历史上有很多科学家提出自己的理论，而当时的科学发展程度并不知道这些理论的基础是什么，后来的科学发现为它们的理论提供的基础。例如，德国科学家阿尔弗雷德？魏格纳提出了著名的“大陆漂移说”，开创了地球科学史上的一次革命。他在《海陆起源》一书的前言写道：
“任何人观察南大西洋的两对岸，一定会被巴西与非洲间海岸线轮廓的相似性所吸引住，不仅圣罗克附近巴西海岸的大直角突形和喀麦障附近非洲海岸线的凹进完全吻合，而且自此以南一带，巴西海岸的每上个突出部分都和非洲海岸的每一个同样形状的海湾相呼应。反之，巴西海岸有一个海湾，非洲方面就有一个相应的突出部。”
魏格纳于1915年提出的“大陆漂移说”，没有受到当时人们的重视，可以说被人们遗忘了，直到上个世纪60年代后，人们发现大陆是由几大板块组成和后来人们造出Globe Positioning System (GPS），“大陆漂移说”才为人们接受。
孟德尔是19世纪奥地利的神父，业余时间在教堂花圃中从事豌豆杂交试验。他发现不同生物性状是按一定比例传到下一代的，从而推理遗传物质必然是颗粒状，而不是混合状的。他的工作发表于1865年，那时人们根本不知道什么是基因，什么是染色体，它们是在几十年后才为科学家发现。人们只所以公认他们为伟大的科学家，就是因为他们有“先见之明”，他们的理论或想法远远的走在人们的前面。后来的科学发现证明它们的理论是正确的。
达尔文所在的时代是生物学的原始社会，许多科学发现是达尔文所无法预见的。后来的科学发现都和达尔文所预言的不同。这些发现使达尔文理论没有正确的可能。我们就看看达尔文作出的错误预言有哪些。1.泛生论（Pangenesis）达尔文所认为泛生论是遗传的基础。泛生论的规定是认为遗传信息混合状的，它可从细胞以小芽方式分泌出来，这些小芽流到生殖的器官，而影响下一代的性状。但是，孟德尔遗传学表明，遗传单位是颗粒状的，而不是混合，到后来又发现它是在染色体上。遗传物质是在细胞核内，它不会以小芽的方式分泌出来。
遗传物质上在染色体上，不能与周围的细胞浆不能混合。人的染色体是46条，而大猩猩的的染色体是48条，是没有46.3，46.4条染色体生物的群体。作为个体他们有可能出现，但它他们绝大多数不能生育，即使生育下一代也不能携带如46.4条染色体而传代，所以没有这样的群体。不但人和猩猩之间没有，世界上千千万万种两性动物间也没有。没有什么半人半猿，29%猿，71%人的生物，猿就是猿，人就是人。
如果遗传物质是以混合状出现的，那情况就大为不同。黑和白之间可以逐渐过渡。在一桶白漆中加可以一勺黑漆，兩勺黑漆，三勺黑漆，随着黑漆加的越多，白漆的颜色会逐渐变黑。这正是达尔文设想的情况，是他理论的遗传学基础。科学发现染色体为遗传物质载体，就否认遗传物质是混合状的，使达尔文理论没有正确的可能。
2.生殖细胞与体细胞
达尔文所在的时代，人们不知生殖细胞（精子和卵子)与体细胞的区别。达尔文那时的人认为，体细胞可以分泌出小芽，小芽可以流到性腺，把体细胞的信息带给性腺，从而影响后代。目前生物学已知，遗传材料储存在生殖细胞（精子和卵子)，他们是与体细胞隔离的，遗传物质上不可能从体细胞转移到生殖细胞的。换而言之，体细胞的变化是无法通过小芽流动的方式影响下一代。举重可以使人的肌肉增加，但举重冠军的是无法用遗传的方式让自己的后代有发达的肌肉。
3.用生物的形态来定义物种达尔文用家畜的变异作为他观点一个主要论据。在家畜的变异中，变化最明显要数各种大少的狗了。达尔文认为，各种大少的狗人是几个不同种狗的后代，无法相信一个单一的狗种会产生如此大的变异，所有品种的狗都可相互交配生子。
个别的狗之间，它们体积之间的悬殊太大，而使交配困难。例如1公斤奇瓦瓦和一个75公斤的大丹麦狗。而用人工受精的方式，让它们的精卵结合，受精卵可以生出健康的狗，这表明它们同属一种(Patterson 1999)。物种的生物学定义是在达尔文死后数十年才被普遍接受。
显然，达尔文是以动物的形态区分物种的。而现代物种的概念不是根据形态的差别，而是看生物个体之间有无共同繁衍建康下一代的能力。如他们之间可以交配产生建康下一代，他们就同属一个种。人有黑白，高矮之分，但他们之间可以交配，而且下一代建康有繁衍能力，所以他们是一个种。而这种以用生物的形态来定义物种的错误还常可见与当代达尔文理论家的著作中。
4.新物种出現的速度
达尔文一直认为新物种的产生需要很长时间，要以百万年，千万年计算。但后来人们发现新物种出现的很快，很多新物种都是一代就生成。一代就生成新物种的现象是大量，动植物中都有，而以植物为多。
5.获得性遗传
达尔文理论提出他的理论时，人们对生物的遗传学原理并不知道。拉马克的遗传理论是以适应性遗传为基础的，这个想法在达尔文时代还是占统治地位的想法。达尔文泛生论就是另一个版本的适应性遗传，这一理论在一百多年前就被人们遗弃了。
达尔文理论是一个错误的理论，并不是说达尔文对进化生物学发展毫无贡献。达尔文主要贡献是改变了物种一成不变的概念，达尔文物种起源一书发表后不久，物种进化便被科学界普遍解受；进化机理的研究成为生物学最热门的课题。达尔文犯的错误，是受的历史发展的限制，他作不了不可能作的事；而新达尔文主义是延迟了真理的发现，让真理的发现走了弯路。
