而在这项伟大的工程中，他收获最大的就是，他从中发现了一个非凡的人才，这个人就是弗雷德里克·T.盖茨，他是洛克菲勒石油王国中的一员，而他所起的作用，不亚于洛克菲勒在石油事业上的任何一位亲密伙伴。洛克菲勒一生中有几个重要而亲密的同事，如弗拉格勒、亚吉多波，而盖茨可能是最后一个。
如果说，洛克菲勒将前半生的精力都用在了如何发展壮大自己的企业并积聚财富上面的话，他的后半生则将目光转到了如何为自己的巨额财富找到一个安稳妥当的去处，而后者一点儿都不比前者轻松。
19世纪90年代，当洛克菲勒从忙碌的商业投身于慈善事业这个新领域时，就像走进了荆棘丛生的树林中，请求他资助的书信源源不断地寄给他。盖茨后来在描述洛克菲勒的困境时说：
无论是当他在家静居独处的时候，或是吃饭用餐的时候，或是走在教堂走廊的时候，或是在办公的时候，无论他在任何地方，都逃脱不了人们向他发出的迫切呼吁……他差不多像一头野兽，不断地遭到围堵袭击和尾随跟踪。许多乞求者是不达目的绝不罢休。他们尾随洛克菲勒，与他一起吃饭，一起上下班，一起进他的私人书房。洛克菲勒曾经十分无奈地感叹道：“许多希望我帮助他们做好事的好人们，似乎成群结队地来找我，他们甚至将自己的行李搬来与我同住了。”
为了处理这些事，洛克菲勒不得不在百老汇26号雇佣专职人员来拆阅、回复这些信件。这些信件中有百分之八十的内容是私人要求捐助的，这些人除了表示自己拿到钱后将会十分满足外就没有其他的理由了。剩下的百分之二十的请求来自各地的慈善团体、宗教和市民组织及其他机构。雇员们经常加班工作，阅读每一封信，同时还要弄清楚信里内容的真假。于是洛克菲勒开始考虑建立一套制度和管理原则，使慈善事业变成一项有效的事业，同时能够很好地处理他个人的财产。但是，洛克菲勒是没有时间处理这些事情的，他太忙了，所以他需要有人帮助他。
就在这时，盖茨闯进了他的视线。从1888年他看了盖茨呈给浸信会教育团的那份明晰而有说服力的报告起，他就开始关注这个人了。
他耐心地观察了盖茨三年，发现盖茨身上有许多令人钦佩的地方：有头脑、有主见、精力充沛、生气勃勃。1891年3月的一天，他将38岁的盖茨邀请到了百老汇26号。
洛克菲勒首先向盖茨讲述了自己目前的状况，因为自己现在忙着生意上的事情，根本没有时间和精力去处理捐助的事情，但自己又不愿意放弃捐款这项活动，因此他现在非常需要有一个人来帮助他。盖茨也表达了自己对洛克菲勒的理解。
随后，洛克菲勒进入正题，他认为盖茨就是自己心目中的理想人选，他想邀请盖茨到纽约来，在那里设立一个办事处，以便帮助他处理在捐款方面的接待和调查工作。让洛克菲勒没有想到的是，盖茨立即就答应了他的请求。
就这样，1890年，盖茨正式进入标准石油公司的总部，全权负责洛克菲勒的慈善事宜。
随着时间的推移，盖茨担负的工作越来越多，洛克菲勒对他的信任不断地增加，赋予他的权力也越来越大。很快，所有请求捐助的信件都直接送到盖茨的办公室，经过他的挑选，把他认为有价值的信件再呈送给洛克菲勒，并把附呈的资料和他的建议写成一条条简洁而有说服力的备忘录，以备洛克菲勒参考。
洛克菲勒对盖茨完全信赖后，他便向他打开了那些曾被视为绝密文件的分类账本。在仔细看过这些账本之后，盖茨对洛克菲勒说：
