一九九六年四月，由于钟南山在对哮喘疾病、慢性阻塞性肺疾病（COPD）膈肌功能的研究，以及对慢性阻塞性肺疾病及肺心病病人营养状态和营养疗法的研究中所做出的突出贡献，中国工程院决定授予钟南山教授中国工程院医药卫生工程学部院士。
他是广东省第一位医药卫生工程学部院士！消息传来，广州医学院沸腾了，整个广东省卫生界都震动了。
钟南山对于自己当选医药卫生工程学部院士感到意外，他认为选上院士的大多年事很高，有众多成就，相较于他们，自己尚属小字辈。面对鲜花与掌声，钟南山保持着一贯的理智与谦卑，他十分谦虚地自嘲道，自己是沾了院士选拔政策上对年龄限制的光。但实际上，他的才干、他的贡献和他的品行，早就为他赢得了专家同行们的拥护，他当选，实至名归。在广州医学院为他举行的隆重的庆祝会上，他说，这一称号只代表着过去的成绩，并不意味着在以后的日子里，他就一定是最强者。最令他感到高兴的是，他是在广州医学院取得成果，而后成为院士的。在庆祝会发言中，他特别指出：“我们的学校很小，是一个不起眼的地方院校，但是我们这么小的学校也可以出院士。”他的这句话如此坦诚而又如此真切，再次印证了之前自己时时勉励广医人的话语。如今他现身说法，以自己的信念激励广州医学院里的所有医学工作者，激励所有在平凡的环境中、平凡的工作岗位上心有大志、努力进取的人奋发图强。
钟南山从来不羞于承认落后。他说，人最重要的是承认落后，承认落后并不是坏事，是为了不甘于落后。不要以为自己条件差就不行，要自己创造条件。在他的一生中，这是一直占据中心的主导思想。而他也用自己的实际行动，完美诠释了承认落后，而后奋力追赶，超越平凡，抵达卓越的过程。
庆祝会结束后，已经晚上九点多了，钟南山心系医院里自己尚未完成的工作，坐上驶往医院的车子，打算继续做他该做的事，继续完成他该完成的任务。车窗外，庆功的灯火、掌声、鲜花、笑脸，一一飞驰而过，转瞬隐没。钟南山仿佛又看到了少年时的自己，骑在母亲奖励给自己的自行车上，穿行在清风旭日之间；想起青年时的自己，奔跑在400米栏的赛道上，冲刺到终点；想起火热的锅炉前，自己拼尽全力，支撑起沉重的身躯；想起在英国的第一讲，面对台下质疑的目光，自己迸发出更蓬勃的激情，用智慧与意志，赢得了一片掌声……俱往矣！当下与未来，尚有长路可行，荣誉与悲欣，不会成为自己的负担，而应当成为自己继续前行的动力。
当选院士的钟南山，依旧坚守在医疗第一线。“不管是院士还是院长，我首先是医生。”钟南山如是说。他坚持每周查房、出诊。他说，只有坚持到医疗第一线，才能体会到医生的喜怒哀乐，才能了解病人有什么问题需要解决，以便做出正确的决策。钟南山认为，科研的灵感来源于实践，也只有到了第一线，才能找到临床上最需要解决的问题。
他的专家门诊，工作量抵得上别人的三倍。从全国各地慕名而来求医的患者挤满了广州呼吸疾病研究所一楼的门诊室，挤满了门诊室外的候诊区、走廊、外头的过道……钟南山常常从下午一点半开始准备，两点准时开始坐诊，一直工作到晚上十点。其间不断地接诊病人，钟南山根本没时间休息。
送走最后一名病人时，钟南山面前出现的是妻子李少芬提着保温瓶的身影。妻子默默地等着，手里提着他的晚饭，等他能歇下来，吃点东西。钟南山几乎感觉不到饿了，精神高度集中的高强度的接诊工作，让全神贯注的他根本感受不到饥饿。李少芬送饭来，看着他吃完才放心离开。她得看着他吃，不然钟南山一有其他事情打扰，就又去忙别的了，会忘掉吃晚饭。
荣誉接踵而来，一九九九年，钟南山获得了一个特殊的荣誉——他被母校北京医学院评选为六位杰出校友之一。此时，北京医学院已更名为北京医科大学，在学校的“钟南山事迹介绍”中，对钟南山的评价如下：“他是近十几年来，推动我国呼吸疾病科研和临床事业走向世界的杰出领头人之一。他和他的同行，在这个专业的突出贡献，奠定了我国呼吸疾病，特别是哮喘及呼吸肌的医研水平在亚太地区的领先地位。”这是母校对他的认可，钟南山感到无比欣慰。
而此时，钟南山更期待得到他最敬重的那个人的认可，可他永远等不到了，他所敬重的父亲钟世藩在一九八七年去世了。直至生命的最后时期，父亲在身体有病、行动不便的情况下，还将病毒实验搬到家中进行，永不放弃对事业的追求。
“三十五岁了……”他一直记得父亲当年那声低沉的叹息。而今，看到现在的他，父亲会表扬他吗？他只记得父亲唯一一次表扬他，是在他英国求学获得成果时。父亲不在了，但父亲当年这声“三十五岁了……”的叹息，永远鲜活，将一直烙印在他心底，鞭策他永远向前，永不懈怠！
