在长江以南，李秀成由浙江进人江西中部之后，迂回辗转，沿赣江北上，攻下吉安、瑞州。湘军九江守将吴坤修急忙派人向曾国藩告急，请求火速派兵救援。这时候曾国藩手中的机动部队只有鲍超一军。在这种情况下，曾国藩让鲍超军驻扎在九江与安庆之间的地方，伺机而动。关键时刻，李秀成优柔寡断的老毛病又犯了。曾国藩看透了李秀成的心思，料定他肯定会投鼠忌器，不敢进攻九江。素来小心谨慎的曾国藩一反常态，大胆地将鲍超军调至安庆城下增援。安庆的战局发生了根本性变化。陈玉成见鲍超援军将至，料定自己独力难解重围，只好留下刘仓琳等精锐一万二千人分守安庆城外的集贤关、菱湖等营垒，自己带五千人去接应来援被阻的洪仁讦、林绍璋、黄文金、杨辅清等部。陈玉成的离去，更给湘军可乘之机。曾国藩下令各部全力围歼刘仓琳！同时分割陈玉成等人的救援。陈玉成在与洪仁讦等会师后，无法突破湘军多隆阿的挂车河防线。这样！刘仓琳部太平军主力一万二千人全部被歼。这一结果，使得安庆攻防战基本定局。陈玉成率各路援军因为无法突破挂车河，只好绕道湖北境内驰援安庆。太平军大队人马从西部长途跋涉，好不容易到达安庆城下时！早已人困马乏！成了强弩之末。虽然陈玉成带领太平军全力发动进攻，想解安庆之围，但湘军兵强马壮，又早有准备，陈玉成几次进攻均告失利，手下大将程学启部还投降了湘军。这是一次全面交锋的战斗！湘军在太平军的内外夹击下！两边行动！一部分全力攻取安庆！另一部分全力抵御陈玉成在外围的救援。
那段时间，整个战局陷入了胶着状态。旌旗蔽日，尸横遍野。在战争面前，时间仿佛停滞，生命就像泡沫一样脆弱而短暂。在东流大营，前方的消息像走马灯似的传来，曾国藩心急如焚，食不下咽，整夜都无法合眼。曾国藩的皮肤病也因为内心的火急火燎，瘙痒得更厉害了。可以说，曾国藩每时每刻都面临精神崩溃的危险。这一场徒死的对抗完全是力拼消耗，在安庆，守城的太平军渐至弹尽粮绝；在城外，攻城的湘军也开始面临饥饿，他们供给的粮路同样被外围的太平军切断。时间一如既往地漫长阴晦，食物储备变得越来越少了，到军士手中的食物如同垃圾，能调动大家情绪的酒也没有了。白天在阵地周围遮天蔽日的，是如阴霾一样的乌鸦，它们喑哑地鸣叫，如同鬼魂一样在阵地上游荡。更让人觉得讨厌的，是战壕里出现了成群成群的老鼠，像集体发了疯似的，向所剩无几的食物发动攻击；夜晚之时，它们甚至把在沟壕里睡得像死猪一样的湘军军士的耳朵或者鼻子咬掉。湘军军士们不仅仅要跟太平军打仗，还要跟这些“强盗”作战，把它们赶到角落里，目的不仅仅是消灭它们，而且为了将其当作美食享用……阵地上所有能吃的东西都吃掉了，然后，吃捆绑帐篷的牛皮带，吃一切有绿色的植物……
1861年8月底，湘军由城外马山直抵北城门城墙根的地道终于挖通了，湘军用炸药将城墙下的地道塞得满满的。1861年9月5日，曾国荃下令点火，随着炸药“轰”的一声巨响，安庆北城墙被炸出一个豁口，太平军叛将程学启部率先呐喊着攻了进去。安庆的太平天国守军自叶芸来以下一万六千多人已饿得奄奄一息，失去了抵抗力，眼睁睁地看着湘军的大刀向自己头上砍来。此刻的陈玉成站在不曾国藩宴请湘军各路将领远处的山头上，亲眼目睹了安庆城的失陷，长啸哀号，泪如雨下。然后，命令部队掉转方向，撤回庐州。在东流的曾国藩第一时间接到了战报，欣喜若狂。安庆战役是一个转折点，在抢占了这个战略高地之后，曾国藩清晰地知道，胜利已唾手可得了。
