部随后赶到。27日，北京政府任命张敬尧为湖南督军兼省长。
北军攻下岳阳后，段祺瑞在以曹锟为首的包括十五个省、三个特别区的北洋军阀头目联名敦请下，于3月23日再任总理。这更助长了段的武力统一中国的野心。4月22日，段抵达汉口，召开有曹锟、张怀芝、王占元、赵倜及苏、赣、皖、湘、晋、陕、奉七省督军代表出席的会议。会后，吴佩孚率直军各部向湖南继续进攻，而陆荣廷为保广东，让谭浩明将两广桂粤军主力撤回广东，22日谭由衡阳退驻永州；程潜所率湘军因孤立无援于23日撤离衡阳，24日，吴佩孚不战而占领衡阳。23日，湘军赵恒惕部、刘建藩部在攸县与北军激战，取得胜利，形势一度对北军很不利。但由于陆荣廷力避在长沙地区与北军主力决战，不协同湘军进行反击，且将接应湘军的部队撤退，结果宝庆、安仁、攸县等地被北军占领。
段祺瑞在北军进攻湖南的同时，又开辟两个战场进攻广东：一个战场是南雄。他命令江西督军陈光远率领李纯派到江西的杨春普第十九师，配合赣南镇守使吴鸿昌进攻南雄，从4月下旬起在南雄与南军进行了几度拉锯战。桂系军阀派政学系首领李根源为粤、赣、湘边防督办，借机控制了驻屯北江的滇军。另一个战场是东江。段命福建督军李厚基为援粤总司令，浙军第一师师长童葆暄为副司令，配合由高雷出师的龙济光军，侵入东江夺取广州。龙济光并非出身于北洋军阀，但长期坐南向北，民国以来凡属进步意义的政治斗争，他都站在极反动的一方，所以被历届北洋军阀视为南方的看门犬。孙中山发动二次革命时，龙奉袁世凯之命率部攻打广州，广东都督和护军使陈炯明逃往香港。龙控制了广东局势，被袁世凯任命为广东将军。袁世凯称帝后，龙被封为一等公、郡王、振上武将军。护国战争后，龙被迫独立，后被段祺瑞委任为两广矿务督办，驻军海南岛。护法战争爆发后，龙被段祺瑞委任为两广巡阅使，与孙中山领导的护法军政府为敌。面对龙济光和闽浙联军的进攻，李烈钧被推为讨龙总指挥，统率靖国军李根源、粤警卫军魏邦平、桂系护国军林虎、沈鸿英两个军对龙军进行反攻。经过两个月战斗，于1918年3月初，将龙军击败，收复恩平、阳江、高州、化州等地。由于龙军被李烈钧打垮，李厚基未敢侵粤。但到了5月间，援闽粤军总司令陈炯明，却率粤军对李厚基展开了进攻，并一举打垮了闽、浙联军。5月底前，即完全占领闽南汀州所属十余县。
在四川，护法战争爆发后，川军一分为二：熊克武、刘湘拥护护法，刘存厚反对护法。熊、刘有唐继尧、刘显世的滇、黔军支持；刘存厚的背后则有段祺瑞派遣援川的长江上游司令吴光新。1917年11月12日，驻川綦江黔军在三百梯与吴光新所部北军交战，20日，黔军占领江津。滇黔联军在四川民军配合下，下江津后，即分道会攻重庆。12月3日，吴光新、周道刚各率残部退走湖北宜昌。川人对刘存厚勾结北洋军人川非常不满，部将刘成勋、邓锡侯、田颂尧等相继叛离。刘存厚与省长张澜于1918年2月20日退往陕南汉中。熊克武率川、滇、黔联军进入成都，任靖国军总司令，将川军整编为八个师。
湖南战事吴佩孚战功最大，但段祺瑞竟把湘督兼省长一职授予皖派嫡系张敬尧，吴大为不满，曹锟也屡得冯国璋密电诘责，意识到继续主战，只是为皖系扩大地盘。5月25日，南军代表与直军代表在耒阳举行谈判，6月15日双方签订停战协定，息战言和。8月，吴佩孚通电主和，公开攻击段祺瑞的武力统一政策实为亡国政策。直系将领纷纷响应，南方护法军政府也复电赞成和平。段祺瑞在直、桂军阀联合反对下，8月下旬被迫令前线各军暂取守势。到1920年3月，吴佩孚自动撤兵北返。不久，直皖战争爆发。段祺瑞的武力统一政策至此完全破产。
