作为一代名医，吕复最大的特点是博览群书，勤求古训，融会新知，极力探究医疗本源。
应该说，对于中医药经典书籍，吕复是无书不读，无书不熟。对于正史、别史、杂史、传记、地方志书和兵家、法家、农家、小说家、释家、道家以及天文、地理、刑律、历算、食货、卜筮等书籍，吕复也多有涉猎。读得快、记得牢，即所谓的一目十行、过目不忘说的就是吕复这样的人。
吕复读书多，著述也多。对于吕复的著述，后世评价极高，特别是其中的《群经古方论》与《诸医论》。
《群经古方论》是吕复对《黄帝内经》《神农本草经》《难经》《伤寒论》《脉经》《脉诀》《病原论》《太始天元玉册公诰》《六微旨》《五常政》《玄珠密语》《中藏经》《圣济经》等经典医药书籍畅谈个人的看法——
《黄帝内经》是我国现存最早、最重要的一部医学著作，中医药学的四大典籍之首（其余为《神农本草经》《难经》与《伤寒论》），相传为黄帝所作，是中医学理论体系形成与奠基之作，中医基本理论的渊源，简称《内经》。
《黄帝内经》也是吕复从医之初就开始接触的经典医著。所谓“旧书不厌百回读，熟读深思子自知”，由于熟读深思，吕复在这部经典医著的字里行间发现了一个秘密：《黄帝内经》并非黄帝的作品，也不是一个人的作品。因为吕复感受到，《黄帝内经》的学术思想虽然出自先秦战国，但从其写作技巧、文章风格上分析，其成书的时间应该在汉初，后是西汉学者所作。所以他在《群经古方论》中指出：“《内经素问》，世称黄帝、岐伯问答之书，乃观其旨意，殆非一时之言，其所撰述，亦非一人之手……”
《神农本草经》是我国现存最早的药学专著、中药理论精髓，简称《本经》，问世以来，始终是中医药学的重要理论支柱，标志着中国药学的诞生，相传为神农氏所作。这也是吕复从医之初就开始接触的经典药著。然而，随着熟读与深思，吕复不但逆流而上溯至该书之源，并且顺流而下对其后中国的经典药书进行了全面整理，作出了一番评说。
吕复认为：“《本草》3卷，旧称《神农本经》，汉《艺文志》不详述，至梁陶弘景开始尊重信奉，表示清楚，谓此书应与《素问》同类，但后人更多修饰。秦始皇所焚的是儒书，不包括医方卜术等方面书籍，故而被保存下来。及至遭遇汉献帝的迁徙，晋怀帝的奔走，书籍兵乱中被焚，千不遗一。今之所存，有此3卷，是其本经，然所出郡县，乃多后汉时制，怀疑为张仲景、华佗所记。旧经之药，只365种，因而进行注释，分为七卷。唐李英公与苏恭参考得失，又增114种，分为20卷，后世称之为《唐本草》。宋刘翰等又增加了医家当用药草220种。后蜀孟昶亦命其臣韩保昇等，以唐本《图经》参考增广，后世称之为《蜀本草》。直至宋掌禹锡等的补注，新旧药草合起来共1082种，定以白字为神农所说，黑字为名医所传，草石之品，可谓大全也。若雷公（传说中黄帝众多懂医的臣子之一）以下，蔡邕、徐大山、秦承祖、王季璞、郑虔诸公所撰名《本草》者，总共39部、350卷，虽有引人注目与默默无闻之区别，但无一不是辅助旧经。近代陈衍作《本草折衷》，王好古作《汤液本草》，亦是删除繁杂部分，使其更趋于简明，以显示前人心愿。窃意旧记郡县，古今沿革不同，及一物而根苗异名，或同名异质，而互见解释，交互出现的，尚须推求研究而定，使归于一可也。”
这是吕复对于《本草》类药书的追根溯源，同时也是他对中国药学理论发展所提出的个人看法。
《难经》是《黄帝八十一难经》的简称。“难”是“问难”之意，也可以解释为“疑难”，“经”就是指《黄帝内经》，综合起来也就是问难《黄帝内经》的意思。相传为战国时期名医秦越人（扁鹊）所撰，是他针对《黄帝内经》，将自己认为的难点、疑点提出来，归纳形成81个问题，然后进行逐一的解释、阐明或加以引申发挥。该书创立了中医学最基本的理论，与《内经》一起奠定中医理论体系的构建基础。比《内经》更贴合临床，更具学术魅力。