1861年9月25日，曾国藩渡江后进入了安庆。昔日的太平天国英王府被修缮了一番，恭候他的到来。进人这座文化古城，曾国藩感慨万千，这座昔日人气十足的市民城市，在经历了这场浩劫之后，一如阴曹地府似的阴森，大街小巷的每一个人都戾形鹤立。在湘军攻下这座城市之时，这里已经开始吃人肉了，人肉价五十文一两，割新死者肉也要四十文一两。城破之时，太平军的锅里，皆煮人手足，有的碗中还有人的手指。听着这样的消息，曾国藩脸色都变了。
战争就是这样残酷无比。曾国藩的所见所闻，只是很小的一部分。在他视线没有到达的广袤地区，平民百姓更是无比悲惨：千百万人流离失所；一些随身携带财宝的富人同他们为数不多的仆人在大路上被趁火打劫后勒死；一些断垣残壁在冒烟，瓦砾下压着无法确认的一家老小；一些被抓走的弱女子，或受蹂躏，或因为寒冷或遭遗弃而死去，有的无奈之下生下施暴者的孽种；不舍田地和家畜而被杀害的百姓的骸骨在大雨之中泛白，与死去的牲畜的骸骨混杂在一起……对这一切司空见惯之后，人们又开始修葺和重建，麻木又变得热情。人生和世界，就是这样周而复始，生生不息。
很多年后，当曾国藩回忆起自己的戎马生涯，奇怪的是，曾国藩绝少有自豪感，相反，对于战争所引起的杀戮，以及战争本身的虚妄，倒是经常性地陷人一种忧郁之中。这种忧郁不止在战争结束后，在战事进行当中，曾国藩就一直是忧郁的，甚至可以说是厌战的。他一而再再而三地表达自己的观点，并想借此影响湘军将领们。曾国藩在日记中写道：战争就是杀戮，用兵也是很冷酷的事情。在战争中失去亲人，岂能不哀痛悲愤？身处祭奠仪式，经常送别死去的将士，岂能不肃穆庄敬？失败了，当然更悲惨；即使是胜利，看到剩下的到处都是死伤的人，遍地都是断头洞胸、折臂失足、血肉狼藉的场面，连悲痛都来不及了。在军营中，曾国藩甚至不允许将士们为某一场战争的胜利欢歌笑语，在他看来，战争是那样残暴，对于胜利的庆贺，就是对于大批死难者的不恭敬，是对生命的不恭敬。
进驻安庆不久，曾国藩接到朝廷有关方面的通知，早在上一个月，咸丰皇帝即在热河避暑山庄驾崩。这个风流而有才情的皇帝像油灯芯一样耗尽了他最后的元气，终年还不到四十岁。让这个乱世皇帝死不瞑目的，还是南方的太平天国政权，据说，咸丰曾在遗嘱中写道：谁能攻克金陵！就封他为王！由于儿子载淳只有六岁，咸丰临终前，命怡亲王载垣、郑亲王端华、协办大学士户部尚书肃顺等八人为赞襄政务王大臣，执掌政权。皇帝驾崩的消息迟迟没有发布，本身就意味有重大的事件将要发生。果然，秋天里！一场大事件突如其来地爆发了：载淳的母亲、二十六岁的叶赫那拉氏与咸丰的弟弟恭亲王奕口发动政变，宣布两宫皇太后垂帘听政，以奕口为议政王。政治永远是一种交易，为了更好地笼络各级大臣，尤其是握有重兵的大臣，慈禧太后适时地给予一些权臣重赏，以换取他们对自己的支持一11月20日，朝廷命曾国藩管辖苏、赣、皖、浙四省军事，自巡抚、提、镇以下文武各官皆归节制。同日，又命左宗棠督办浙江军务，提、镇以下各员统归其调遣。不久，朝廷根据曾国藩的密保，任命左宗棠为浙江巡抚、沈葆桢为江西巡抚；李续宜由湖北巡抚调任安徽巡抚，严树森由河南巡抚调为湖北巡抚。在此前后！还任命骆秉章为四川总督！刘长佑为广西巡抚！毛鸿宾为湖南巡抚！李鸿章署理江苏巡抚，刘蓉、李桓、蒋益澧为布政使。这样，以曾国藩为首的湘军、淮军可以说几乎掌控了清朝的半壁江山。
