削除朝中大将的兵权后，高宗等人又加紧了议和的行动，金朝也表示了议行和谈的意图。岳飞明明知道皇上主意已定，但他还是上书，陈明了议和的害处。
秦桧本来对岳飞就满怀忌恨，这一下，更促使奉桧加速了谋害岳飞的步伐。他唆使右谏议大夫万俟X和御史中丞何铸、殿中侍御史罗汝楫出面弹劾岳飞。可是，他们找来找去，也找不出一条可以陷害岳飞的理由，像岳飞这样忠心耿耿、献身于民族战场的人，确实是没有什么把柄可供他们抓的。
万俟X曾任湖北路转运判官。当时，岳飞在西湖开府，因工作关系，岳飞与他有过接触，从而觉察到这个人奸诈狡猾，不可相信。万俊X感觉到岳飞对他的冷淡，对岳飞产生了怨恨。后来秦桧看中了他，拉他入朝当了个监察御史。他一直在伺机报复岳飞，这回秦桧叫他弹劾岳飞，恰好给了他一个发泄私怨的机会。
万俟X绞尽脑汁，罗列出了岳飞的几条罪证。第一，志得意满，时时有归隐之心。第二，淮西战役，拒旨不行，不肯出师。第三，说楚州“不可守”，公开主张放弃楚州。前一条只能说明岳飞不愿身居高位，而后两条则完全是捏造的，找不到任何的证据。此外，他们甚至对岳飞建议皇储和去年大举北伐，也大加诬蔑。高宗也把握时机，亲自出面配合。
岳飞看穿了高宗的阴谋，便再三地请求解职。不久，高宗解除他的枢密副使的职务，令他任万寿观使的闲职。
岳飞被解除职务后，怅怅地离开杭州，重上庐山闲居去了。
秦桧一伙随后就着手摧残岳家军，同时进一步罗织诬陷岳飞的罪状。张俊利用职权，对岳飞的部下王贵进行威胁利诱。因为王贵曾在一次战役中怯战，岳飞要将他斩首示众，因众将恳求而获免。秦桧和张俊以为王贵一定会怨恨岳飞，但是王贵拒绝了。最后，秦绘一伙又抓住他家的隐私进行胁持，王贵为了保全家性命，终于屈从了。秦桧一伙费尽了心思，在鄂州全军将领中，也只收买到了三四个败类。
张宪的前军统制王俊，绰号叫王雕儿，他平常坑害无辜，无恶不作，就像雕捕食一样。自从编入岳家军后，他从来没有立过功，也没能获得升迁，而且还因为他作恶多端，屡屡遭到张宪制裁，因此早就怀恨在心。后来秦桧拉拢党羽时，便将他收了进来。
当王贵返回鄂州后，王俊便向王贵投呈了诬告状，说张宪得知岳飞罢官赋闲后，阴谋裹胁大军去襄阳，以威逼朝廷把军队还给岳飞。状词伪造得非常拙劣，仔细看就能看出许多破绽来。王俊曾经将状纸投送湖北路转运使，但不被接受。王贵心里明白，这是在诬陷，却违心地将状纸交给秦桧的党羽林大声，林大声又以急报发往镇江枢密行府。
张俊接到状纸时，张宪刚好抵达镇江。张俊立刻便将张宪逮捕了。张俊亲自主持审讯，把张宪打得体无完肤，几次昏死过去，张宪还是没说出什么他们想要的口供。丧心病狂的秦桧奏请高宗，要将张宪、岳云押送到大理寺，并召岳飞到大理寺一同审讯。高宗立刻同意了。
岳飞罢官后，不愿意继续留在临安，于是便告假回到江州的私邸暂住。
长年在外作战的岳飞，终于可以乘此机会好好地享受天伦之乐了。岳云等兄妹都成立家室。39岁的岳飞正当盛年，已成为抱儿弄孙的祖父。
