这两次战略分歧不是偶然的。湘军集团以湖南为巢穴，以两湖为立足之根本。且看准了太平天国革命者，在政治上是“窃号之賊”，决不轻弃其“根本、在军事上踞下游，又不能不争上游以护其“根本”的特点。故坚持全力围攻安庆。但建都北京的淸廷，对此却缺乏认识，或根据太平军北伐的教训，而偏重北防；或因江浙是其主要财政收人之地，而重下游，轻上游。这就是说，淸廷既不知己，又不知彼；而湘军集团则“知己知彼”，故能制定并坚持保上游，争上游，以淸下游的方针。值得注意的是，曾国藩在处理分歧时，不是简单的顶着不干，而是在认识上耐心加以疏导，并照顾清廷的尊严，在部署时加以敷衍。这样，就做到既不放弃原则，又不给淸廷留下桀骛不驯的印象。不久的事实证明了这一方针的正确。围攻安庆，太平军并未北进；攻下苏常后，太平军又未及时进攻浙江。在这种情况下，见识浅陋，惯于头痛医头、脚痛医脚的淸廷，也就欣然听从曾国藩等自行办理。后来攻金陵的战略部署，清廷也就不再遥控了。
不得罪巨室，即势家大族，是为官不败的枕中秘籍。当官的人无不知道个中奥妙。如果在一个大城市，同驻两个各不统属的机构班子，官与官就很难相处了。如果再加上一个旗人官僚，一个汉人官僚，麻烦就更多了。过去胡林翼处处忍让旗人官文，甚至不顾他二品大人的体面，当官文的小老婆过生日时，率领所有文武一同贺寿。到了曾国荃与官文相处时就不一样了。
1868年5月16日曾国藩被授予武英殿大学士，其后，由于筹办剿捻的后路军火有功，封予他云骑尉世职。在一年中数迁，曾国藩可谓荣嫌之至，这也表示清政府似乎对他很重视。可是，恰恰相反，他感觉到一个阴影一直围绕着他，这就是曾国荃弹劾官文一事。
官文是旗人，在汉官密布的长江中下游地区，深得淸政府的器重，授以湖广总督之职。胡林翼任湖北巡抚时，知其不可动，遂处处推美让功，以笼络官文，使得湘军在诸事上均比较顺利。胡林翼死后，官文与湘军关系维持着表面的和气，但实际上已变得十分疏远。此次，曾国荃接任湖北巡抚，与官文同城，骤然间双方的关系紧张起来。
因为湖北按察司唐际盛与曾国荃的挚友黄南坡仇隙很深，于是唐际盛便怂恿官文，奏请曾国荃帮办军务，以使其离开武昌，免于督抚同城。由此，曾国荃便与官文结怨，并伺机进行报复。
曾国荃先是奏参唐际盛，接着就弹劾官文。由于曾国荃营中无文员，奏折草拟后无人商量，恰逢曾纪泽在营中，但又不知参劾官文后的政治利害，因此奏折发出后，语句多不中肯，且文句冗长，首尾不相顾。曾国藩的心腹幕僚赵烈文在日记中载道：
“原折沅公亲笔，而刚（曾纪泽）所商定，并为缮写，以贪庸骄蹇，欺罔徇私，宠任家丁，胎误军政，循例纠参装头，后列各款，语多不中肯，文句亦冗沓拖长，首尾不相顾。”
曾国荃怕曾国藩知道后，阻挠其弹劾官文，因此故意背着他。外间知道曾国荃参劾官文后，不仅湖北的士绅持反对态度，就是曾国藩的门生故吏也认为此事大为不妥。曾国藩十分担忧，唯恐由此开罪了满洲贵族，于以后不利。因此，曾国藩在事先和事后均表示出忧虑之情，不太赞同此举。在1865年9月《致沅弟》的书信中，他嘱咐曾国荃说：“顺斋排行一节，亦请暂置缓图。”原因是，“此等事幸而获胜，而众人眈眈环伺，必欲寻隙一泄其忿。彼不能报复，而众人若皆思代彼报者。”总之，“弟谋为此举，则人指为恃武功，恃圣眷，恃门第，而巍巍招风之象见矣，请缓图之。”随后，曾国藩又在给曾国荃的书信中说：“顺斋一案，接余函后能否中辍？悬系之至。此等大事，人人皆疑为兄弟熟商而行，不关乎会晤与否。”