孙中山南下护法之后，陆与唐从一开始对护法就无诚意，他们只是利用护法这块招牌对抗段祺瑞的武力统一政策，保住自己的既得利益。故对孙中山护法军政府自始就采取置之不理的消极态度，后来更发展到公开进行破坏。桂系首领陆荣廷，广西武鸣人，出身草莽，清末被清政府招安后委任为广西巡防营管带。1907年曾与孙中山、黄兴率领的革命党民军在镇南关血战七昼夜，辛亥革命前升任广西提督。辛亥革命后，成为广西都督，完全控制了广西。护国战争期间，陆借机赶走盘踞在广东的龙济光，后被北京政府任命为两广巡阅使，控制了两广。之后，陆以两广为基础，企图进一步摆脱北京政府的控制，积极向外省扩张。滇系首领唐继尧，系日本士官生出身。蔡锷被袁世凯调京后，唐继任云南督军。护国战争期间，蔡锷率第一军进攻川黔，唐则以第三军留守云南。护国战争结束后，唐乘机派兵进入川、粤，将蔡锷、李烈钧所率护国军各编成两个师，企图以川、粤两省之财，养云南之兵。后桂系控制广东之后，唐以云南为据点，向川、黔扩张势力。孙最初在广州建立军政府时，粤督陈炳焜就认为南方实力不济，而且财政非常困难，不易在南方组织政府。军政府领导人选出后，国会非常会议立即电告唐继尧、陆荣廷。陆与陈致电孙中山及在粤国会议员，反对另组政府，主张应以总统复职为先，他们认为总统存在，自无另组政府的必要，而元帅名称易滋疑义，表示此举实不敢轻为附和；同时还通电全国声明以后广东无论发生何种问题，他概不负责。陈还明确表示广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。当广东省议会推举国民党人胡汉民为省长后，陈炳焜为保举李耀汉为省长，居然派警卫军一营移驻省议会附近，夺走省长印，并以督军名义接管省长亲军。孙中山为避免扩大矛盾，令胡汉民辞去省长职，并推荐李耀汉自代。孙中山曾要求陈炳焜将士敏土厂部分房屋或前财政厅作为大元帅府，但被陈拒绝。对于孙中山在粤活动陈多方阻挠限制，如孙中山打电报不能用头等，而且必须付现款；孙如与沙面各国领事有所交涉，桂系交涉员不为承转。当陆荣廷和唐继尧被选为军政府元帅后，孙中山一再电催两人就职，但先后遭到二人拒绝。
莫荣新继任粤督之后，其对孙中山领导的军政府态度比之陈炳焜更为恶劣。先是杀害孙中山任命的潮梅前敌司令金国治，接着又诬蔑大元帅府卫队的连排长及新招卫士六十余人为土匪，并任意枪杀。孙中山忍无可忍，1918年1月3日晚，孙亲率亲信将领数人及少数卫队，登上同安、豫章两舰，等驶到中流砥柱炮台时，下令向督军署开炮，两舰长起初犹豫不敢应，孙亲发数炮，又督促炮手发数十炮，于拂晓时停止。炮击观音山打击了桂系军阀的嚣张气焰，同时提高了军政府的威望。
但是，桂系与滇系为了从根本上打击以孙中山为首的护法军政府，勾结非常国会中的政学系，企图另行组织机构从实质上取代军政府。非常国会的议员们本应孙中山的号召南下，但其派别甚多，思想立场各不相同。他们主要由政学系、益友社系、民友社系、新新俱乐部等派别构成。政学系在非常国会中人数虽然不多，因其领袖李根源一直拥戴岑春煊，而岑氏与两广巡阅使陆荣廷在晚清有部属关系，岑、陆与李氏有肇庆军务院的旧历史关系；滇系唐继尧与他们也有军务院的旧关系，李又为滇人，因此政学系与滇桂军阀有结盟的基础。此外，政学会中的谷钟秀与北方直系勾结，主张以冯制段，而陆、唐也有与冯国璋妥协反对段祺瑞武力统一政策的目的。此时，陆、唐就勾结政学系密谋策划另立西南联合会议以取代军政府，从而架空孙中山。
