幸运的是，这个低谷并没有延续太长时间。两个月后，普京就受邀到克里姆林宫任职了。此后的三年时间里，普京如鱼得水，步步高升，从总统事务管理局副局长到监察局局长再到联邦安全局局长，从总统办公厅副主任到第一副主任再到联邦安全会议秘书，接着是被叶利钦任命为总理，成为俄罗斯首任总统的接班人。1999年12月31日，叶利钦辞职后，他成为代总统。车臣战争，普京一战成名，从一个无名之辈变成了俄罗斯的民族英雄，威望如日中天。这就是普京版的“飞龙在天”，“鸿鹄高飞，一举千里；羽翼已就，横绝四海”。2000年3月，普京当选为俄罗斯总统。
要的就是“忠诚”
1996年8月，在时任第一副总理的阿莱克塞·鲍尔萨科夫等人的帮助下，普京去了莫斯科，担任俄联邦总统事务管理局副局长。鲍尔萨科夫与普京有着相似的经历，他曾在圣彼得堡任职，后来被索布恰克剥夺了职务，险些流浪街头。但是，他在莫斯科东山再起，现在已经是第一副总理。虽然鲍尔萨科夫与索布恰克是对头，但并没有妨碍普京与他建立良好的关系。
鲍尔萨科夫到莫斯科工作后，经常到圣彼得堡出差，普京从来不让他在接待室里久等，而是放下手头的事情，亲自出来迎接他。结果，这种友善的态度让经历过坎坷的鲍尔萨科夫铭记于心，当索布恰克下台、普京落难的时候，鲍尔萨科夫伸出了援手。我们常说，“多个朋友多条路，多个敌人多堵墙”。普京是个幸运的人，他善于交朋友，而且很珍视友谊，所以他的朋友很多。
柳德米拉曾经说过：“在我看来，半个圣彼得堡好像都是弗洛迪亚的朋友。我们总是有一屋子人……他喜欢和人们交往。我认为如果他没有朋友，就无法摆脱压力。”普京是这样看待朋友的，“朋友是我们的生命，他们就是我们，他们是我们的一部分”。他到德国工作时，曾经真切地感受到这种远离朋友的压力，感受到内心的空虚与孤独。他对友谊的忠诚和广交朋友的热情在命运转折的关头帮了他的忙。
如果有平步青云这回事儿的话，普京在莫斯科政坛上的迅速升迁就是一例，简直可以用“芝麻开花节节高”来形容。
1997年3月，普京任俄总统办公厅副主任兼监察局局长。
1998年5月，任总统办公厅第一副主任，同年7月起任俄联邦安全局局长。
1999年3月，任俄联邦安全会议秘书，同年8月9日被任命为第一副总理、代总理，8月16日就任总理。
从1996年来到莫斯科，普京每年都要升官。他在莫斯科官场上如鱼得水，所以，我们可以把这个阶段视为他人生中“蛟龙得水”的时期。不过，普京自己并没有这种感觉，他还一度想过离开政府，去开一家律师事务所。那是他担任监察局局长的时候，他觉得工作缺乏创造性，不能激起自己的兴趣。“我有许多朋友都在从事私营工作，他们却是如鱼得水。”
但是，就在这个时期，叶利钦注意到了普京。普京的沉稳干练和没有野心的品格引起了叶利钦的好奇心和好感。普京简单明了的报告被叶利钦称为“范本”，而且他根本不想跟叶利钦套近乎，“与其他助理不同，普京尽量避免同我‘交往’，不愿意陈述自己的构想，发表自己对世界和俄罗斯的看法；他仿佛故意剔除了我们联系中所有的私人因素。正因为如此，我很想跟他谈谈”。普京的表现与那些千方百计要讨得叶利钦欢心，一旦达到目的又迫不及待地要摆脱叶利钦、表现出自己独立性的人截然不同。所以，他才受到了叶利钦的关注。
这个期间，普京也打消了离开政府去开律师事务所的念头，因为他被任命为总统办公厅副主任，主管地区事务。这使他有机会与州长们进行接触，从而与这些位高权重的地方诸侯建立了联系。这是一笔宝贵的资源。而且，他还可以借这个机会在俄罗斯到处走走，开阔自己的眼界，了解地方情况。
普京打动叶利钦的另一个重要原因是他对原上司索布恰克的忠诚和牺牲精神。索布恰克落选之后，他的政敌并不打算就此放过他，他们要把索布恰克彻底打垮，让他没有机会东山再起。1997年10月3日，索布恰克正准备去看医生，就在圣彼得堡的大街上被逮捕了。由于病情危急，他又被送进了医院，但有人说他是在装病。报纸上说索布恰克曾经为医院提供过大笔的贷款，至今都没有归还，所以医院感恩图报，为他出具假的诊断证明，让他逃避审讯。为了证明自己的清白，索布恰克不得不躺在病床上接受记者的采访。但报纸上的说法是，“索布恰克在竭力夸大自己所患疾病的严重程度，以换取同胞们同情的眼泪，这是一出政治骗局。”索布恰克已经被逼入了绝境，不将他置于死地，敌人是不肯罢休的。