从1861年9月开始，一直到1864年10月1日，曾国藩乘船顺江而下去金陵，他一共在安庆城内住了三整年。读这段时间的曾国藩日记，看到最多的，就是曾国藩在读书和学问上的一些见解。对于前线战事，自战争的中期之后，曾国藩已对自己的指挥方式有了调整，一般来说！对于战事，他从不过问太细！而是放手让前方将领去处理。曾国藩只是从大势上去把握战争的走向，他的工作重点！主要放在粮饷供给！湘军与朝廷、地方的关系处理以及选拔人才上。曾国藩清楚地知道哪些是他该做的事情，哪些是他不该做的事情。此时的曾国藩，已颇有点运筹帷幄、决胜千里之外的架势了。对于战争的大势与局面，曾国藩已了然于胸，在他看来，胜利只是时间的问题了。在这种情况下，处理事务的同时，曾国藩重拾自己的学问，又开始大量读书了。看得出，因为局势的逐渐明朗，曾国藩慢慢落得逍遥，久别书斋的曾国藩很想在战争的间歇中找一点读书人的感觉。也可能，这样的变化是曾国藩居于安庆所致，安庆一直是一个历史古城，文风昌盛，人才辈出。曾国藩步入文坛之初，就是受桐城派的影响，曾国藩一直自认是桐城派弟子。对于桐城派，可以算是道德保守主义的曾国藩有天生的亲近感，曾国藩习惯于在文章当中寻求一种哲学和学术的自我表达，而桐城派的主张，无疑正中曾国藩下怀。曾国藩最为推崇的，是明代大儒归有光的文章，在曾国藩看来，归有光的文章文气充沛，既有精奥之神，又平实自然，以小见大，桐城派以他为“偶像”，方向上无疑是正确的。在“桐城三祖”中，曾国藩推崇方苞、姚鼐，不太喜欢刘大口。师从桐城派之后，曾国藩以流畅圆适的语言、成熟缜密的结构、超群脱俗的构思、骈散结合的句式，写出了很多气势旺盛、气贯长虹的雄文。在桐城派后起之秀中，曾国藩可谓独树一帜。可以说，曾国藩继承和光大了桐城派的优良传统，使桐城派延长了五六十年的文运。
现在，居于“桐城派”的老家，曾国藩很想安安静静地待上一阵子，采一采这里的“文气”。文章是“经国之大事”，是曾国藩终生不想放弃的，是他毕生的追求。
尽管外面硝烟弥漫，但对于曾国藩来说，在这样的一个地方，能享受着片刻轻松’他已经觉得很满足了。
在安庆的那段时间里，曾国藩所做的两件事，曾引起了广泛的争论，一是曾国藩在进驻安庆不久，迎娶了一个小妾。这是曾国藩生平第一次娶妾，也是唯一的一次娶妾。曾国藩这一次娶妾的理由让一般人难以置信一因为曾国藩一直患有癣疾，奇痒难耐，尤其是到了晚上，更如酷刑一样折磨着他。夜深人静之时，曾国藩必须有一人替他搔痒，否则总无法人睡。这个时候，由于欧阳夫人不在曾国藩的身边，曾国藩在征求了欧阳夫人和家人的意见后，由自己的亲兵营统领韩正国办理，娶了二十二岁的陈氏为妾。值得一提的是，曾国藩还与陈氏立了一份“协议”，在“协议”中，曾国藩明确表示：陈氏只是为了照料自己的生活，帮自己夜晚挠痒，并不打算与她有什么“亲密接触”之类；并且，自己死后，陈氏可以改嫁。