1917年11月4日，李烈钧秉承唐继尧旨意通电，提出组织西南军事联合会政务委员会。是日，在陆荣廷策动下，程璧光、唐绍仪、伍廷芳等在海珠集会，讨论组织西南联合会事宜。12月31日，程璧光、莫荣新将修改后的《中华民国护法各省联合条例》通电各省。1918年1月15日，西南各省护法会议在广州成立。20日，莫荣新等13人联衔通电公布《中华民国护法各省联合会议条例》，随后发起者公布了《护法各省联合会议组织条例》，规定：联合会议受护法各省各军的委托，对内对外，执行政务；办理共同外交；监督共同财政；统筹军备、计划作战；议决停战议和事件；议决省与省之争议事件；联合会议设军事、外交、财政、议和四个代表，由各总代表轮值主席。起初，西南联合会议原为协调、疏通西南各省军事问题而设，属于军事联合机关性质。孙中山对此表示赞成，希望通过这个机关使西南各省联合为一大团体，以抵抗北京政府武力统一的方针。按孙中山之意，该会应以军政府名义召集，会议性质应附属军政府名义之下。但从其条例内容看，联合会议享有从军事、政治到内政、外交广泛的权力，实际成为与军政府相抗衡的一个组织。孙中山对此坚决反对，认为此会议无异于又一督军团会议。章太炎也在重庆通电斥责岑春煊等为“倪嗣冲第二”、“李完用第二”。由于孙、章等的揭露，各省代表、非常国会及各界有识之士的一致反对，西南联合会议最终流产。
因军政府无法行使职权，西南联合会议又不为各方接受，政学系国会议员又秉承陆荣廷、唐继尧与岑春煊的意旨提出改组军政府，拟将军政府的统帅制改为合议制，设总裁若干人，组成限于军事范围的政务会议，隶属于合议政府之下。1918年2月2日，程璧光、唐绍仪、伍廷芳、莫荣新等，邀请孙中山在海珠开会讨论改组军政府办法。会后，拟定了《中华民国军政府组织大纲修正案》七条，其中规定：将军政府原来的单独制改为合议制，改大元帅一职为政务总裁若干人组织政务会议，地位平等，责任同负；护法各省各军仍旧派出代表，组织联合会，统筹军备，计划作战，其议决事件由政务会议施行。从大纲内容来看，军政府护法的性质已被改变。孙中山及许多革命党人坚决反对。22日，孙中山通电全国，希望各界拥护约法，尊重国会。他指出：“约法为民国命脉，国会为法律本源。国会存，则民国存；国会亡，则民国亡。”“破坏民国者，以蹂躏国会为唯一之手段；则拥护民国者，应以尊重国会为唯一之职责。”他恳切希望西南各省军政首领，速筹救济良策。表示：“倘约法效力朝能恢复，则文夕可引退。”（陈锡祺主编：《孙中山年谱长编》，上册，中华书局出版社1991年版，1101页，《军政府公报》第49号。）4月10日，国会非常会议开会，出席者有六十余人，罗家衡提出改组军政府案，赞成者达四十余人。居正等反对改组者要起立发言，均遭无理阻挠。最后由议长指定二十人审查议案。次日，孙中山约全体国会议员到军政府谈话，就军政府改组一事提出质问，他说：昨日所提议改组军政府一事，实有关军政府本身的存亡，但国会在不征求军政府意见情况下，径行提议而付审查，不合事理。从法律方面说，约法规定为元首制，今要实行多头制，于军政府组织大纲不合。他表示对于军政府改组一事，根本反对。13日，国会非常会议审查会推代表褚辅成、王湘、吴宗慈、卢仲琳、王葆真五人进见孙中山，征询对于改组的意见。孙中山重申反对改组军政府，他说：“今日办法只有以人就法，不可以法就人。以人就法，则予个人去位可也；以法就人，则改组万不可也。”（上海《民国日报》，1918年4月28日。）并表示愿让出大元帅一职来保全军政府。吴景濂就此事致电陆荣廷，但陆不答应。