下面的故事有两个版本，其中一个是这样的：1997年11月初的一天，普京悄无声息地出现在圣彼得堡，他会见了索布恰克和他的妻子以及主治医生，讨论的结果是将索布恰克转移到国外去接受治疗。11月7日一早，索布恰克被抬上了急救车，送往机场。在那里，一架芬兰的医用飞机正在等待他。办理好手续之后，索布恰克和他的妻子乘飞机飞往巴黎。由于正值国庆日，人们都没有注意到这里发生的一切。所以，直到三天后，人们才察觉索布恰克已经离开了。当时，禁止索布恰克离开圣彼得堡的命令还有效。包括叶利钦在内，很多人都将索布恰克的出走归结为普京的杰作，是他冒着巨大的风险帮助了自己的前上司和恩师。
但普京否认这件事跟自己有关。正在莫斯科工作的他去探望了索布恰克，是索布恰克的朋友用飞机接走了他。不管真相究竟如何，但这件事给叶利钦留下了不可磨灭的印象。“当我得知普京把索布恰克送出国去了以后，我的内心活动非常复杂。他是在拿自己的前途去冒险，可从另外一个方面来说，普京的这一举动又激起了我发自内心深处的尊敬之情。”
当时，年迈多病的叶利钦即将卸任，在选择接班人的时候，他必须面对一个现实的问题，一旦自己下台，那些虎视眈眈的政敌就会像对待索布恰克那样对待自己，甚至更加凶残。即便是在台上的时候，反对派就对他发起了猛烈的攻势。所以，他要选择一个忠诚的人，能够为自己断后的人。“谁将会支持我？谁真正地站在我的身后？突然我醒悟过来了——这个人就是普京。”
1999年7月，索布恰克在俄联邦总检察院撤销了对他指控之后，回到了俄罗斯。几个月后，他在为普京竞选总统奔走的途中，因心脏病突发去世。
1998年夏天，俄罗斯爆发“铁轨大战”，罢工工人切断了铁路线，全国性的骚乱一触即发。叶利钦对时任联邦安全局局长的尼古拉·科瓦廖夫的表现感到不满，于是，他想找人接替科瓦廖夫。叶利钦想到了普京，“首先，他在特工机构里干了不少时间；其次，他有非常丰富的管理经验。但最主要的是此人既对民主和市场改革很有兴趣，又是一位坚定的爱国主义者，总是以国家利益为重。对于这一点，我了解他的时间越长，越是坚信不疑。”
普京被任命为联邦安全局局长，叶利钦本想给他将军的军衔，但普京拒绝了。普京说：“为什么？1991年8月20日我就从特工机关退役了。我是一名文职人员。强力部门由非军人领导，这一点很重要。如果您同意，我将保留预备役上校的头衔。”
普京对联邦安全局进行了重组，任命自己在安全部门和列宁格勒工作时的同事——谢尔盖·伊万诺夫、亚历山大·格里高利耶夫、尼古拉·帕特鲁舍夫为副手，解除了一些人的职务。针对即将爆发的骚乱，普京发表了强硬的声明，以至于有人高呼：“‘警察国家’的时代又来了！”
在解除总检察长尤里·斯库拉托夫职务的问题上，普京再次证明了自己的忠诚和在道德问题上的严肃立场。1999年3月26日，俄罗斯电视台播出了一段视频，一名长相酷似斯库拉托夫的人与两名妓女肉搏，后来经过鉴定，这个人就是总检察长斯库拉托夫。围绕解除斯库拉托夫职务的问题，以莫斯科市长尤里·卢日科夫为首的地方诸侯与叶利钦激烈对抗。由他们组成的联邦委员会（议会上院）投票反对斯库拉托夫辞职。叶利钦的权威面临挑战。
叶利钦将斯库拉托夫、总理普利马科夫和联邦安全局局长普京叫到了一起。斯库拉托夫声称自己受到了迫害，有一家名为“马贝泰克斯”的公司向叶利钦的亲信、普京过去的上司——总统事务管理局局长博罗金行贿，而他正在调查这起案件。他对叶利钦说：“鲍里斯·尼古拉耶维奇，如果让我留在总检察长的位子上，那您就不必担心‘马贝泰克斯’这个案子，它完全处于我的控制之下。”
叶利钦被他的威胁激怒了。“与‘马贝泰克斯’案有什么关系？如果这个案子应该调查，那就采取一切必要措施去调查吧。我们现在说的完全是另外一件事，尤里·伊利奇。发生了这种事，我认为您不适合再留在总检察长的位置上了。我不会跟您吵架，也不会规劝您。写申请吧！我不会再和您一起工作了。”
斯库拉托夫转而向普利马科夫总理求助，“叶甫根尼·马克西莫维奇，您倒是跟鲍里斯·尼古拉耶维奇说说啊！”
普利马科夫沉默良久，最后说：“如果鲍里斯·尼古拉耶维奇对我说不想同我一起工作，我会不假思索地离开。您应当辞职。尤里·伊利奇。”