再过十天，曾国藩已得知奏参官文的事已发，反复叮嘱曾国荃：“吾辈在自修处求强则可，在胜人处求强则不可。”一再告诫：“福益外家若专在胜人处求强，其能强到底与否尚未可知。即使终身强横安稳，亦君子所不屑道也。”曾国荃的性格是，一旦他认定了的事就非干不可。他陈述自己为何要参劾官文的出发点是：“臣窃维端揆寄，乃国家之重臣，非于军务、吏治、国计民生、地方安危，确有关系，虽至愚极戆，何敢暴其所短，轻列弹聿？”进而，他在奏折中具体列举了官文七条罪状。事情发生后，经反复筹思，曾国藩便“密折保官（官文），请勿深究”。可是，曾国藩此举，却引起了外间的纷言，一时间曾国藩“劾老九”之语，纷纷扬扬，使得曾国藩无言以对，只有“麻木不仁处之”，以静观时变。
军机处派出专査此案的钦差，则“字字开脱，列据各司道文武禀覆供词，以驳原参，几无一事稍有影响，连阅前后两折，真如儿戏，真是令人喷饭。”甚至有人认为曾国荃指责官文“肃党”一事不实，要求照例反坐，治曾国荃诬陷罪。
慈禧那拉氏心里清楚，此次参劾纯属湘系与满洲权贵之间的权力之争，而捻军正盛，还需要利用湘淮两军出力。因此，开去官文的湖广总督职，留大学士衔，回京后又令其掌管刑部，兼正白旗都统。实际上对官文并没有什么损害。
但令曾国藩担心的事还是发生了。此后不久，一大批湘军官员被纷纷开缺回籍，如陕甘总督杨岳斌、陕西巡抚刘蓉、广东巡抚郭嵩焘、湖北巡抚曾国荃、直隶总督刘长佑。这不由得使曾国藩警醒起来，他觉得这有可能是参劾事件所引起的后果。曾国藩在给郭嵩焘的信中提到：
“官相（官文）刚才有署直隶之信，不知印渠何故开缺？近日厚（杨岳斌）、霞（刘蓉）、筠（郭嵩焘）、沅（曾国荃）次第去位，而印（刘长佑）复继之，吾乡极盛困难久耶，思之悚惕。”
这不能不使曾国藩为自己的末路忧心，而且他日益感到朝廷对自己的冷淡和疏远。对为宦不得罪巨室更有了一层深切的体验。
“去年年终考察，吾密劾者皆未动，知圣眷已差，惧不能始终，奈何？”
9月13日，曾国藩奉到上谕：“着调补直隶总督，两江总督着马新贻调补。”曾国藩深知，由两江调往直隶，这并非是对自己重用，而身在直隶，上下瞩目，只恐难以任久。可及早辞谢，又难于为陈请开缺的措辞。真是宦海之途不自由啊。
做官都会遇到很多麻烦事，也必须要处理很多麻烦事，有的人处理一件麻烦事可以，处理两件麻烦事也还能行，但遇到三件或三件以上的麻烦事就耐不住了；有的人遇到一件小的麻烦还可以，一旦遇到大的麻烦就挺不住了；有的人处理别人的麻烦事还可以，一旦自己遇到麻烦就受不了了。
当官之所以烦人，就是因为麻烦事往往一件跟着一件，推也推不脱，躲也躲不掉，难得清静，难得自在，难得潇洒，为什么说“无官一身轻”呢？就因为没有那么多的麻烦事情。
所以做官要修养心性，第一件事就是训练自己处事不烦，不急不躁，无怨，清醒。头脑清醒才能保持安静，保持安静才能稳住部下，稳住部下才能做出决断。不然的话，心急似火，性烈如马，只会使事态的发展更加混乱。
曾国藩对耿恭简所说的“居官以耐烦为第一要义”。有更深一层的理解，他以为做官如此，带兵亦然。有一天，曾国藩接到曾国荃的一封信，信中说：“仰鼻息于傀儡膻腥之辈，又岂吾心之所乐。”曾国藩谆谆告诫弟弟说，这已经露出了不耐烦的苗头了，将来恐怕难以与人相处。能耐烦的好处就是从容平静，从容平静方能产生智慧，方可处变不惊，才能安稳如山。