5月4日，国会非常会议开会，议决改组军政府案，孙中山派居正代表出席，议员出席者八十余人。但在开会时，莫荣新应议长吴景濂所请居然加派军队包围议会，号称保护。结果议员们在威胁之下四十余人赞成改组军政府案，多数通过。孙中山命居正将大元帅辞职咨文送交会议。是日，孙发表《辞大元帅职通电》，指出：“顾吾国之大患，莫大于武人之争雄，南与北如一丘之貉。虽号称护法之省，亦莫肯俯首于法律及民意之下。”（《军政府公报》第78号。）对于西南军阀在护法运动期间的所作所为，章太炎也指出，陆荣廷、唐继尧等西南主义者，不过是“以西南自成部落作方镇割据之势”，“原群帅所以怯于规鄂者，非兵力不任也。……徒以部落主义蔽其远略，广西不过欲得湖南，云南不过欲得四川，藉护法之虚名，以收蚕食鹰攫之实效，湘蜀既得，而彼已偿初志矣。……外人徒见其宣布明电，慷慨自矜，而密电私议，实多不可告人之语。言和不过希恩泽，言战不过谋嚇诈。”他也认为西南军阀与北洋军阀是“一丘之貉而已”。（《章太炎年谱长编》上册，第588-590页。）18日，国会非常会议通过并宣布了《中华民国军政府组织大纲》，大纲规定：名称仍用军政府，改大元帅为政务总裁制，其主席总裁由政务会议推定。20日，国会非常会议选举军政府总裁，孙中山、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧、林葆怿、陆荣廷、岑春煊七人当选为总裁。次日，孙中山离粤赴沪。临行前，孙发布《辞大元帅职临行通电》，通电回顾了民国以来立法毁法的经过，指出：武力角逐，势难持久；其利用武力虽一时可并弱暴寡，排斥异己，但终究必为国民共弃而陷于势穷力绌之境。他勉励国会诸君努力使正式国会依期开会，以维系民国。在孙中山心目中，护法失败只不过是一次小小的挫折而已，至于护法救国的宗旨并无任何改变。孙中山离粤赴沪，标志其第一次护法运动的失败。
2. 孙中山第二次护法（1920-1922）
孙中山离粤赴沪的两年，主要精力投入写作，在沪两年，完成了孙文学说、建国方略、建国大纲等著述。所有这些既为其二次护法、粤军回师驱逐桂系、重建革命政府的张本，也为后来中国国民党的改组奠定了新机。
孙中山的特点和可贵精神就是越挫越斗，越斗越勇，从来不为困难和挫折所吓倒，第一次护法运动的失败，实际上也是第二次护法的起点，他说：“此次辞职，不过在粤计划中挫，此后救国宗旨，决无变更。”（《孙中山全集》第4卷，中华书局1985年版，第481页。）“返沪以来，力谋挽护。”（《孙中山全集》第4卷，中华书局1985年版，第498页。）他在著书立说的同时，密切注视时局的变化，一方面在做准备；一方面在寻找有利时机。
孙中山二次护法的首要任务是驱逐桂系，在广东重建护法政府和护法根据地。他说：“当今急务，在于先灭桂贼，以统一南方，然后乃能出师北上，力争中原耳。”孙中山如此说，是因为他所期望和培育的援闽粤军已经成长起来，成为一支不可忽视的武装力量。援闽粤军由他的部下陈炯明任总司令，1919年南北议和时已经占据闽西南十余县，由原来的20营扩编为两个军，2万余人。1920年8月，随着直皖战争直系的胜利，与直系联系密切的桂系气焰更盛，准备进军福建，消灭福建皖系军队的同时，将驻闽粤军一并解决，以免后患。
驻闽粤军利用这一时机，先下手为强，在福建李厚基皖系的支持配合下，誓师回粤，兵分三路，杀回广东。驻闽粤军饱受桂系欺凌，不得不就食他乡，现在杀回老家，无不奋勇当先，势如破竹。相反桂系军队虽然势重，但士气低落，在驻闽粤军的强大攻势下，节节败退。粤军8月20日下汕头，10月22日克惠州。在各地民军的大力支持下，10月底一举攻占广州。桂系见大势一去，岑春煊、陆荣廷、林葆怿、温宗尧以四总裁名义宣布撤销军政府，两天后，广东督军莫荣新也宣布广东取消独立。北京政府欣喜若狂，立即于10月31日宣布“南北和平统一”，“和平、统一、善后各端，亟待次第实施”。（《政府公报》1920年11月1日。）