斯库拉托夫咆哮起来，“叶甫根尼·马克西莫维奇，您出卖了我”。
普京虽然没有发言，但他赞同让斯库拉托夫辞职的决定，“如果我认为我的个人行为有悖于我的专业职责，我当然要辞职。我认为总检察长一职与这种丑闻是不相称的”。几天后，普京召开了一个新闻发布会，指责斯库拉托夫的行为让总检察长这一职务的诚信和尊严遭到了玷污。经过激烈的斗争，斯库拉托夫被解除了总检察长的职务。
从另一个角度说，普京为他的老师索布恰克报了“一箭之仇”。斯库拉托夫曾经是迫害索布恰克的积极分子。
鸿鹄高飞，一举千里
从1999年8月担任俄罗斯总理开始，普京——俄罗斯的神龙开始一飞冲天。此后的十几年时间里，他一直是俄罗斯政坛上最耀眼的星辰，让其他人都黯然失色。未来十几年的时间里，他将继续主宰俄罗斯政坛，至于是光芒不减还是渐趋黯淡，最后是功德圆满地离场还是无可挽回地陨落，我们拭目以待。
从1996年8月来到莫斯科到1999年8月担任总理，“在这三年的时间里，普京在权力的金字塔上快速而又悄无声息地攀升。在其他声名显赫的觊觎高位者正美化自己或正在盘算着成功机会的时候，弗拉基米尔·普京正迅速地往上攀升。很多人对此居然没有察觉。甚至在1999年3月29日，弗拉基米尔·普京被任命为国家安全会议秘书同时兼任联邦安全局局长的时候，他们还是没有注意到。”
直到普京担任总理的那一刻，其他人才恍然大悟，原来这个不起眼的小个子才是真正的竞争对手，可是，等他们明白过来的时候，一切都已经晚了。“鸿鹄高飞，一举千里；羽翼已就，横绝四海。”不鸣则已，一鸣惊人，正是普京的处事风格。
按照叶利钦的说法，1999年5月，在解除普利马科夫的总理职务之后，他就已经做好了将权力移交给普京的准备。不过，他认为不应该过早地将普京推上政治斗争的舞台，“他应该出现得更晚一些。政治助跑的时间太短了不好，太长了可能更糟”。所以，他提名谢尔盖·斯捷帕申担任总理，作为一个过渡性的人物。没有人知道叶利钦的计划，包括普京在内，因为他打算在选战进行到高潮的时候让普京突然出现，“此时他坚定而强硬的性格才能够完全发挥效力”。
从那时起，叶利钦就把普京作为一名继承人了。“我不只是打算给他一个‘职务上的升迁’，而且想把权力交给他，把自己最重要、最珍贵的东西——政治遗嘱交给他。”
1999年8月5日，叶利钦把普京叫到了自己的办公室。叶利钦解释了当前的严峻形势——车臣非法武装又在北高加索地区兴风作浪，国内通货膨胀严峻，国家杜马（议会下院）的选举即将举行，各种政治势力蠢蠢欲动。然后，他告诉普京：“弗拉基米尔·弗拉基米洛维奇，我将提名您担任总理。”
普京专注地听着，没有发表自己的看法。叶利钦继续说：“这还没完，您大概想象得到，为什么我必须解除你前任的职务。斯捷帕申是您的朋友，他也是圣彼得堡人，可我们现在需要考虑另外一件事情。您应该表现得很有分寸、很沉着，但同时要非常坚决。唯有如此，您才能在社会上建立威信，赢得议会选举的胜利。”
“在选举中我们将依靠谁呢？”普京问道。1996年索布恰克争取竞选连任的痛苦过程和最后的失败让普京记忆犹新，他对选举问题很敏感，甚至是抵触。
“我不知道，我们将建立一个新的政党。作为有史以来与议会斗争最激烈的人，我很清楚，您多么需要在国家杜马中得到坚定的支持。但最重要的还是您自己的政治资源、您的社会形象。没有必要人为地去塑造它，但也不要忽略了这个问题。”
沉思片刻之后，普京说出了自己的心结。“我厌恶选举前的那些争斗，非常不喜欢。”
“可您必须进行斗争。最重要的是，您要有坚强的意志、坚定的信念和坚决的行动。”
“您让我做什么工作，我就做什么工作。”普京干脆地说。
“如果是最高职位呢？”叶利钦试探道。
普京愣住了，很长时间没有说话，对他来说，这一切发生得太突然了。“鲍里斯·尼古拉耶维奇，我不知道。我还没有做好准备。”
“考虑一下，我相信你。”
任命普京为总理的决定掀起了轩然大波。俄罗斯私有化之父丘拜斯找到普京，警告他说：如果普京接受这一任命，他将遭到沉重的打击。理由是，普京在俄罗斯政坛上是无名之辈，没有人知道他是谁。所以，他建议普京自己拒绝任命，这比将来被迫下台要好得多。普京毫不犹豫地回绝了丘拜斯的提议，“抱歉，这是总统的命令。我应该执行命令。如果您处在我的位置上也会这样做的”。
