一直追随朱元璋的文人士大夫在新的王朝中，也没有好下场。功高盖世的李善长、刘基被杀；宋濂，是元明之际最有成就的学者和文人之一，在明朝建立以前朱对他优礼有加，他也为明王朝的建立竭尽心力，尤其是明朝建国时的典章制度多出于宋濂之手，他又曾为太子师傅，其孙宋慎被株连胡惟庸案中，宋濂连坐也应处死刑，经马皇后再三求情，才被减刑流放到茂州，死于流放中；陶凯官至礼部尚书、国子祭酒，以老致仕，自称“耐久道人”。这使朱很生气，又梦“龙绕凯门”，疑之，被处死。其他，如被朱元璋表彰为“忠臣”的茹太素，因为为人刚直不阿，不为皇帝所喜。后太素被谪为御史，为人排挤，又陷于罪，与同官12人戴着脚镣治事，最终被处死。
过隐居生活的隐士历来是被主流社会尊重的。几乎没有君王不允许隐士的存在，因为这也是多余士人的一种出路，是盛世的点缀。可是到了明初，文人士大夫不为君所用皆视为罪行，这在过去是没有的。因为当时做官没有丝毫的安全感，儒士夏伯启叔侄二人都把左手大指剁去，目的是不出仕做官。官府把他们捉拿到京，由朱元璋亲自审问。朱说，你去指就是不想为我所用。于是，斩首、抄家！后来的苏州才人姚润、王谟被征诏不至，也遭同样命运。
自从秦代焚书坑儒之后，每代的文人士大夫都有因为思想文字而遭受迫害的，但以明代的洪武、清代的雍正、乾隆三朝最为严酷。如果就此三朝而言，清代的“文字狱”中有些个案从清政府的立场来说不完全是冤案，而洪武时的案子个个是冤案，因为这些“文字狱”绝大部分是地方官吏在年节或某个喜庆的日子向皇帝敬上祝贺的表章里的文字触犯忌讳所导致的。这些地方官吏的初衷都是要歌颂皇帝的，其所用的文字也都是要歌颂的，但是他们不懂得皇帝的忌讳，才自蹈死地。
如杭州府学徐一夔的表文中有“光天之下”、“天生圣人”等语，朱元璋牵强附会，说文中的“光”指光头，“生”是“僧”的谐音，徐是在借进呈表文骂他当过和尚。德安府训导吴宪的表文中有“望拜青门”之语，朱认为，“青门”是指和尚庙。这些犯了忌讳的，都被“诛其身而没其家”在朱元璋的淫威之下丧了命，实在冤枉。
因诗被诛杀的不胜枚举。如印度高僧释来复告辞回国，行前写了一首谢恩诗，诗中有两句：“殊域及自惭，无德颂陶唐。”意思很明显，他生在异国（殊域），自惭不生在中国，觉得自己还没有资格歌颂大皇帝。但朱元璋的解释不同，他说：“殊，明明指我‘歹朱’。无德，明明指我没有品德。”于是释来复从座上客变为阶下囚，处斩。张尚礼写诗“庭院沉沉昼漏清，闭门春草共愁生。梦中正得君王宠，却被黄鹂叫一声”，被“下蚕室死”。陈养浩有诗“城南有嫠妇，夜夜哭征夫”，被“投之于水”。
这种荒谬而残酷的“文字狱”，其原因固然与朱元璋文化程度低、个性多疑有关，但是更重要的还是他要藉此树威，使其臣下感到“天威莫测”，使他们有所畏惧。
他确实也做到了这一点，有个可笑而又令人心酸的故事说：新淦有个诗人邓伯言，因诗写得好，宋濂向朱元璋推荐。廷试“钟山晓寒诗”，太祖爱其中二句曰“鳌足立四极，钟山蟠一龙”，不觉御手拍案称诵。邓伯言俯伏龙案下，以为是冒犯了天威，竟吓得昏死过去。被人扶出东华门，才苏醒过来。次日，遂授翰林学士。
朱元璋如此蔑视人、贱视生命，在这种情况下，许多文人士大夫失去了自尊，形成的自虐情结以自污求生存。