“洛克菲勒先生，您的家产正在不停地往上翻滚，就像滚雪球那样，但积累太多就会有发生雪崩的危险。您必须把它尽快散掉，要不然，它将压垮您和您的儿女，把您的子子孙孙压得粉碎。”
盖茨大胆地预言，如果洛克菲勒将巨额的资产握在自己的手里，将会带来“灾难性”的后果，他的继承人将会把这笔钱挥霍掉，变得飞扬跋扈，不可一世。所以，他建议洛克菲勒赶紧行动，建立慈善机构。
对于这个建议，洛克菲勒也表示赞同，他对这位副手说，他想用他的那些钱尽最大的努力去寻找那些“要害”，击中“祸害的根源”，从而减轻人类的灾难和负担。
洛克菲勒一直有一个信念，他认为上帝给他的财富是为了造福于人类，所以他也一定要依照上帝的旨意，将自己的钱合理地进行分配，只有这样，他才能安心。
在和洛克菲勒探讨如何捐赠金钱的问题上，盖茨曾这样说过：
洛克菲勒先生的财富已经引起了超出理性的憎恨，当我得知这一情况时，我真的非常恐惧，这对公众来说，的确是一种全国性的威胁。但是，让我深感烦恼的还不是这个，而是他是否准备将这笔巨额财富传给他们的后代，不知他是否想过，一旦他这样做，将会给他的子孙后代带来什么样的可耻结局。而这个做法，不知道会产生什么样的伤风败俗的影响。在我看来，要想在这个国土上或者其他国土上推进文明的发展，洛克菲勒先生和他的儿子除了建立起巨大的公司型的慈善事业机构之外，是没有什么其他办法的。假如可能，在时间上和数量上，慈善事业是没有什么限制的，在范围方面也是非常广泛的，而且可以永远地持续下去。
在盖茨的内心，也有一个想法，就是建立一个规模巨大的慈善机构，就像洛克菲勒创建的那个标准石油托拉斯一样。而且这个机构在赠予金钱方面的制度，和标准石油托拉斯在石油界所做的一样。在洛克菲勒的巨额财产的帮助下，盖茨的理想正在一步一步地变成现实。
1897年，洛克菲勒的慈善代理人盖茨回到家乡纽约州乔治湖度假时，认识了一位在医学院读书的年轻人。在这位年轻人的推荐下，盖茨不但学习到很多医学上的知识，了解了医学界的一些情况，还阅读了很多医学书，其中就包括经典着作《医学原理与实践》。在这本书中，讲解了100多种不同疾病的诊断方法，但是如何治疗这些疾病，书中却没有涉及。看完这本书后，盖茨得出结论，大约只有1％的疾病大夫知道怎么治疗，剩下的99％的疾病大夫是无法对付的。
在当时的美国，医学远远落后于欧洲一些先进国家。当时，在法国有巴斯德研究所，在德国有高柯研究所，但是，在美国，这类医疗机构却一所都没有。盖茨立即给洛克菲勒写信，建议洛克菲勒成立一个医学研究机构。可以说，这是一个全新的目标，因为在当时，所有的医学院都是商业性质的，教师也是一些为了赚外快而做兼职的临床医生，根本没有一家真正从事科研的医学机构。盖茨在提议之后，还没等洛克菲勒同意，自己就开始着手准备工作了，他还特意请来新泽西州蒙特克莱的一位律师墨菲和他一起筹备。
洛克菲勒在接到盖茨的建议后，并没有立即答应，但他一直在思考这件事的可行性。最后，他终于认识到建立这样的医学机构既稳妥还能赢得人心。虽然这样的医学机构不一定会有什么了不起的发现，但至少不会给自己带来难堪。这样的机构不但能够填补慈善事业的空白，而且也是自己所有慈善事业中最有前途的。
盖茨度假回来后，口授了一份备忘录送给洛克菲勒。正在寻求善款能切中“要害”的洛克菲勒非常高兴，立即同意盖茨筹建一个专门用于研究、没有任何商业目的的医学机构。