丘拜斯仍然不甘心，他会见了叶利钦的亲信，威胁说：解除斯捷帕申的职务会被看做是克里姆林宫彻底瓦解的标志和政治上的垂死挣扎。大家会以为总统发疯了。国家杜马、联邦委员会会趁机发动进攻，爆发大规模的游行。“你们还记得‘铁轨大战’吧？那可是一呼百应啊！被惹恼的卢日科夫（莫斯科市长）会号召成千上万的人走上红场。”
叶利钦和普京都不为所动。1999年8月9日，叶利钦发表电视讲话，“今天我作出了解散斯捷帕申政府的决定。根据宪法，我提请国家杜马批准弗拉基米尔·弗拉基米罗维奇·普京为俄罗斯联邦政府总理。我相信，由普京担任总理，将使国家受益，俄罗斯人民将对普京的品格和作风作出高度的评价。我希望，在2000年7月将到选举站作出选择（总统选举）的俄罗斯人同样相信这一点”。
任命普京为总理后，俄罗斯的政治家反应强烈：
莫斯科市长卢日科夫说：“这简直是政坛怪事！”
前副总理涅姆佐夫说：“这是丧失理智的行为！”
苏共主席久加诺夫说：“该去医院！”
俄罗斯《总结》杂志在总统大选前发表了一篇恶毒的评论：“鲍里斯·叶利钦从自己换来换去的一堆平庸属下里，拖出一个矮小难看的联邦安全局局长，并宣布他为自己的接班人。这个毫无超凡脱俗能力，也无一点个人魅力，在人们的记忆中留不下一点痕迹的晦暗人物，他能做成什么？”
但形势的发展出人意料，仅仅几个月之后，这些人就开始抽自己的嘴巴了。普京让政坛故事变成了不折不扣的政坛奇迹。
英雄诞生在战火中
普京当选总理的支持率由8月份的2%增加到9月底的15%，被社会学家评价为不寻常的增长；到10月底，普京的支持率提高到25%，人们称之为“史无前例的增长”；等到11月底，当普京的支持率达到40%时，几乎所有观察家和政治学家都说，政府总理的支持率“超越现实的高度”，再不可能提高了；但是，12月份，当国家杜马选举结束后，普京的支持率已增长到接近50%。这么高的支持率在俄罗斯现有的政治家中还尚未出现过。当普京的支持率达到更高的70%、80%的时候，没有人说话了，所有的人都习惯了。
这样的奇迹是怎样出现的？回答是“车臣战争”。战场是一个容易产生英雄的地方。一个无名之辈可以凭借赫赫战功在一夜之间成为人们心目中的偶像和神祇。普京就是这样的幸运儿。本节的内容可以回答我们在“引子”里提出的普京是不是“战神”的问题。
车臣问题的由来：车臣共和国位于北高加索，面积1.5万平方公里，人口120万。19世纪，车臣并入俄国版图。1944年，苏联政府以与德国人合作为由，将车臣人全部迁徙到中亚地区。车臣人曾经发动武装暴动，但遭到镇压。后来，车臣人被允许返回故乡，恢复了车臣共和国。
1991年，杜达耶夫当选为车臣总统，宣布脱离俄罗斯联邦独立。联邦政府在尝试和平解决车臣问题的努力失败后，于1994年发动了第一次车臣战争。帕维尔·格拉乔夫将军声称：在几天时间内，动用几个空降团就能解决车臣问题。但当时正值俄罗斯大幅裁军，军费锐减，部队士气低落，战斗力下降，加上国内反战情绪高涨，俄军缺乏准备，仓促上阵，轻敌冒进，导致车臣战争久拖不决，俄军伤亡惨重。进攻格罗兹尼的战斗中，一夜之间就有上千俄军阵亡。
虽然俄军占领了格罗兹尼，控制了车臣90%的领土，但未能消灭车臣叛匪。车臣叛匪退入山地，继续与俄军周旋。1996年4月，匪首杜达耶夫利用移动电话与人通话时被俄军锁定，用导弹将其击毙。但车臣叛匪仍在负隅顽抗。7月底到8月初，隐藏在山区的几千名车臣叛匪化整为零，分成几十个大队，突袭平原地区，在2～3天的时间里就夺回了格罗兹尼、古杰尔梅斯、阿尔贡三座车臣主要城市。
由于战场形势突然逆转，在国内政治压力和大选逼近的情况下，联邦政府被迫与车臣签订了停战协议，俄军撤出车臣。
第一次车臣战争后，车臣匪帮气焰嚣张，在分裂的道路上越走越远。车臣及其周边地区的形势日益恶化，数以千计的俄罗斯人和外国人遭到绑架，其中包括俄罗斯总统驻车臣全权代表。1999年3月5日，俄罗斯内务部驻车臣全权代表什皮贡将军在格罗兹尼乘坐飞机，准备飞往莫斯科。在飞机即将起飞的时候，匪徒在众目睽睽之下将他从飞机上抓走。