对于《难经》，《群经古方论》中说：《难经》是秦越人效法《黄帝内经》，以问答的形式成书展示其所引证的言论，多不是《灵枢》与《素问》的本文，大概古时候有这样的书而今散失了。隋时有吕博望注解的《八十一难经》，没有流传下来；宋代王惟一集五家之说，有正确的，也有错误的或者相互混杂的，惟虞氏粗为可观；纪齐卿的注释密了一些……我曾经试探着辑集诸家之长，先解释而后附上自己之说于其间，以方便后来的学医者。
在这里，吕复先对《难经》的成书过程与历代的注释作了猜测与评说，然后推出自己著述的《难经附说》，但《难经附说》早已失传，难以一饱眼福。
《伤寒论》10卷，是我国第一部从理论到实践、确立辨证论治法则的医学专著，中医辨证论治的奠基之作。该书总结了前人的医学成就与丰富的实践经验，在中医发展史上具有划时代的意义和承前启后的作用，为东汉张仲景编撰。原名《伤寒杂病论》，16卷，因汉末战乱而散佚，复得后，经后世医家整理，在流传过程中析分为《伤寒论》和《金匮要略》两书。
吕复认为：《伤寒论》10卷，是张仲景运用《素问·热论》之说，并广泛结合商伊尹的《伊尹汤液》而形成的。至晋王叔和才开始借鉴前人留下的基本解释重新为之编集，宋成无己再为之注释；其后庞安常、朱肱、许叔微、韩袛和、王实之流，固亦互有开发，而大纲大要，无超越于吐汗下……我因而提出大概要旨，以补成氏之未完备之处，知医君子或能在其中所取所得。
这里，吕复既说出了《伤寒论》的学术渊源，也提醒后人“欲知成无己的《注解伤寒论》与《伤寒明理论》未完备处何在，可查阅吕复的《伤寒十释》”。可惜《伤寒十释》也早佚失，无缘一见。
《脉经》是我国现存最早的脉学专著，晋王叔和撰。该书首次将脉象归纳为浮、芤、洪、滑、数、促、弦、紧、沉、伏、革、实、微、涩、细、软、弱、虚、散、缓、迟、结、代、动24种，分别作具体描述，并收集保存了晋以前有关诊脉的重要文献资料。
吕复说：《脉经》10卷，是西晋太医令王叔和根据《内经》等医书的内容，以及扁鹊、张仲景、华佗等名家之说，搜集编排而成，实实在在是医家之龟鉴，诊断疾病与察看病情的确切指引，自然与近代仿托古代兵书《钤诀》者不同……至宋光禄卿直秘阁林亿等，开始考证其错误与不实，加以改动与更换，料想其新撰的《四时经》之类，皆林氏所增入。陈孔硕、何大任、毛升、王宗卿辈也曾经审订刊传，今不多见。近人谢坚白以其所藏旧本，刻印于豫章（今江西地区），遂开始广泛流传。我尝试着摘取其精华，并引《内经》之辞，作《诊切枢要》2卷，非但敢于删减其累赘与重复，有时也间或补其缺漏，附个人意见于各条之下，以与同志者研究尔。
可惜的是，吕复的《诊切枢要》也早已佚失。
《诸病源候论》是我国历史上第一部专述病源和证候的医书，又称《诸病源候总论》和《巢氏病源》，由隋巢元方等撰。吕复认为：“《病源论》50卷。乃隋大业中太医博士巢元方等奉皇帝的命令撰集。最初的诸病候，附以养生导引诸法，汇集辑录形成一家之书。正确与错误相混，大概可见矣。宋之监署用为课试，元如前沿袭，列入医门之七经，然而生拉硬扯的解释错综复杂，不再是原来旧貌，具有眼力的当自见之。吴景贤亦作《病源》一书，近代不传。”
……
有医以来，能系统性开列中华医门群经，简明扼要地叙述其作者的生平，准确无误地一一指出真伪，追根溯源地陈述来龙去脉，甚至连其修改、版本、刻印、流传、收藏等情况都了解得一清二楚，恰如其分地估量其学术价值以及对后人影响的，至元明之际，唯有鄞州吕复。元明之后，也无人能超越。