但开始的时候，医学界对他们的提议反应很冷淡。医学界的很多人士认为，医学是一门实践性极强的学科，只凭一些人的胡思乱想，即使有一些发现也是没有什么用的。但是，洛克菲勒认准了这件事，作为一位企业家、一位慈善家，他不考虑是否建医学机构，而是想怎么建、怎么运作的问题。
后来，小洛克菲勒向他的家庭医生赫特博士（小儿科权威）谈到了这件事，这位赫特博士对此充满了兴趣，又邀请了赫德医生、普顿医生以及皮格斯医生三个朋友加入这项事业。
1901年年初，小洛克菲勒对这四位医生说：“如果我们家族每年能捐2万美元，连续捐10年，你们看能为振兴美国医学界做些什么？”这四位医生向当时的医学界领袖威廉·魏尔奇医生请教，并邀请了在哈佛任教的史密斯医生和在宾夕法尼亚州立大学任教的费莱斯诺医生共同研究。1901年年底，在这七位着名医生的共同努力下，美国第一个医学研究机构——洛克菲勒医学研究所在纽约成立，魏尔奇医生担任主任，普顿医生任副主任，赫特任中书，赫德医生管财政。资金是一年2万美元，研究中心仍旧按照一贯的原则，先小规模地进行研究，再慢慢地将范围扩大。直到今天，洛克菲勒医学研究所依然是美国在全世界最有声望的第一流的医学研究中心。
这次，洛克菲勒同意用他的名字来命名这家医学机构，从中也可以看出他对这所机构寄予的厚望。但是，因为这所医学机构带有某种实验性，洛克菲勒不想让人们希望能看到它突然创出了奇葩，因此，这所机构在创立的初期，并不豪华，根本就看不出是大富翁洛克菲勒捐助创建的。
成立之初，研究所的工作进行得不是很理想，因为研究的目标不明确，再加上资金不足，人手不够，进展很慢。于是这些医生请求洛克菲勒增加资金，扩大研究范围。最后，洛克菲勒答应再增加100万美元改组研究所。这次选出魏尔奇医生的学生西蒙·弗莱克斯纳博士为研究所领导。
西蒙·弗莱克斯纳毕业于约翰·霍普金斯大学，后来到欧洲游学。弗莱克斯纳学问广博，回国后在宾夕法尼亚大学任教，是个细心周密、对科学研究有着狂热兴趣的人。
洛克菲勒为医学研究所设立了一笔专用资金，用来招聘最出色的人才，不给他们施加任何压力，为他们提供一个施展自己才华的平台，任由他们去发挥，去异想天开。从来没有上过大学的洛克菲勒认为，科学家只有在自由与宽松的工作环境中，才能创造出成绩。
有了这项资金后，医学研究所开始向全国招收优秀的医疗科研人才。他们很快招聘到了许多医学界的精英。后来的事实证明，这个医学研究所是洛克菲勒除了标准石油公司之外的另一个杰作。
1904年，改组后的医学研究中心成立。在弗莱克斯纳的带领下开始了医学研究工作。就在1904年的冬天，弗莱克斯纳博士在治疗流行性脑脊膜炎方面取得了举世瞩目的成就。他曾经在猴子身上也发现了这种病，然后将在马身上培养的血清注射在得这种病的猴子身上，猴子的病果然好了。于是，他制造了大量的这种血清，进行临床试验，结果也非常成功。他的这一成果挽救了成百上千人的生命。这项科研成果是该研究所的第一个重要成果。这让洛克菲勒觉得有必要进一步加大对研究中心的捐赠力度。
1906年，洛克菲勒在东河的66街买下了一幢大楼，当做研究中心的办公室。研究中心分为病理学、生理学、药剂学及生物学四大部门，每位着名的医生都承担一项重要的、有心得的研究，其研究远远地走在了时代的前列。