针对桂系四总裁宣布撤销军政府和北京政府的和平统一令，孙中山、唐绍仪、伍廷芳、唐继尧四人急忙联电声明，“此等宣言，我等绝不承认”，宣布军政府继续存在，继续坚持护法立场。12月1日，公布军政府各部名单，孙中山自兼内务部部长，财政唐绍仪，外交伍廷芳，陆军陈炯明，交通唐继尧，司法徐谦，参谋李烈钧。为了进一步加强领导力量，解决内外问题，北伐推翻不合法的北京政府，统一全国，孙中山决定建立正式政府。他通过各方面的工作，使广州非常国会接受了他的意见，通过了《中华民国政府组织大纲》。1921年4月10日，非常国会选举孙中山为非常大总统。5月5日，孙中山在广州就任非常大总统，撤销军政府，一个与北京政府对立的新政府宣告成立，主要成员为外交伍廷芳，陆军、内务陈炯明，财政唐绍仪，参谋李烈钧，政治胡汉民。
孙中山就任中华民国非常大总统，建立广州新政府，与各方的矛盾尤其是掌握广东实权的陈炯明的矛盾日趋激烈。陈炯明建设模范广东，以联省自治方式谋求中国统一；孙中山则要武力北伐，统一中国，建立真正的民主共和国，这是两人矛盾本质，所以孙中山几乎所有的政治行动中都遭到陈炯明的阻挠。（参见段云章、倪俊明：《陈炯明》，广东人民出版社2009年版，第5章 “如何统一中国之争”，第204-286页。）这年6-9月，驱桂战役结束，旧桂系瓦解，两广统一，孙中山在桂林设立北伐大本营，着手布置北伐事宜，孙中山与陈炯明的矛盾开始激化。孙中山几次电召陈炯明商讨北伐，陈均不应召。1922年4月21日，孙中山下令免去陈炯明内务总长、广东总司令、广东省长三职，只给他保留了陆军总长一职。
孙中山原计划假道湖南北伐，由于湖南局势的变化，不得不改道江西。北伐军出师以来频频取得胜利，6月12日攻克重镇赣州。但北伐军捷报频传的同时，后方陷入深刻危机之中，广州完全被陈炯明的部下叶举所控制。为解除后方危机，孙中山由韶关返回广州。此时陈炯明正与北方吴佩孚勾结，响应吴佩孚恢复“法统”的政治行动，其部下竟于6月15日发动兵变，包围总统府，并通电要求孙中山与北京徐世昌同时下野。叶举在广州张贴的安民告示中也含有同样的内容：“国会恢复，护法告终，我军将士，一致赞同，促孙下野，以示大公，商民人等，幸勿惊恐。”次日，叛兵炮轰总统府，孙中山避走楚豫舰，与叛军对峙，并下令北伐军回师讨陈。北伐军讨陈不利，退之福建，北伐失败。
与陈炯明叛变的同时，北方直系曹锟、吴佩孚导演了恢复法统的骗局。这年4月的直奉战争，直系战败奉系，控制了北京政府。如何解决南方护法政府，吴佩孚深思熟虑，阴谋借孙中山的护法旗号打倒孙中山，实现直系的一统计划。5月14日，曹锟、吴佩孚通电各省，征求恢复旧国会的意见。曹锟、吴佩孚的呼吁得到直系将领及旧国会议员的响应。在吴佩孚的授意下，6月1日，旧国会议员王家襄、吴景濂等一百五十多人宣布即日起恢复行使职权，逼总统徐世昌下野。6月12日，五年前下野总统黎元洪复职，入驻中南海。中国政治局势似乎恢复到护法运动前的状态，这就使孙中山的护法运动失去了奋斗的目标。吴佩孚的行动得到社会舆论的赞同，“乃者北京非法总统已经退职，前次下令解散国会之总统，已预备取消六年间不法命令，而恢复国会，护法之目的，可谓完全达到”。孙中山护法的支持者章太炎的政治态度也发生变化，他正在鼓吹联省自治，声言结束护法。6月28日，章太炎在上海《申报》上发表政见，“然护法之业，于此告终，时局之难，较前无减。……以要言之，结束护法，属于现在，策进联省，属于将来”。即孙中山自己也曾多次表示，护法到此已经结束了。1923年1月，他在《中国革命史》一文中说：“余以护法事业行将告结束之际，发起化兵为工之主张以补救之。”化兵为工的主张，即1922年6月6日孙中山发布的《工兵计划宣言》。