1862年，曾国藩率部追击捻军。一天夜晚，兵驻周家口（今江西万载县），湘军护卫仅千余人，捻军突然来袭，湘军开始不耐烦了，惊惧不已。幕府文书钱应溥急忙向曾国藩说：“现已半夜，力战肯定不行，突围恐怕危险重重。但若我按兵不动，佯为不知，彼必生疑，或许不战自退。”曾国藩于是髙卧不起，钱应溥也镇静若常。守护曾国藩的卫兵见主帅若无其事，于是也都平静下来，恢复常态。捻军见状，果然怀疑曾国藩布有疑兵，徘徊不定，不敢冒进，最终匆匆撤去。
心得
居官以耐烦为第一要义。
削兵自倮
【原典】
沅弟左右：
接十五、十七二信，知有荻港坏船之险，又有泥汊破垒之捷。船不善避湎溜，往往失事。要之，舵工生也。泥汊既得，是一大可喜事。舫仙等遽行进兵，吾犹以无米为虑。李少山在汤家沟，此间送信去，日内风逆，恐不能速到。前报解七万之外，又有毛中丞报解一万，湖北报解二万，均因风大不能速到，忧灼之至。余今日登城周视，并至宝塔尖，弟所布置守事均妥。
孙澍人病请回籍，今日启程。陈心泉今日接印。季弟今日甚好，但求明日不发耳。淮扬水师上游无来者，亦以风逆之故。极盛之时，每虞嗟跌，弟当格外小心。顺问近好。
九月十八日申正
【点击】
“木秀于林，风必摧之”，居于高官显位或锋芒毕露的人，很容易招来别人的非议和嫉妒，因此急流勇退就成为那些吸智之士的选择，所谓急流勇退，就是指在仕途非常顺利的时候，或在复杂的官场争斗中，及早抽身，全身而退。
【综述】
曾有人说：“高明的枪手收枪比出枪还要快。”曾国藩深谙其中的道理，他在预留退路方面又显示高人一筹的智意。
淸军江南大营被再度摧毁之后，清朝绿营武装基本垮台，黄河以南再没有什么军事力量足以与太平军抗衡，因而不得不任命曾国藩为两江总督，依靠他镇压太平天国革命。那拉氏上台之后，又采取更加灵活的政策，让他督办四省军务，身负昔日五位钦差大臣的职权，其目的不过是为了调动他的积极性，事权归一，易于成功。
但是，自从进军雨花台以来，曾国藩兄弟迅速扩军，使曾国筌所统由2万余人增至5万人，曾国藩指挥的部队由几万人扩大为12万人，除于赣、皖厘金和数省协饷外，增辟粤厘和湖南东征厘金，这就使清政府不能不渐生疑惧，感到这对它是一种潜在威胁。湘军攻陷九溶洲，泫尤其苏、杭各城相继沦陷后，清政府的这种感觉与日俱增，隐隐感到自己的最大威胁已不再是行将失败的太平天国，而是手握重兵、广揽大权的曾国藩了。从这时起，清政府对曾国藩的态度就开始冷淡下来。其第一个表示，就是在曾国藩与沈葆桢争饷时，有意偏祖沈葆桢，裁抑曾国藩。最后虽然以轮船退款解决了曾国藩的乏饷问題，但从此曾、沈不和，使清政府基本达到了分而治之的目的。与此同时，各省督抚也不像前几年那样对他热情支持了，江西争厘，他省协饷停解，就是明证。
淸政府知道，虽然湘军总数有30万人，仅曾国藩直接指挥的部队就有12万人，但内部派系复杂，各树一帜，他的嫡系部队亦不过只有曾国荃的5万之众。所以，清政府就采取了两方面的措施：一方面迅速提拔和积极扶植曾国藩部下的湘军将领，使之与曾国藩地位相近，感情疏远，渐渐打破其从属关系；淸政府对曾国藩的部下将领和幕僚，如已经死去的塔齐布、罗泽南、江忠源、胡林翼、李续宾、李续宜和当时尚在的左宗棠、李鸿章、沈葆桢、杨载福、刘长佑等都实行拉拢和扶植政策，使他们渐渐与曾国藩分庭抗礼，甚至互相不和，以便于控制和利用。而对于曾国藩的胞弟曾国荃则恰恰相反。1863年5月曾国荃升任浙江巡抚之后，虽仍在雨花台办理军务，未去杭州赴任，亦本属淸政府的意旨，照例是可以单折奏事的。曾国藩遂让曾国荃自己上奏军情，以便攻陷天京后抢先报功。不料，奏折刚到立遭批驳。淸政府以其尚未赴巡抚任，不准单折奏事，以后如有军务要事，仍报告曾国藩，由曾国藩奏报。曾国藩恐曾国荃心情抑郁，言词不逊，在奏折中惹出祸来，特派颇有见识的心腹幕僚赵烈文迅速赴雨花台大营，专门负责草拟章奏咨禀事项。