1908年至1910年，研究中心进行再一次改组，由简单的小研究中心扩展成现代化的大型研究所，研究部门与财务部门也开始分开了。
财务及行政方面由洛克菲勒、盖茨、小洛克菲勒、墨菲等人专门负责，研究所的科学家们则专心从事研究，不必为其他事情分心。洛克菲勒只是向研究所提供资金，从不干涉研究所的自主权，并且鼓励研究人员放开手脚，大胆研究。弗莱克斯纳博士曾转述洛克菲勒对研究所人员所说的一段话：
不要怕做不好，不要急于出成果。我完全相信你们将来肯定有做出成绩的那一天。就算你们做不出来，将来你们的后代也一定可以做出来的。我们要往长远看，这是一个长远的目标，可能要持续几代人。相信你们总有一天会实现。
洛克菲勒很少去视察自己投资的这个研究所，因为他不想耽误他人的时间。
一次，洛克菲勒父子正好经过研究所，小洛克菲勒就向父亲提议去看看研究所。洛克菲勒勉强答应了儿子的要求。但是，到了研究所的外面，他只是从车里看了一眼。在小洛克菲勒的一再要求下，这位大富翁才终于从车子上下来，走进了自己花钱建立起来的机构。在一位工作人员的陪同下，父子俩简单地参观了一下，表达了谢意就匆匆地离开了。
盖茨和小洛克菲勒也全力支持和关注研究，他们经常跑到研究所去询问：“如果给你们这样或者那样一笔钱，你们将拿来怎么办？研究哪些项目？”研究所的人也会把洛克菲勒捐赠的每一分钱用在正确的地方，绝不会肆意践踏别人的善心。
这所以洛克菲勒的名字命名的医学机构，在几年之内就取得了惊人的成就。除了刚刚我们说过研制出治疗脑脊膜炎的血清之外，弗莱克斯纳博士还突破了溶解性眼膜炎这一关。导致小儿麻痹症的病毒也被分离出来，细菌学的整个领域在这个医学研究所中为企业界开辟了道路。野口英世博士在研究黄热病预防疫苗、寄生虫病、狂犬病及梅毒等方面取得的成就，在世界上享有盛名；亚历克西斯·卡雷尔博士在外科手术方面一马当先，首创了体外循环心脏手术；劳斯医生则发现了引起某些癌症的病毒。
洛克菲勒医学研究所的科学家们成绩卓着，因为他们的杰出成绩，前后共获得了12项诺贝尔奖金，这比世界上任何一个研究所获得的荣誉都多。这所研究所成为诺贝尔奖得主的摇篮。
洛克菲勒医学研究所的设备也是当时世界上最好的，最先进的。
1908年，洛克菲勒又花几百万美元为研究所建了一座附属医院以及实验室的综合机构。医院中有60个病床及9个床位的隔离病房。这个医院在两年后开张，他们只收那些患疑难病症的人，比如患有小儿麻痹症、大叶性肺炎、梅毒心脏病和婴儿肠道病等，免费为他们提供治疗。虽然医院还为洛克菲勒的家族人员在顶楼准备了五间专用病房，但他们从未享受过这样的特权。后来，研究所又增设了动物病理学部门和植物病虫害部门。到了20世纪50年代，该研究所在纽约共有11座大楼，颇为壮观。
洛克菲勒研究所取得的成就再次让公众对洛克菲勒刮目相看，对他的评价也有了一定的改观。有人说，洛克菲勒在医学上的成功和在石油业上的成功一样，都是恰逢绝好的机会。洛克菲勒准备投资建设医学研究所时，正好是医学作为一门科学日臻成熟，并有无限发展空间的时期。洛克菲勒用他的钱推动了美国医学的发展。
在把财产交给唯一的儿子之前，洛克菲勒一共捐给医学研究所大约6100万美元，这个研究所也成为世界上研究疾病起因和治疗方法最好的机构。