明初著名诗人袁凯曾以《白燕诗》闻名于时，入明，以荐授御史。当时明太祖朱元璋审完一些案子，常把这些案子的档案及量刑结论给太子看，太子往往予以减刑。朱元璋问袁凯，“朕与太子孰是”？袁凯谁也不好得罪，只好说“陛下之法正，东宫之心慈”。朱认为他老奸巨猾，首鼠两端，一度下狱。释放后，感到做朝臣的艰难，又没有理由回归乡里。于是装疯，仆地不起。太祖派人用木钻钻他，他也忍住不动，被视为真疯。这样才被放归家乡。后来朱元璋又曾派使者到他家侦查，他当着使者的面唱《月儿高》的小曲，吃狗屎，这样才幸逃一死。
文人士大夫要生存非得彻底去掉面子、泯灭自尊不可，连求生都如此艰难，更不要想追求历代儒者所倡导的文人士大夫应该具备的风骨了。文人士大夫只有彻底变成软体动物才能在这样的社会里生存，这不仅使文人士大夫优良传统中断，也导致了全民道德水准的下降，因为知识阶层的道德水准不单纯是他们自己的事，它关系着整个社会。
朱元璋还首倡以八股文取士，使明代无数知识分子摇头摆尾，死攻八股，至死不悟，“范进中举”就是最鲜明的写照。
这种以八股取士的制度，可以说吸收了秦始皇焚书坑儒、汉武帝独尊儒术、唐太宗开科取士思想的精华，达到了登峰造极的地步。此类观点，古来有识之士多有论及，顾炎武说：“八股之害，等于焚书，而败坏人心，有甚于咸阳之郊所坑者但四百六十余人也。”
可以说，阉割中国知识分子之思想最为锋利的利刃莫过于明清时期的八股取士制度。八股文的题目限制在《四书》、《五经》的范围内，要求士子代圣人立言，用古代圣贤的思想和口吻，不得越雷池一步，在形式上必须按照一定格式和字数填写，毫无自由发挥的余地。明清八股取士制度延续数百年，而今人却很少看到他们的八股文，是因为八股文的唯一用途就是考科举，此外无论公私文书、文史论著、抒情、叙事、说理等，都不可能采用八股体裁。明清一整套苛酷、繁琐而又等级森严、集中体现出专制政治全部精神的科举制度，最主要的功能就在于奴化、禁锢知识分子，使社会的这部分最活跃的精英力量萎缩、沉沦，他们被囚禁在程朱注疏、八股章句的枷锁中，颤栗在文字狱和科场案的屠刀下，挣扎攀爬在从童生、秀才到举人、进士的层层阶梯上，根本就丧失了唐宋以前知识分子阶层的魄力和自主精神。
二、建文帝：实施仁政，四年垮台
洪武三十一年（公元1398年），71岁的朱元璋驾崩。21岁的朱允炆（朱元璋的孙子）正式登基，次年改元建文，只有4年历史的建文朝就这样开始了。
后世史学家们几乎众口一词，对建文帝的仁柔表示惋惜与不满。然而，建文一朝却实实在在地实行过他的仁政。朱允炆在经济上致力于减轻民众负担，几次下令半减田租，均减赋税特重的江浙之地，并且将天下卫所军中单丁者遣返回家。
建文帝本人也虚怀若谷，喜欢接纳百官进谏。他甚至过分谦逊地表示：“天下愚夫愚妇，皆能胜我，我哪敢不受谏！”
有一次，朱允炆因病视朝迟到，立即就有言劝谏他学习洪武先祖闻鸡即起、勤于政治的先风。新皇帝就将此事以诏书形式公布天下，把自身缺点来个大曝光。无疑，那是需要勇气的。
某些建文朝的遗臣遗民们甚至把朱允炆时代与“三代”相提并论，说那时的民风纯朴，路不拾遗，财政宽裕，人民安居乐业。
可惜，建文朝这般富足被藩王与中央王朝间的争斗掩盖了，尤其是建文帝四叔燕王朱棣与他的矛盾。
1.削藩惹祸：关键时候“总是心太软”
燕王的实力雄踞藩王之冠。洪武末年，秦王、晋王相继离世，北方军务落在燕王一人肩上，更突出了他的地位。加上太子早亡，朱棣成了朱元璋诸儿子中年龄最大、资历最老、实力最强者。更重要的是他对皇位久有觊觎之心。