曾国荃攻陷天京后，当天夜里就上奏报捷，满心以为会受几句赞扬，不料又挨当头一棒。上谕指责曾国荃破城之日晚间，不应立即返回雨花台大营，以致让千余太平军突围，语气相当严厉。事情发生后，曾国荃部下各将都埋怨赵烈文，以为是他起草的奏折中有不当言词引起的。赵烈文则认为，这与奏折言词无关，而完全是淸政府节外生枝，有意苛求，否则，杭州城破时陈炳文等10多万人突围而去，左宗棠为何不受指责？幸好有人将李秀成捆送萧营，否则曾国荃更无法下台。
但是，淸政府并不就此了结，而是步步进逼，揪住不放。数日之后，清政府又追查天京金银下落，令曾国藩迅速查淸，报明户部，以备拨用。尤其严重的是，上谕中直接点了曾国荃的名，对他提出严重警告。上谕说：“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永葆勋名。惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。”这无疑是说，曾国藩兄弟如不知禁忌，就难以“永葆勋名”，“长承恩眷”了。真是寥寥数语，暗伏杀机。
曾国藩具有丰富的政治经验和历史知识，熟悉历代掌故，当然能品出这些话的味道，掂出它的分量。何况，曾国荃确实非常骄傲，以为攻陷天京全是他一人的功劳。后来曾国藩对赵烈文说：“沅浦之攻金陵，幸而成功，皆归功于己。余常言：‘汝虽才能，亦须让一半与天。’彼恒不谓然。”因而，攻陷天京前后，就成为曾国藩思想上最紧张的时期。他心里很明白，如何处理好同淸政府的关系，已成为能否保持其权力和地位的关键，
而正确认识并摆脱自己目前的这种政治处境，则是他面临的迫切问题。
曾国荃在功名事业渐趋全盛的时候，还存有百尺竿头更进一步的心念，这与曾国藩的忧谗畏讥、常怕盈满的想法，恰成强烈的对比。所以曾国藩在写给曾国荃的信中，要曾国荃时时以此为戒，他自己更是身体力行，切实实践，他在这些地方看得破，认得清。所以他在一开始就有这种如临深渊、如履薄冰的戒惧心情了。
他在削平太平天国之乱，湘军声威达于极盛之时，毅然以“湘军作战年久，暮气已深”为理由，奏请裁湘军归乡里，明白表示无挟军权以自重的态度。至于湘军的遣散，远在攻克金陵之前，曾国藩兄弟就曾经有所商讨。而非曾国藩个人的最先主张。
裁军最早的动机，当在同治三年正月，金陵合围之后，因为胜利在望，此时已可开始思考善后问题。曾国藩在2月初2日致曾国荃信中，确已透露，曾国荃则表示速裁全裁，也与当时郁愤的心情有关，在曾国藩家书中皆可找到二人裁军的意图与构想。
金陵克复之后，曾国荃坚辞任官，申请回籍休养，所部必需裁撤是自然之理。只是曾国荃先行回籍，而裁军之事，则留与曾国藩料理。至少可见，湘军之裁撤与曾国荃的引退有密切关系。
至于遣散湘军，从曾国藩一方面的考虑，可简约地做几点分析。
其一，战后遣军，为用兵常规，原为统兵将帅所需考虑。这是根本。
其二，曾国藩既居高位，又建大功获崇爵，原已忧畏权重，岂可久掌兵权，徒增谗忌。遣散湘军，正所谓保泰持盈之计。
第三，湘军合围金陵，成功在望，反而使神忌鬼瞰，曾氏兄弟实已陷于群疑众谤之中。功成之后，更要解兵权以释嫌怨。