《群经古方论》虽区区几千字，但为后世了解历代医门群经注释、整理、研究提供了至关重要的信息，在中医目录学发展史上起到了承上启下的作用，为其后中医书籍提要的撰写提供了成功范例。明清以来的医家，在论述典籍源流及医书概况时，多仿效其体例，也成为中医目录学的重要组成部分和其中一大特点。
《诸医论》是吕复针对扁鹊、仓公、华佗、张仲景、孙思邈、庞安常、钱仲阳、陈无择、许叔微、张易水、刘河间、张子和、李东垣、严子礼、王德肤、张公度等十六位历史上医界权威名家的学术造诣、诊疗特点所作的概括性评说。
扁鹊（公元前407～前310），姬姓，秦氏，名越人，又号卢医，战国时渤海郡郑（今河北任丘）人，中医理论的奠基人，代表作《难经》。因医术高超，人们借用黄帝时的神医“扁鹊”的名号来称呼他。吕复认为，扁鹊医病点滴不漏，善医“病微”之疾，处方有章有法，深奥莫测。他觉得扁鹊的医术如同秦镜照物，又如擅长下棋的弈秋遇到高手，每一步棋都值得效法，旁观者却不能领悟他的奥妙。
仓公，即淳于意（约前205～？），曾任齐太仓令，故称仓公，西汉初齐临淄（今山东淄博东北）人，著名的医学家、医学教育家。《史记》载其医案二十五例，称为“诊籍”，如实记录了他诊治疾病的成败经验，是我国现存最早的病史记录。在吕复的眼里，仓公的医术好像春秋时齐国著名的造车匠轮扁削木造轮那样，得心应手。
张仲景（约150～219年），名机，东汉末年南阳郡涅阳（今河南省南阳市）人，代表作《伤寒杂病论》，中医辨证论治原则的奠基人，被后世尊称为“医圣”。吕复评论：张机的医术仿佛商汤王、周武王的军队，所行没有不是仁义之举，他攻守变化，不论强弱之敌都能取胜。也就是说，张仲景的医术所向披靡，疾病难以抵挡。
华佗（约145～208），字元化，又名旉，东汉末沛国谯（今安徽省亳州市谯城区）人，医术精湛，尤长外科，被后世尊为外科鼻祖。麻沸散、五禽之戏的倡导者，代表作为《青囊书》，已佚失。吕复觉得，华佗的医术宛若庖丁解牛，挥刀而筋骨不能阻碍，他的高超技艺自然是变化莫测，虽然想效法他，却不能达到。
孙思邈（581～682），隋唐时期京兆华原（现陕西耀县）人，著名的医学家、药物学家、道士，被后世尊称为“药王”，代表作《千金方》。吕复认为，孙思邈的医术恰似郑玄注解经书，在训诂方面详尽无遗，他自有所得的妙处，不轻易地告知别人，如能体会其中的丰富内容，便可满足了。
庞安时（约1042～1099），字安常，自号蕲水道人，北宋蕲水（今湖北浠水县）人，被誉为“北宋医王”，代表作《伤寒总病论》。吕复认为，庞安时的医术能发掘扁鹊隐秘的内容，效法华佗能被仿效到手的医技，假如他的寿命再长些，他成就的事业一定不在古代名医之下。
钱乙（1032～1113），字仲阳。北宋东平郓州（今山东郓县）人，祖籍浙江钱塘，中医儿科奠基人，被后世尊称为“儿科之圣”“幼科之鼻祖”，代表作是我国现存第一部儿科专著《小儿药证直诀》。吕复认为，钱乙的医术好比李靖用兵，能安全地越过险境，欲擒故纵地全歼敌军，最终都同兵法相符。他凭借小儿科闻名于世。
许叔微（1080～1154），字知可，号近泉，北宋真州（今江苏仪征）白沙人，宋代研究《伤寒论》的大家之一，代表作《伤寒百证歌》等。吕复认为，许叔微的医术恍若顾恺之画中人物的神情，神气充盈，只是不能超脱形似之外，可以仿效却不能达到。