宣言中说，“顷闻徐世昌业已潜逃，直军将领，亦有表示服从国会之事，此诚所谓无悖于护法戡乱之主张，可为嘉慰者也。六年以来，战事延长，是非莫定，直至今日，法之不可毁，始大白于天下，用兵数载，得此效果，国内问题，似可和平解决。”后来，孙中山在《中国国民党宣言的旨趣》一文中也说，“护法之役，也没把革命旗帜竖起，熬起了五六年的护法功夫，最后曹馄、吴佩孚也赞成护法，弄得护法的问题，又归调和妥协，……所以终归失败。”舆论纷纷劝说孙中山停止北伐，与徐世昌同时下野，以实现南北统一。吴佩孚的政治目的完全达到了，他的恢复法统，打倒了南北两个政府、两个总统。
陈炯明在南方的叛变，是对北方曹、吴直系政治行动的配合。在如此情况下，孙中山只好再次离粤赴沪，护法运动最终失败。陈炯明的叛变与吴佩孚恢复法统，是孙中山护法运动失败的标志性事件。（张华腾：《论孙中山护法运动的下限》，《史学月刊》1987年第4期。）
吴佩孚法统恢复之后一年，曹锟以每一张5000元的选票，贿选国会议员成功，国会选举他做了中华民国的第五任大总统，（北洋政府国家元首以总统名之者五人，即袁世凯1912-1916，黎元洪1916-1917，冯国璋（代总统）1917-1918，徐世昌1918-1922，黎元洪复任1922-1923，曹锟1923-1924。）这个当年的卖布郎，也尝足了大总统的味道。国会议员们，因为接受了曹锟的贿赂而声名狼藉，被称之为“猪仔议员”，神圣的国会也被讥为“猪仔国会”，没有人同情了。又一年后，冯玉祥发动北京兵变，囚禁贿选总统曹锟。冯玉祥与入关的奉系张作霖暂时合作，将早已闲置的皖系首领段祺瑞请出山，做了中华民国临时执政，建立中华民国临时执政府。临时执政将总统的职权与总理的职权合一，貌似总统制。段祺瑞政治晚年，也过了国家元首的瘾，尽管仅仅是名义上的，他国家元首的位置远不如当年国务总理的位置有气势和权威，因为他早已失去了实力的支撑。段祺瑞在临时执政位上一年半，最终被这一时期的实力人物——张作霖的中华民国安国军政府大元帅所替代，此时距离北京政府的覆灭已经不远了。
在北方政局一片混乱之时，南方政权正在悄悄崛起，逐步积累力量。1923年2月21日，孙中山回到广州，设大元帅府，就任大元帅职，不久正式成立陆海军大元帅大本营，这是孙中山辛亥革命后第三次在广州建立政权。次年1月，孙中山改组国民党，召开中国国民党第一次全国代表大会，确立了联俄、联共、扶助农工的三大政策，标志着孙中山经过30年的革命斗争，终于找到了一条正确的革命道路。1924年北京政变，孙中山接受冯玉祥、段祺瑞、张作霖之邀请，抱病到京协商国是，召开国民会议，以和平统一中国，不幸于1925年3月12日在北京逝世。伟人长逝，山河悲痛，举国哀悼。孙中山所要创建的真正共和民国的理想虽然没有实现，但他为之而奋斗一生的精神和伟大的人格魅力，永远激励着中国人民继续前进。孙中山逝世后不久，其继承者中国国民党中央政治委员会召开第十四次会议，决定改组政府。7月1日，中华民国国民政府在广州正式成立。广州国民政府经过一年的努力，肃清了广东的反革命势力，统一了两广，建立起稳固的革命根据地。为继承孙中山的事业，完成孙中山统一中国的夙愿，1926年7月，广州国民军誓师北伐。两年后北洋军阀统治被推翻，中华民国结束了袁世凯称帝以来的南北纷争、军阀割据局面，统一在中华民国国民政府之下。
22年后，中国人民在中国共产党的领导之下，颠覆了中华民国国民政府在大陆的统治，创建了中华人民共和国，民主共和的国家政治体制最终得以确立和持续发展。这一过程，从1911年辛亥革命共和初建到1949年中华人民共和国的建立，整整38年。
