1948年，父亲由南京返回兰州，担任西北军政长官公署政工处副处长。
国民党西北军政长官公署，在抗战时是第八战区，是统管甘、宁、青、新四省的大战略区级指挥机关。抗战胜利后一直由张治中将军任长官。1949年春，张治中将军做为国民傥代表赴北平参加国共和谈，谈判破裂后，张治中留在北平，脱离了国民党。
张治中走后，西北军政长官一职，成了马鸿逵与马步芳争夺的目标。当时，甘肃省主席郭寄峤以副长官名义暂时兼代理军政长官职务。马鸿逵认为，要想获得西北军政长官之职，必须要到兰州活动，同时，要想办法挤走郭寄峤。
于是，1948年4月下旬，马鸿逵以养病为名住到兰州，每日宴请各方大员，请他们为自己制造舆论。他还邀请马步芳、马鸿宾来兰州，共商西北大局，俨然以“西北王”自居，但马步芳、马鸿宾并不买他的账，来电拒绝。与此同时，马鸿逵抓住郭寄峤准备发行三百万元公债一事，大肆揭露和指责，弄得郭寄峤狼狈不堪。就在马鸿逵得意洋洋，以为大功告成之际，忽然从广州方面得到消息：代总理李宗仁和行政院长阎锡山打算委任马步芳为西北军政长官。
原来，就在马鸿逵在兰州大肆活动的时候，马步芳却悄悄地走上层路线，施展“黄金外交”。青海生产黄金，马步芳依靠手中掌握的黄金，很轻易打通了李宗仁、阎锡山等的门路，李、阎等认为：马步芳是匹野马，马鸿逵是匹滑马，在此“戡乱”的紧要关头，只能用野马。当然，黄金也有很大的效用，而马步芳的实力胜于马鸿逵，这也是李、阎任用马步芳的另一个重要原因。
5月18日，国民党行政院明令发表马步芳代理西北军政长官。马步芳率领自己的一套班底从西宁赶到兰州上任，原长官公署的要员几乎全部撤换，只留下属桂系的副长官兼参谋长刘任等人。另外，马步芳故意留下甘肃省政府主席郭寄峤，以抵制马鸿逵，等时机成熟再逼他让位。与此同时，马步芳还发动各地大肆献马献旗，派代表来兰州祝贺，为自己大造声势。
1949年7月27日，国民党正府正式任命马步芳为西北军政长官公署长官。在马步芳当上长官后，原西北军政长官公署参谋长刘任也晋升为副长官，刘实际上也是国民党中央势力在西北的代表。
刘任晋升为副长官后，长官公署副参谋长彭铭鼎，成了实际上的参谋长。彭铭鼎是湖南人，西北军政副长官兼新疆警备总司令陶峙岳将军的老部下，历任长官公署参谋处处长、河西警备总司令部参谋长、长官公署副参谋长。长官公署政工处处长是上官业佑。
马步芳被正式任命为西北军政长官公署长官后，积极部署兵力，将全部精锐部队四、五万人马调到兰卅，凭借兰州南北二山上的国防工事固守。8月20日，解放军在兰州城外会合成东、西、南三面包围之势，发动了兰州战役。马步芳请求胡宗南部从汉中来援，还派出亲信马骥专程飞到银川向马鸿逵求救。这时，马鸿逵故意刁难，讨价还价，马骥知事不谐，迳自飞往重庆逃命。
马步芳知道援军不会来，兰州亦不保，便于8月24日只身飞往西宁，再携家眷逃往重庆，所部交由儿子马继援（升任西北军政副长官）指挥。25日，解放军发起总攻，26日，兰州即告解放，马步芳四、五万人马被歼灭，至此，马步芳家族拥有的武装力量全部瓦解。