1999年8月，普京被任命为总理的同时，车臣叛匪在沙米尔·巴萨耶夫的带领下入侵达吉斯坦，他们的目的是占领达吉斯坦，组建大车臣国，脱离俄罗斯联邦独立。刚刚担任总理的普京意识到了形势的严峻程度，“我8月份对局势的看法是，当时叛匪正进攻达吉斯坦，如果不马上制止他们，俄罗斯将不复存在”。
他内心深处那种战士的本能被激发了出来，普京把自己的历史使命定位为解决北高加索问题，阻止国家崩溃。当时的普京以为自己很可能像前任一样，干几个月就得下台，他根本没有考虑将来可能当总统的问题，而是准备以牺牲自己的政治前途为代价，平息叛乱、消灭叛匪，彻底铲除这个长在俄罗斯心脏上的毒瘤。他对自己说：“没关系，我还有时间——两三个月，或许是四个月——彻底捣毁叛匪的巢穴，以后他们就不再烦我了。”
普京所做的第一件事就是请求叶利钦赋予他指挥军事行动，协调各强力部门工作的全权。叶利钦全力支持他的工作。“在短短几周之内，几乎全当着我的面，普京便扭转了我们强力部门的工作局面。他每天都召集这些部门的领导到自己的办公室，一次次要求这些强力部门的领导者将所有资源凝聚成一股力量。”
普京与国防部、总参谋部、内务部的负责人天天开会，力求打破部门之间的隔阂。“军队不知道内务部在干什么，联邦安全局见谁说谁的不是，自己不承担任何责任。”普京强调：“我们必须变成一个团队、一个有机体。这样我们才能取得成功。”强力部门之间的协调为战争胜利提供了有力的保障，不管是在达吉斯坦还是在车臣，军队和内务部队之间没有发生过一起因行动不协调而导致人员无谓伤亡的严重事件。部队之间配合默契、步伐一致，捏成了一个坚硬的拳头，狠狠地打击叛匪。
普京发布命令，大幅提高参战将士的津贴。这个措施有力地鼓舞了部队的士气。经过激战，入侵达吉斯坦的车臣叛匪遭到沉重打击，1000多人被消灭，残部退回了车臣。在达吉斯坦的战斗中，俄军表现出高昂的斗志和不怕牺牲的无畏精神。
俄罗斯英雄、侦察连指挥官亚历山大·利诺维奇·斯捷尔扎科夫中校指挥他的连队占领了达吉斯坦恰班山的制高点。一群叛匪凭借迫击炮和枪榴弹的掩护以及狙击手的支援，向他们的阵地发动了猛攻。经过四个小时的激战，侦察连41名士兵受伤、3人牺牲。斯捷尔扎科夫中校指挥部下突围，在保证所有的伤员安全撤离的情况下，还要把牺牲者的遗体带出战场。他用冲锋枪不停地扫射，将敌人的注意力吸引到自己身上，以掩护部队撤退。直到全部人员安全地离开战场后，斯捷尔扎科夫中校才最后撤离。他奇迹般地回来了。
车臣叛匪展开了疯狂的报复行动：
8月31日晚，位于莫斯科市中心的马涅什地下商场发生爆炸，造成40多人伤亡；
9月4日晚，达吉斯坦布伊纳克斯克市一栋俄罗斯军官楼发生爆炸，64人死亡，120人受伤，多数为妇女儿童；
9月9日晨，莫斯科古里亚诺夫街的一栋居民楼发生爆炸，93人死亡，300多人受伤；
9月13日晨，莫斯科卡什尔公路旁的一栋居民楼发生爆炸，整栋大楼被夷为平地，100多人死亡；
不久，伏尔加顿斯克的一栋居民楼发生爆炸，100多人伤亡。
接连不断的爆炸造成极大的恐慌，晚上人们不敢睡觉，而是轮流在大楼周围值勤。一些人逃到了乡村避难，投奔亲友，甚至是跑到独联体的其他国家。经过调查，这些爆炸案都是车臣叛匪发动的恐怖袭击。俄罗斯人同仇敌忾的勇气被激发出来，他们主动站出来保卫自己的生命财产，保卫国家。内务机关、联邦安全局、民防和居民自愿组成的纠察队对所有的交通工具、空置的场所、地下室和顶层阁楼进行了拉网式排查，一些蓄势待发的恐怖袭击被制止了。
普京发表了强硬的声明，称第一次车臣战争中签订的停战协议是错误的，必须用武力彻底消灭车臣叛匪。但由于很多人对第一次车臣战争的失败心有余悸，坚决反对发动第二次车臣战争。普京的几位前任——切尔诺梅尔金、基里延科、普利马科夫、斯捷帕申都反对这么做。不过，最终的决定是由普京作出的。普京的名言——“哪里有叛匪就在哪里消灭他，如果在厕所里发现匪徒，就直接把他塞进茅坑里”，广为流传，让俄罗斯军民的精神为之一振。
后来有人对普京说，叛匪已经多次宣判他的死刑。普京蔑视地回答道：“我不会害怕他们的威胁。这就好像是跟一条狗打交道。一条狗能感觉到什么时候别人怕它，然后就冲上去咬一口。这个道理在车臣同样适用。如果你战战兢兢的，他们就会以为自己比你强大。在这种情况下只有一种办法是有效的——继续打击。你必须先发制人，将对手狠狠打倒在地，让他再也站不起来。”