建文帝朱允炆朱元璋在世时，燕王与皇储是没有直接冲突的。否则朱元璋必会干涉，这也正是燕王过人之处，他兢兢业业，恪守父训，不敢越雷池半步，与他那些多有不法的兄弟们截然不同，老皇帝对他是信任的。
朱元璋共有26个儿子，长子即皇太子（朱允炆的父亲），早死，幼子也早死。其他24个儿子，全都分封到各重要地区。这些亲王每人都拥有15000人左右的警备部队，称为“护卫”。在北方边疆地带，共封有9个亲王。地方军事调动，都要先报请亲王核准，所以亲王又类似军区司令官。朱元璋的目的，是用边疆诸亲王抵抗退出塞外的蒙古人，用内地诸亲王镇压人民对暴政的反抗。
这种现象仿佛汉朝“七国之乱”和晋朝“八王之乱”发生前的形势，但没有那么严重，不过这已使少年皇帝朱允炆不安。朱允炆最亲信的大臣黄子澄、齐泰、方孝孺，一致主张迅速削藩。
朱允炆登极的当年（公元1398年），刚把祖父朱元璋埋葬，就派遣军队奇袭开封，把分封在开封的周王朱炆逮捕，废为平民，贬谪到云南。这种像对付叛逆一样的兵发奇袭和废贬的严厉处分，使所有亲王大为震恐。第二年（公元1399年），“有人”告发分封在武冈（湖南武冈）的岷王朱楩有犯法的行为，朱允炆下令废朱楩为平民。不久，又“有人”告发分封在荆州（湖北江陵）的湘王朱柏也有不法的行为，朱柏得到消息，全家自焚而死。接着又“有人”告发分封在青州（山东益都）的齐王朱榑，朱允炆下令废朱榑为平民。又“有人”告发分封在大同（山西大同）的代王朱桂，朱允炆下令把朱桂囚禁高墙。
亲王们在地方上种种暴行，都是事实。但朱允炆这种一连串暴风雨般的措施，暴露了他的目的并不是惩治不法，而且也超过了削藩的范围，分明是要消灭他的叔父一代。
朱允炆将削藩之事全权委托齐泰、黄子澄后，自己却与翰林侍讲方孝孺一道讨论“建文新政”，似乎他已不再把藩王之事放在心上了。
当几个藩王相继被废后，燕王更为恐慌了。果然不出燕王所料，朝廷很快就派人员前来视察。燕王佯装精神失常，披发走呼街道，言语颠倒，夺人酒食，有时甚至躺卧沟畔，鼻涕满脸。来人入府探视，燕王则盛夏置炉，身披皮衣，抱臂颤抖，连喊天冷。
燕王府中却是热火朝天，道衍率卫士日夜在王府后苑操练，并在府中深挖地穴，建造重屋，围以高墙厚壁，派工匠夜以继日地赶造军器。为防止泄露，还特意蓄养大群鹅鸭，以叫噪之声掩盖兵工生产的响声。
建文帝似乎被燕王的病感动了，对燕王始终下不了决心，他的理由是：“我即位不久，已接连削夺藩王，如今若再削燕王，该如何向天下臣民解释呢？而且燕王足智多谋，长于用兵。如今虽称有病，恐怕仍难以对付。”
皇帝的妇人之仁导致他对燕王只采取了一些软性的对付措施。工部侍郎张昺出任北平市政使。谢贵、张信掌北平都指挥使司事，秘密侦察燕王动静。接着，都督宋忠调边军屯驻北平，永清左卫调驻彰德，永清右卫调驻德州，形成对北平的包围。在临清和山海关两地，朝廷军队还进行了军事演习。
他还答应放回了朱棣留在南京的三位公子。当朱棣看到阔别已久的儿子时，大喜过望，激动之余，大呼“天助我也”。他最后的顾虑消失了。
燕王磨刀霍霍的传言终于得到了证实。兵部尚书齐泰乘燕府护卫百户邓庸赴京办事之机，将其逮捕审讯，严刑之下，邓庸供出了燕府举兵的内幕。
建文帝这下坐不住了，叔侄亲情顿时被抛到九霄云外。他连夜密令北平都指挥使张信，逮捕朱棣。关键时刻，张信却背叛了朝廷。