陈言（1121～1190），字无择，号鹤西道人，南宋青田（今属浙江景宁县鹤溪）人，“三因极一”学说创立者，代表作《三因极一病症方论》，入《宋史》。吕复认为，陈言的医术犹如经验丰富的官吏判决案件，在“审讯定案”方面考虑周密，但未免脱离具体情况而迁就法律条文，自行担当任务便游刃有余，让别人代理就感到烦琐杂乱。
张元素（生卒不详），字洁古，金代易州（河北省易县）人，中医易水学派创始人，代表作《医学启源》等。吕复认为，张元素的医术类似周敦颐画太极图，分别阴阳，又包含深刻的哲理，他的宗旨是把古方新病不相符合作为一家之说，有人失于察辨，要把太极图当作太极，便同画蛇添足相差无几了。
刘完素（约1110～1200年），字守真，别号守真子，自号通玄处士，金代河间（今河北河间）人，中医史上的“金元四大家”之一，“火热学说”创始人，代表作《素问玄机原病式》等。吕复认为，“刘完素的医术宛如郭橐驼种树，处处都能成活，只是凭借寒凉药作为恢复生机的手段，对于强健的体质有益，而对于虚弱的体质不利”。
张从正（约1156～1228），字子和，号戴人，金代睢州考城（今河南兰考县）人，“金元四大家”之一，“攻邪学说”创始人，代表作《儒门事亲》。吕复认为，张从正的医术浑似老将对敌，有时背依河流摆开阵势，有时过河以后烧掉渡船，断绝自己的后路却能绝处逢生。
李东垣（1180～1251），名杲，字明之，号东垣老人，师从张元素，金代真定（今河北省正定）人，“金元四大家”之一，中医“脾胃学说”的创始人，代表作《脾胃论》等。吕复认为，李东垣的医术近乎重新更张琴弦的乐器，一旦演奏就使其他美好的乐声一并止息，要是机械地附和它，琴声因此就不和谐了，没有别的原因，李东垣深知医术的微妙，不是初学者能够理解的。
严用和（约1200～1268），字子礼，南宋庐陵（今江西吉安）人，代表作《济生方》。吕复认为，严用和的医术犹如欧阳询写字，擅长恪守法度而不重潇洒，便于学习的人临摹，但毕竟缺乏汉晋书法大家不拘一格的风度。
张公度（生卒年不详），名骙，南宋医家。吕复认为，张公度的医术一味模仿张仲景，酷似陈与义的诗，常有杜甫的风格和意境。
王德肤（生卒年不详），名硕，南宋医家，代表作《易简方》。吕复认为，王德肤的医术近似掌管山泽的官员张开罗网，在田野上广泛笼罩，漏网的野兔很多，不按照礼法规定而擒获的野兽，是不值得计算在内的。
至元明之际，有能力对中华医学史上的名家作出如此痛快淋漓、详明精当评说的，也只有吕复。元明至今，包括吕复的同时代医家，虽有同类作品，但无法跳出它的体例与内容。美妙绝伦的比喻，器物、人物、成语、典故、军事布阵、打仗用兵、书法诗歌、绘画演奏等等，都能拿来用作比喻，且一针见血，使人窥一斑而知全豹；赏心悦目的语言，既形象生动，又委婉含蓄，发人深思；恰如其分的评说，史诗般的人物个性描述……也很少有人达到如此高度。
《诸医论》很短，仅仅几百字，但无疑是中华医林绝无仅有的瑰宝之一。
于今看来，这区区几千字的《群经古方论》、几百字的《诸医论》就是吕复最大的成功之处。尽管吕复治病“取效若神”，病人“接踵而至”，且还有《内经或问》《灵枢经脉笺》《五色诊奇眩》《切脉枢要》《运气图说》《养生杂言》《脉绪脉系图》《难经附说》《四时燮理方》《长沙论》《伤寒十释》《运气常变释》《松风斋杂著稿》等著作，但在今人的心目中，吕复对于中华医林的最大贡献莫过于这两篇短短的“论文”。因为，吕复其余的著作几乎全湮灭在历史长河里了。
正因为如此，吕复对前人作出了系统性、总结性的评说，而后人（至今）难以给吕复准确而完整的评价，这是一个历史性缺憾。
吕复无子，唯女儿四人。吕复的朋友众多，医术传世情况无确考。