战争开始前，谣言满天飞。有人说，一系列爆炸案都是俄罗斯特工的杰作，为的就是给车臣战争提供借口。还有消息说，1999年夏天，总统办公厅主任亚历山大·沃罗申和俄罗斯寡头鲍里斯·别列佐夫斯基分别乘飞机和快艇抵达法国蓝色海岸，在阿拉伯富豪的别墅内与沙米尔·巴萨耶夫举行会谈。后来，沃罗申的名字又换成了“普京”，地点则改成了西班牙。双方商定：共同发动战争，让普京取得胜利，帮助他登上总统宝座。
根据普京的决定，车臣的铁路和航空运输被切断，石油和天然气管道被关闭，能源运输和通讯联络中断。车臣的机场、军事基地、交通枢纽、燃料库、桥梁和道路遭到猛烈的轰炸。俄军在车臣边境集结，战争一触即发。汲取了第一次车臣战争中俄军伤亡惨重的教训，给军队的命令是“可以不吝惜弹药，但一定要减少伤亡”。
10月，第二次车臣战争打响，俄军充分发挥自身的火力优势，利用炮火开道，大量使用高科技武器，摧毁车臣叛匪的基地和工事，消灭其有生力量，稳扎稳打、步步为营。同时配合使用特种兵的空降、渗透、奇袭、突击战术，精锐的特种兵作战小分队在夜色和浓雾的掩护下从天而降、神出鬼没。1999年10月8日那天，俄军的一支特种小分队秘密潜入敌人营地，一举擒获通缉了一年的恐怖分子头目哈奇拉耶夫。有效的战术最大限度地降低了俄军的伤亡，甚至实现了“无伤亡”推进。俄军没有强攻车臣叛匪构筑的堡垒，而是绕过它们，摆出在开阔地带交战的架势，迫使害怕被包围的叛匪撤退。俄军几乎是兵不血刃地强渡捷列克河，占领了车臣第二大城市古杰尔梅斯。
与第一次车臣战争中的轻敌冒进相比，俄军谨慎稳妥的战术发挥到了极致。作战前，俄军甚至要进行军事演习，每个阶段的战役结束之后，要总结经验教训，肃清残敌，并对敌我双方的兵力对比进行评估，还要充分考虑车臣居民的立场以及舆论环境的变化等因素。
在第二次车臣战争中，俄军的表现与第一次车臣战争判若两人。媒体发出了这样的疑问：“这些自信的、训练有素、装备精良的士兵和军官们是从哪儿一夜之间冒出来的？就连那些8月份还对俄军的作战能力持怀疑态度的记者们，现在也承认他们是已经调试好的‘军事机器’，那以前这十万大军都躲在哪里睡大觉呢？从哪弄出来三位将军——维克多·卡赞采夫、根纳季·特罗舍夫和弗拉基米尔·沙马诺夫？尽管他们看起来有些粗鲁，但却非常内行并具备专业精神，他们分别从北、西和东三个方向层层推进，在有生力量和武器遭受最小损失的情况下，在秋末时控制了车臣60%的领土。”
不过，在叶利钦的心目中，还有另一位将军，一位更加出色的将军。“我们的某些将军有点不尽如人意，缺少一些重要的东西，也许是高尚的气度、文化修养、某种内在的精神支柱。可是军队是社会状况的晴雨表，在俄国更是如此；在俄国，军队简直就是石蕊试纸。我期待着不同于其他将军的新型将军的出现。说得更准确一些，我期待着与我在少年时期从书本上看到的将军形象相似的将军出现，我期待着……
“岁月流逝，然而这样的将军没有出现。
“但是，在他出现之后，整个社会突然清晰地感受到我们军人真正的、大无畏和高度职业化的特点。
“这位‘将军’就是……弗拉基米尔·普京上校。”
1999年10月20日，在俄军控制了捷列克河上游之后，普京“将军”乘坐苏-24歼击机来到前线，慰问受伤官兵，视察士兵食堂，鼓舞军心。
在对车臣叛匪进行毁灭性打击的同时，普京采取了富有远见的政治手段，以政治军事两手相互配合来解决车臣问题。他接见了车臣穆夫提（伊斯兰教教职，意为“教法解说人”，职责是在诉讼中提出法律意见，作为判决依据）艾哈迈德·卡德罗夫。在俄军控制的地区，重新组建的地方政权的领导人都由当地人担任。
1999年12月，俄军完成了对车臣首都格罗兹尼的合围。解放格罗兹尼的战斗持续了两个月。俄军在熟悉格罗兹尼街道和地下工事的车臣民兵的配合下，一个街区挨着一个街区，一栋楼房接着一栋楼房地清剿叛匪。民兵一旦发现叛匪的藏身之处，立即通知俄军，俄军用武装直升机和大炮进行攻击，避免正面交火和人员伤亡。直到12月31日晚，俄军击毙了巴拉耶夫等七名叛军指挥官。
12月31日，叶利钦辞去总统职务，由普京担任代总统。普京在参加完权力交接仪式之后，就带着妻子飞往前线。他们先飞到达吉斯坦首都马哈奇卡拉，然后换乘直升机飞往车臣第二大城市古杰尔梅斯。由于能见度太低，在新年到来前20分钟，直升机掉头往回飞。普京和妻子、随行人员在直升机上面打开了香槟，总共只有两瓶，而且没有杯子，大家就不拘小节地对瓶吹。