初冬十日，庐山天气已经非常寒冷。一天，岳飞正在室内练字，忽听仆人报“杨殿帅”来了。杨殿帅，即殿前都指挥使杨沂中，是禁卫军的长官，高宗的亲信。他为什么要到庐山来？岳飞大惑不解。
杨沂中进屋后就亲热地招呼起岳飞来。
岳飞见到杨沂中后，稍稍寒暄了几句，就开门见山地问道：“你到这来有什么事吗？”
杨沂中吱唔着说不上话来，最后还是把秦桧亲手交给他的“堂牒”递了过去。
岳飞看着“堂牒”，陷入了沉思中。这时，丫环捧出托盘，向杨沂中献上了一杯酒。杨沂中产生了怀疑，这是毒酒，还是美酒？难道岳飞看出了自己来传堂牒的的不良企图？最后，杨沂中还是强作镇定地将酒喝干了。
这下，岳飞便相信了杨沂中此行并无恶意，不禁对他放松了防备。
杨沂中趁机将朝廷召岳飞赴阙的事胡扯了一通。岳飞便整理行装上路了。岳飞深知此行吉凶难以预测，他对秦桧的奸险已有充分的认识，但是对高宗的居心叵测却没有警惕。何况他自恃言行坦荡磊落，没有什么可落人把柄的。因此心里虽然有些不安，但却无所畏惧。
岳飞二人乘轿一进杭州，杨沂中便乘机会偷偷地溜回家去了，而抬着岳飞的轿子却继续朝前去了。
岳飞下轿后，立刻明白上当了，此刻他不是在朝堂，而是在大理寺（审判机构）。他气愤地大喊一声：“为何要把我带到这来？”可是没有人回答。岳飞正在焦躁地徘徊，突然闯进来几个恶狠狠的狱吏，他们瞪着眼睛对岳飞说：“这里不是相公坐的地方。御史中丞等着你去对证一件大案，快到后厅去。”
岳飞愤怒地说；“我为国家卖命，不惜性命，为什么要到这种地方来！”狱吏不由分说地催促他到了一处厅堂，只见张宪和岳云，官服已被剥去，戴着沉重枷锁，露着身子，打着赤脚，浑身都淌着血，场景令人惨不忍睹。
岳飞简直无法相信自己的眼睛，心如刀绞，满腔悲愤。
这时，一个狱吏用杖子击地，向着岳飞大吼一声。岳飞这才明白，原来自己已不再是十万雄师的统帅，而是阶下的囚犯。
宋廷特别设立了诏狱，审讯岳飞。负责审讯的是御史中丞何铸和大理卿周三畏。在审讯过程中，岳飞竭力让自己平静下来，努力地为自己辩解，说到激昂处，岳飞一把解开上衣，袒露出后背，背后赫然刺着“精忠报国”四个大字。
何铸被岳飞的一番赤诚打动了，他不忍心干这样伤天害理的事情，奏桧知道后，就改任万俟X为御史中丞，继续审理此案。
万俟X受理这件案子后，一门心思只想逼岳飞自诬，于是便捏造出种种不成事实的理由，逼岳飞承认。岳飞知道他们任意诬陷，再表白也没有用，于是，只好任凭狱吏百般拷打，也不承认。
岳飞在狱中不吃不喝，以此进行反抗，只求速死。满腔悲愤的他，在狱案上写下八个大字：
“天日昭昭！天日昭昭！”
岳飞被捕入狱的消息传开后，朝野震惊。南宋爱国军民纷纷站起来表示强烈的抗议。一个平民范澄之在《上高宋书》中，大声地为岳飞喊冤，最后被秦桧等人捉入狱中，被迫害而死。齐安郡王表示愿以全家百口的性命作保，要求释放岳飞。
参加审讯的大理少卿薛仁辅等人，也力排众议，企图保住岳飞的性命。
韩世忠当时已罢免枢密使，闭门谢客。他绝不相信岳飞会造反，以为岳飞早晚便会被释放出来，但是却始终没有动静。他不顾一切地去找秦桧，当面质问他说：“岳飞犯了什么罪？”
