我是院长、副院长学习小组组长，曾亲眼看见他（郭沫若）拍着桌子训斥吴有训和陶孟和。吴有火性，不服，跳起脚来同他吵；陶则安安稳稳地承受这种凌辱，其状甚惨。于立群当时并不是科学院人员，但也搬了一把椅子坐在郭老背后帮腔，说三道四……
原中科院党组书记张稼夫回忆：“在科学院工作时期，我们相处得十分融洽，科学院的重大事项，郭老（郭沫若）、李老（李四光）、竺老（竺可桢）、范老（范文澜）和我都事先交换意见，统一思想，然后再交院务会议通过。”按说陶孟和也是副院长，却不在“事先交换意见”之列。
史语所留下来的有语言学家丁声树、马学良、周祖谟，考古学家梁思永、夏鼐、郭宝钧、胡厚宣，历史学家杨志玖、逯钦立等。
针对“旧中国的考古发掘”，郭沫若写了一篇名为《蜥蜴的残梦》
的批判文章。赵俪生在《篱槿堂自叙》中写道：
另一场冲突是为了我请他写的一篇文章，题目是《蜥蜴的残梦》，文中不点名的骂了董作宾和郭宝钧，说这样的人只好到台湾去“殉葬”。这一下，我们犯难了，董是去了台湾，骂他“殉葬”关系不大，可郭还在考古所任研究员，这样骂合适吗？我就问能否改一下？郭沫若很不客气的说，“你们嫌不好，给我拿回来，别的报刊会要的！”没有别的办法，“原样照登”就是了。
考古所副所长夏鼐在1952年8月2日的日记中，记下思想改造运动中群众对他提的意见：
（1）政治思想不够明确，在本所内缺乏思想领导、政治领导，也缺乏主人态度，工作被动，与世无争，只做事务性工作；（2）本所在午门展览，夏所长直接领导布置，费了几万斤小米，但为什么要展览，为谁展览，都不够明确，能不能达到为人民服务的目的，应该详细检讨，从这上面即可以看到政治水平及服务的方向；（3）技术观点很重，对考古学的人没有团结，对后进的人也不重视培植训练（最近的考古训练班，听说夏所长又要请假回家）；（4）做着所长，常觉得自己是研究员兼所长，无论在院领导的面前，郑、梁二所长的面前，以及群众面前，都是束手束脚，不知思想有什么顾虑，应该好好检讨。
这些意见，应该说是“温水洗澡”。但他最大的烦恼是无休无止的政治运动，使其难以返回田野进行考古发掘。他在1952年12月31日的“总结”中说，本年“我只写了四篇小文章”。他没想到的，这只是一个信号……
相对夏鼐，早已弃中研院史语所而投奔齐鲁大学，最后落籍复旦大学的胡厚宣，处境却更为艰难。该校历史系教授谭其骧在日记中记载：
1952年1月26日，复旦大学“精简节约及思想改造学习委员会”（简称“学委会”）成立，历史系小组由主任周予同教授任组长，胡厚宣教授任副组长。3月6日，胡厚宣交代：