回到马哈奇卡拉后，他们换乘几辆汽车，驱车前往古杰尔梅斯。凌晨的时候，一行人终于赶到了目的地。前线的士兵们满脸惊讶的神色，代总统真的来到前线与他们一起过新年了。普京为士兵们颁发勋章，并把刻有“俄罗斯总理敬赠”的猎刀送给将士们。在这俄军驻地待了一个小时之后，普京一行驱车返回，仅仅几个小时之后，他们经过的路上就遭到了轰炸。
2000年1月18日清晨，俄军发动了对格罗兹尼的总攻。在警察部队和车臣民兵的配合下，俄军从三个方向向市中心广场推进。叛匪凭借在地面和地下构筑的工事、楼与楼之间的地下通道以及雷区，与俄军展开了激烈的巷战。俄军攻打罐头食品厂的战斗异常激烈。叛军封死了楼房的窗口，在大楼里埋伏了很多狙击手，通过一个个隐蔽的射击孔射杀俄军。他们在炸断的楼梯上上蹿下跳，殊死抵抗。俄军经过激战，攻克了罐头厂和公路桥，将河两岸叛军的联系切断了。
巴萨耶夫领导的叛匪见大势已去，决定突围。对此，俄军早有准备，如果你用力挤压水管，水管最薄弱的地方就会爆裂，里面的水就从这个地方汹涌而出。所以，俄军在叛匪可能突围的地方设好了埋伏，各种重武器严阵以待，叛匪突围的路线上遍布地雷。巴萨耶夫的外号是“高加索之狼”，这次伏击作战就被称为“捕狼行动”。
2000年1月28日深夜到29日凌晨，3000多名叛匪在巴萨耶夫的带领下从阿尔汉—卡拉村突围。在俄军炮火的猛烈攻击下，叛匪伤亡惨重，开始溃散。在俄军短火力的密集射击下，叛匪踏入地雷阵，被炸得血肉横飞。巴萨耶夫本人也被地雷炸掉了一只脚，双手和头部都负了伤。这一战击毙和俘虏的叛匪数以千计。
2月4日，俄军战士将俄罗斯三色国旗插上了车臣“总统府”。
围攻格罗兹尼的战役结束后，第二次车臣战争的中心转移到车臣南部的山区。这里是车臣武装分子最后的巢穴。在第一次车臣战争中，俄军在山区的围剿作战中就付出了惨痛的代价。
早在1999年12月中旬，精锐的俄军边防军和伞兵部队就空降到了与格鲁吉亚边境接壤的阿尔贡峡谷坡地上，摧毁了车臣叛匪设在那里的营地和哨所，切断了车臣境内唯一一条与外界联系的战略通道。叛匪的援军过去就是通过这条通道来车臣参战的。
2000年2月初，格罗兹尼战役结束后，俄军控制了阿尔贡峡谷通往平原地区的出口，关闭了“狼门”，扎紧了围剿山区叛匪的口袋。此时，在车臣山区盘踞着4000～6000名叛匪。他们主要集中在沙托伊村地区。俄军的空降部队控制了沙托伊村周围的制高点，2月底，经过密集的空中轰炸和炮击，俄军攻占了沙托伊村。
俄军指挥官对外宣布，在车臣山区展开的大规模军事行动已经结束，有组织、成建制的车臣叛匪武装已经被消灭。实际上，虽然此战歼灭了200多名车臣叛匪，但叛匪主力并没有被消灭，而是成功突围，试图返回车臣平原地区。
2月29日深夜至3月1日凌晨，在第76空降师的防线上发现了1000多名叛匪组成的大部队。该师104团所属的只有90多人的一个连与叛匪发生了遭遇战。战士们一直坚守到次日清晨，增援部队赶到时，该连的官兵几乎全部壮烈牺牲。
另外一支1000多人的叛匪武装突围后，下山占领了一个大居民点——共青团员村。俄军将其包围，经过20多天的激战，除了少数叛匪突围逃回山区外，大部分被击毙或被俘。经过这两场鏖战，车臣战争的大规模军事行动宣告结束，俄军以阵亡2000人、伤6000人的代价赢得了战争的胜利。叛匪的伤亡不少于1.5万人。
2000年3月20日，在总统大选前夜，普京作为副驾驶，驾驶苏-27歼击机飞临格罗兹尼，参加一个在战争中战功卓著的空降团的送别仪式。人们注意到，普京没有带保镖，他听取了指挥官的汇报，与士兵们座谈。普京告诉大家，在视察俄罗斯军队的时候，他不需要保镖。普京的话让将士们心潮澎湃。
俄军之所以能够赢得第二次车臣战争，除了最高统帅普京给予的坚定有力的支持，调度有方、指挥得力，俄军战略战术得当，士气高昂、作战英勇等因素外，军队自身的改革和战斗力的提高也是不容忽视的重要因素。第一次车臣战争的失利让俄罗斯军队痛定思痛、奋发图强。各个军区和兵种都建立了常备作战部队，资源优先保障常备作战部队的需要。正是这些训练有素的常备作战部队构成了第二次车臣战争的主力，他们的战斗力不是刚刚入伍、缺乏作战经验的新兵可比的。前面提到的媒体的疑问——“这些自信的、训练有素、装备精良的士兵和军官们是从哪儿一夜之间冒出来的？”在这里可以得到解答。