曾国藩这一颇让人费解的“纳妾”事件在当时引起了不小的波动，原因在于曾国藩娶妾的时间正是咸丰帝的服丧期，在此期间，此项失礼的举动自然会遭到很大反响，有人还专门向朝廷上了奏折，告发了这一件事。好在朝廷因为曾国藩身居要职，要利用他带兵打仗，所以对此事并没有深究。当然，还有一种说法，有人评价曾国藩是一个假君子，他只是利用癣疾的理由来寻欢作乐；更有说法是陈氏系一个漂亮异常的女子，并且曾经是洪秀全的妃子。一时间，关注的目光投向了在安庆的曾国藩，弄得曾国藩很是苦恼。不久，传闻风平浪静了，原因是陈氏在一年之后突然去世一年轻的陈氏一直是一个肺病患者，嫁给曾国藩时，她一直隐瞒自己的病情。尽管那一段时间陈氏对曾国藩尽心尽责，曾国藩的身体也得到了明显的改观。但不久，病魔夺去了她年轻的生命。冬天来临的时候，曾国藩又重新开始孤独的生活。
另外一件事，就是在安庆期间，曾国藩突然对于洋务感兴趣了，他花很大精力所做的一件事，就是全力启动洋务事宜。虽然曾国藩一再谈到，就军事本身而言，刀剑长矛永远是根本，最终解决战斗，还是要靠人才；但对于西方先进的军事技术，曾国藩已经不排斥了。安庆兴办了军械所，先是制造枪支弹药，到了后来，竟然可以生产大炮和船只了。那段时间，曾国藩随时关注洋务的进展情况，一会去巡视枪支的制造情况，一会又去看看小火轮的制造进展。安庆军械所的工作，一开始并不顺利，1862年5月16日，曾国藩“看华蘅芳所作炸弹，放十余炮，皆无所见”；次年2月25日，“至东城外看丁道杰所演炸炮，大小五炮，其弹在半空炸裂！不待落地而已开花矣”，但这些，都没有影响曾国藩办洋务的决心。曾国藩忽然对于洋务的浓厚兴趣，引起了社会舆论大哗！很多人向朝廷上折子！说曾国藩此举不务正业，有悖道统，甚至有人说曾国藩图谋不轨，想投靠洋人。好在那段时间曾国藩的心情一直不错，也懒得去理会各种各样的议论。当然，朝廷对于曾国藩此举还是信任和宽容的，一直没有正面表态。这样的态度，让曾国藩感到很满意。
大本营移至安庆后，湘军逐渐变得兵强马壮了。这当中一个很重要的原因是！湘军变得有钱了。除了各地厘金基本到位之外！那些湘军将领们也变得越来越会搞钱了！他们经常让一些大户和商人捐款！所到之处！也如太平军一样！用各种手段掳获大量的钱粮物资。对于这些！曾国藩也变得睁一只眼闭一只眼。有些事情，作为主帅，曾国藩无法管得太细！也懒得管得太细。不仅如此，曾国藩还奏请朝廷准许他直接派李瀚章、郭嵩焘、丁日昌等赴广东抽厘助饷！专供江、浙、院各支部队。曾国藩看到洋人的武器很先进！打仗很管用！便有意变通一些政策！让李瀚章、郭嵩焘等在筹得厘金后，直接向洋人购买，然后把这些军火直接发给各路湘军；同时，也让各支部队自己筹钱到洋人那里购买，以武装自己的力量。这些现代化枪支弹药的装配，使得湘军的战斗力得到了很大的提升，同时也让那些见利忘义的洋人们认识到湘军的重要，开始慢慢疏远太平军，把最好最新的武器卖给了湘军。这样，几年下来，各支湘军早已是今非昔比。
到一如既往地延续了他的风格：步步为营，稳扎稳打。先是不厌其烦地将金陵周围所有太平军据点一一清理完毕，然后围困最后的孤城，等到对手弹尽粮绝时，再发动最后的一击。1862年5月下旬，曾国荃的先头部队由和州渡过江来，进驻金陵城外的雨花台。这支近五万人的部队，像一枚坚硬的钉子一样最先插人了太平军的腹地。