秦桧只得含混地说：“岳飞造反的事，虽然不很明显，但总莫须有（即大约有的意思）。”韩世忠愤愤地说：“‘莫须有’三个字，怎么能够使天下人心服呢？”
高宗在制造岳飞诏狱的同时，加紧了对金妥协议和的活动。高宗因专制主义的高压手段把抗金有功之臣平白无故地投入大理寺狱，分散了南宋爱国军民对宋金议和的注意力，压制了主战派掀起的反对议和的浪潮，同时也就搏得了女真贵族的欢心。所以第二次绍兴议和时，几乎没有遭到什么公开的反对。
协议的重要条款有以下几点：
一、宋对金称臣。
二、宋每年贡银20万两、绢25万匹于金。
三、宋金间东以淮水，西以大散关为界。金朝获得了战场上得不到的大片土地。
女真贵族终于成全了高宗的“孝心”，允许将徽宗梓棺、高宗生母韦氏送还，钦宗仍扣压在北方，作为政治敲榨的资本。
在绍兴十一年的十二月二十九日，万俟X等通过秦桧，匆匆报上一个奏折，要将岳飞处斩。虽然判刑的理由不明不白，但是高宗立刻就下了诏令，指明岳飞赐死，张宪和岳云按军法处置。
高宗将大理寺的定案报告进行了修改。将岳飞的“斩刑”改为“赐死”（自杀），将岳云的判决由三年徒刑改判死刑，暴露出高宗对岳飞父子无比的仇恨心理。
就在这一天，即农历除夕前一天，我国历史上的伟大民族英雄岳飞，在杭州大理寺中遇害，时年39岁。
岳飞死后，按规定，尸体应该埋在大理寺监狱的墙角下。一个好心的狱卒冒险背着岳飞的遗体，走出临安城西北的钱塘门，偷偷埋葬在九曲丛祠旁，坟前种两棵桔树，作为标记。张宪和岳云被绑赴闹市斩首。死时岳云只有23岁。
岳飞三人被害的消息传开后，举国上下莫不哀痛悲悼。许多人泣不成声，大街小巷写满了对秦桧等人的咒骂。人民通过各种形式的悼念活动，表达了对岳飞父子的深刻同情和对高宗、秦桧迫害忠臣的强烈怨恨。
在岳飞死后好几十年，江、湖之地的百姓，依然家家户户张挂岳飞的遗像，民间还流传着很多歌颂他的故事。
北方中原人民在金朝统治下，不能公开祭奠岳飞忠魂，往往秘密地进行祭祀。
岳飞死后二十多年，绍兴三十二年六月，宋孝宗继位，孝宗曾目睹岳飞含冤而死，为了顺应民心，坐牢皇位，便接受了太学生程宏图“昭雪岳飞之罪”的奏请，七月便颁发了复官命令，为岳飞平反，恢复名誉。后来朝廷下令寻找岳飞的遗体，并按隆重的葬礼，将岳飞遗骨迁葬于西湖边的栖霞岭下，即今日杭州岳墓所在地。隆兴二年（1164）赐智果院力褒忠衍福寺，即为今日岳王庙前身。
继这个复官命令后，宋廷又下了许多恢复岳飞及岳飞亲属原官、封号、爵号等正式文件。
岳飞冤案得到平反后，民心大伸。孝宗以后，公开纪念岳飞的庙宇在南宋各地纷纷建了起来，岳庙遍布全国大小城镇。
秦桧一伙卖国贼费尽心机，耍尽手段，妄图篡改历史，但是岳飞“精忠报国”的英雄一生，不仅在外族入侵的当时产生了巨大的影响，而且在后世也一直为人们所效法。他是南宋王朝杰出的爱国将领，也是中华民族历史上著名的民族英雄之一，他将永远被人们所怀念。
