1999年，由中宣部、商务部、科技部、财政部、铁道部、交通部、卫生部、工商总局、环保总局、食品药品监管局、全国供销社等部门联合发文，开始实施“三绿工程”。
“三绿工程”以是“提倡绿色消费，培育绿色市场，开辟绿色通道”为主要内容的系统工程。
建立“绿色通道”，就是通过统一协调和组织运力，建立公路、铁路、航空及水上等多种运输工具相衔接的“菜篮子”商品运输网络，消除不必要的关卡和不合理收费，实现高效、无污染、低成本的流通。
培育“绿色市场”，就是按照统一的质量标准，加强市场配套建设。保证绿色食品产出后，经过加工、运输、批发、零售等环节，到达消费者手中仍能符合“绿色”标准，严防污染和变质。同时要严格检测检查，清除各种假冒伪劣的绿色食品，建立起高质量、无污染的流通网络体系。
提倡“绿色消费”就是制定统一政策和引导措施，加强宣传报道，举办公益活动，树立绿色食品的消费观，增强自身权益和环境保护意识，促进绿色食品生产和消费的增长，确立科学的，有益健康和环保的食品消费模式。
这项工程充分考虑我国农产品由千家万户生产，产业化程度低、品牌化经营刚刚开始等实际情况，从总结研究欧美等发达国家监管经验和我国生产环节监管难度大的深层次原因中找出路；运用现代流通指导生产、引导消费的理论，实行了“反弹琵琶”思路；从提倡绿色消费抓起，然后培育绿色市场，开辟绿色通道，从而引导绿色生产，实行全程质量控制。实践证明，这是从我国国情出发，解决食品安全问题的一种创新的管理方法。
其突出特点：一是“反弹琵琶”，从提倡绿色消费抓起，加快绿色市场的培育和绿色通道的开通，引导绿色生产的发展，解决千家万户分散生产，难以开展卫生质量管理的问题；二是实行全程质量控制，形成了以绿色消费为目标、以绿色市场为载体、以绿色通道为物流网络的绿色食品产业链；三是社会参与程度高，政府、中介组织、企业、消费者共同参加，特别是国家有关部门联合组织实施，形成共同维护食品质量安全的社会氛围和运行机制。
“三绿工程”自1999年实施以来，各项工作进展顺利。各地按照全国“三绿工程”工作领导小组的整体部署，普遍把实施“三绿工程”作为为民办实事的具体行动，纳入经济建设总体布局。
广大食品加工和流通企业大力开展争创“三绿工程”试点单位活动。经过各行业主管部门、各级地方政府和广大流通、加工企业的共同努力，“三绿工程”已取得了明显的阶段性成果：
一是市场逐步配备了检测设备，卫生质量安全检测体系正在形成。据不完全统计，两年多来，上海、福建、宁夏、安徽、江苏、辽宁、吉林、大连、宁波、南京、青岛、烟台等各地方政府都投入了配备卫生质量检测设施资金，企业投入配套资金。到2002年，配备卫生质量检测设备的批发市场231家，占批发市场总量的81%，安排了专职技术人员。其中青岛、大连、南京的批发市场100%配备检测设备和专职人员；配备卫生质量检测设备的零售市场1263家，占零售市场总量的34%，安排专职技术人员达3506人。
二是市场准入制度正在形成，“放心菜”、“放心肉”明显增多。两年来，为保障食品卫生质量安全，全国一部分大中城市已实现了应用现代技术加强食品质量管理，完善了食品进货索证制度、商品台账和经营者商品卫生质量跟踪系统，销售时实行挂牌、标识、标签。
有的地区还组织开展了“菜篮子”产品质量体系认证。如南京市仅2001年就有14个产品通过国家和省有关部门的认证，占农产品认证数的75%。有害物超标食品市场退出机制也正在形成。南京、福州等城市己实行对检出的有害肉菜当场没收销毁并向源头追溯制度。
在争创“三绿工程”试点单位活动中，天津、上海、江苏等12个地区有1054家企业向社会做出了放心承诺，推介上市2569种放心食品、111种无公害食品、1118种绿色食品和39种有机食品。
三是开辟了铁路和公路绿色通道，逐步采用了保鲜、冷链对接运输等现代化的运输方式。在铁道部、交通部的支持下，全国开通了多条铁路和公路绿色通道。各省、市、区也大力开辟绿色通道，配备鲜活食品专用运输车辆和设备，实行保鲜运输和冷链对接运输，减少了运输损耗，防止了流通环节鲜活食品的二次污染，缩小了我国与国外发达国家的技术差距。老百姓从中得到了实惠，一年四季都能吃到新鲜的肉菜。
四是倡导绿色消费的氛围基本形成，消费者食品安全意识明显增强。各地十分重视“三绿工程”的宣传工作，广大消费者的食品安全意识大大增强，传统的“价格优先”消费观念正在向“价格与质量并重”转变。消费者食品安全意识的增强和消费观念的转变，反过来有力促进了食品加工、流通企业加强和改善卫生质量管理，积极推行品牌经营，努力提高企业核心竞争力。
五是各地制定相关法规，初步形成保障食品安全的法律保障体系。根据当时食品安全的新形势和应对WTO的需要，国家质检总局发布了8个无公害农产品国家标准。各地也在积极制定有关食品安全方面的法规、条例及相关地方标准。据对15个省、区、市统计，共制定发布了38个有关食品安全的地方法规条例，110多项地方相关食品安全标准，开发和推广了36项食品安全技术，进行专项检查，对非法企业和个体户进行了处罚，没收销毁不合格食品。
六是基本建立了保障食品安全的组织协调机制，初步形成多部门齐抓共管食品安全的局面。
据全国三绿工程工作办公室对20个省、区、市的调查，其中有15个建立了多部门相互协调配合的“三绿工程”工作领导机构和工作机构，辽宁、四川等地所辖地、市、区全部建立了相应的机构。大部分地区在现有部门的基础上，还增加了“菜篮子办”等部门，在整体上形成了合力。如福建形成由21个部门，青岛、大连由18个委、办、局共同配合，齐抓共管“三绿工程”的局面。
2002年7月，国家经贸委有关负责人宣布，“三绿工程”进展顺利并取得阶段性成果。
随着“三绿工程”的实施，全国“菜篮子”卫生质量安全检测体系进一步加强，这一措施筑起了一道道食品安全防线，有效地防止了有害食品流入市场。