张信与燕王私交殊深，乃亲进王府求见，没想到去了三次也没能进去。情急生计，便改装易服乘妇人车混了进去。燕王见了张信，开始还装病，卧在床上。张信不客气地说：“殿下不必如此，有事尽可告臣。圣旨已下，命使拿你，还是早作准备吧。”燕王这才一跃而起，连连向张信作揖：“恩张恩张，生我护我，全在足下。”两个人这才推心置腹密谈起来，决定杀掉来使，兴兵起事。
在不知张信叛变的情况下，张昺、谢贵被骗入燕王府，身首两处。南京布在北平的两个“大腕”被清除了。经过一夜激战，朱棣完全控制了北平局势。
2.靖难之役：叔侄相争，亡命鬼门
建文元年（公元1399年）七月初七日，燕王朱棣公开叛变，率军南下，宣称皇帝被奸臣蒙蔽，已不能依自己的自由意志行使职权，对这批奸臣，必须肃清。这是有名的“靖难之役”，即安靖内部灾难的军事行动。
朱棣聚集将土誓师，公开打出了“奉天靖难、清除君侧”的旗号，历时三年的“靖难之役”就这样爆发了。此时，离明太祖朱元璋离开人世才15个月。靖难口头上的对象是建文帝身边以齐泰、黄子澄为代表主张削藩的大臣，即所谓“君侧”。但双方心里都雪亮，无非是夺位与保位之争。
建文帝闻报燕王造反，誓师抗命，兴兵南下，赶忙调集重兵阻挡。没想到败报频传，北军连破通州、蓟州、遵化、怀来、居庸关等地。建文帝这才不得不调动精锐之师平叛，南北大战也就正式拉开战局。这一战足足打了三年。建文帝先是起用宿将耿炳文等人，后又起用曹国公李景隆，以及梅殷、徐辉祖、陈植等人，接二连三的走马换将，可就是不能挡住燕王南取京城。
建文帝见众叛亲离，大势已去，吓得哭起来，哭过之后，就要自杀殉国。当时身边只有太监王钺、监察御史叶希贤等十数人，七手八脚连忙拦住。王钺奏道：“陛下千万不可轻生。昔高皇辞世前曾留有一个大铁匣子，并嘱咐说子孙若有大难，方可开视。现在国家危急何不打开看看。想来高祖自有退敌之法。”
建文帝大喜，连命取来看。王钺等人将铁匣子从奉先殿取出，一看锁已锈死开不开，只好用铁锤将其砸掉。揭开铁盖一看，上有度碟三张，一名应文，一名应能，一名应贤；下有袈裟僧帽僧鞋；还有白银十锭，短刀一把；最下面压着朱书一纸，上写“应文从鬼门出，余人从御沟行，薄暮可集于神乐观”。
建文帝看后喜出望外。原来高祖安排的并非退敌之策，乃是教皇孙如何逃亡保命，“应文”指建文帝，“应能”指杨应能，“应贤”则指叶希贤了。建文帝看着杨叶二人说：“天数如此，尚复何言？”
于是命人取短刀削发，三人一齐披起袈裟戴帽蹬鞋，一面命人放火烧宫殿，一面向鬼门而逃。一时间，大火冲天而起，好一座金碧辉煌的大内宫殿已呈毁灭之态。
皇后马氏投火自尽，嫔妃乱跑大都毙命，风起时广散哭声，殿塌处尽埋珠宝。建文帝跑得飞快，跟随者仅有9人。
鬼门也称太平门，系内城角的一园小门，外通水道，只能通过一人。至此也顾不得皇帝的派头了，建文帝低头弯腰而入，如钻狗洞。待走尽暗道突见光明，果有一叶小舟停在水中。舟上一道装老人呼帝登舟，并叩首连称万岁。
史书上说，老道士即神乐观主持王升，夜梦高皇，要他泛舟前来救主。无稽之谈虽不可信，但建文帝战败出家当了和尚却是有可能的。
建文帝能文善诗，遗诗中有“南来瘴岭千层迥，北望天门万里遥”、“款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍”之句，想来他是从鬼门逃出后流落到了云南等地，以出家人与世无争的面目逃过了燕王朱棣的追捕，得以苟全性命，了却残生的。