对于普京在车臣战争中的迅速崛起，不同的人有不同的评价：
“达吉斯坦战斗的开始阶段应该被认作是弗拉基米尔·普京‘星光闪耀’之时。经过多年的等待之后，普京成为了‘英雄’事业的领袖。而后，在全国人民中出人意料地引起了巨大的反响。一个瞬间，新总理成为历史性的人物，他把俄罗斯的全部爱国者都团结在自己的身边。”——亚历山大·戈洛夫科夫
“身为一名政治家，俄罗斯的第二任总统完全是靠鲜血和肮脏的车臣战争起家的。正是利用了高加索战争作为最普遍的选举技巧，弗拉基米尔·普京才避免了使用过去选举中常常采用的肮脏手法。”——亚历山大·戈尔茨
从1999年8月到2000年3月，伴随着车臣战争的胜利和车臣叛匪、恐怖分子被消灭，普京从一个无名之辈一跃而成为俄罗斯的民族英雄，俄罗斯政坛上威望如日中天、其他人只能仰望的政治家。正如叶利钦所说，“普京之所以受到欢迎，主要是因为他给了人们希望和信心，让大家感受到安宁，感受到自己处于保护之下。”“普京使俄罗斯摆脱了恐惧，俄罗斯对他报以深深的感激。”
会当凌绝顶
俄罗斯人民对普京的感激之情表现为，让他和支持他的政党在议会和总统选举中大获全胜。普京登上了权力金字塔的塔尖，也是他人生的最高峰。
1999年12月，俄罗斯举行国家杜马选举。叶利钦和普京都非常关注这次选举。叶利钦自认为是有史以来与议会冲突最激烈的人，在他的任内，曾经发生过“炮打白宫（议会大楼）”这样闻所未闻的事件。1999年5月，俄共在国家杜马提出叶利钦的弹劾案。由于俄共是国家杜马第一大党，对叶利钦处处掣肘，让叶利钦不胜其扰、焦头烂额。
能否在议会中拥有支持自己的政党，有效地制衡俄共反对派，是实现政局稳定，顺利地推行各项方针政策，实现经济社会有序发展的关键所在。当时，由前总理普里马科夫和莫斯科市长卢日科夫领导的“祖国—全俄罗斯”联盟势头正劲，咄咄逼人，让叶利钦忧心忡忡。“这架二轮马车（普里马科夫和卢日科夫）在国家杜马选举中有可能获得振聋发聩的优势（普里马科夫与共产党人达成妥协），那么未来的总统选举将失去意义。他们能够取得修改宪法的2/3多数，完全合法地表决通过任何一个宪法修正案，包括修改国家的总统制政体。”
于是，组建支持总统和政府的政权党成为迫在眉睫的要务。一个中间力量联盟建立了起来——“团结”联盟。仓促间组建的“团结”联盟既没有明确的纲领和清晰的组织结构，也没有公认的领袖。这个政党唯一的资源就是来自于威望如日中天的普京的支持。当记者询问普京在议会选举中将支持哪一个党的时候，普京明确地回答说：“只有一个党明确地、一心一意地支持我们的方针，那就是‘团结党’。”普京出席了“团结”联盟的竞选大会，以自己的实际行动支持刚刚成立的政权党。
起初，一些人坚决反对普京支持“团结”联盟。在他们看来，“普京不应该把自己的政治资源浪费在支持一个刚刚成立的、前途尚不明朗的政党上。他应该远离议会选举斗争。因为他是全体国民未来的总统，而不是某一小部分人的总统”。他们预言，如果普京支持“团结”联盟的话，明年3月份总统选举的时候，普京的支持率将不再是50%，而是5%。
可是，让他们大跌眼镜的是，这个草草组建的中间力量联盟竟然在国家杜马的选举中赢得了23%的选票，仅比俄共少1个百分点。原来被看好的“祖国—全俄罗斯”联盟屈居第三，获得了13%的选票。这样一来，“团结”联盟一跃而成为议会第二大党。国家杜马的力量格局发生了重大变化，作为反对派的俄共等左派力量失去了过去的优势，想要继续牵制总统就没有那么容易了。
看到这样的选举结果，叶利钦悬着的心终于放了下来。“弗拉基米尔·普京赢得了巨大的信任。实际上，12月份的时候人们就已经选出了未来的总统，因为他们支持‘他的’党派，虽然他不是这个党派的领袖，只是对它表示了支持。”叶利钦终于可以放心地移交自己的权力了，因为他找到一个强有力的、可以信赖的接班人。
在国家杜马选举前的几天，叶利钦与普京谈了一次。叶利钦告诉普京，自己准备在新年前辞职，让他担任代总统。这个消息完全出乎普京的意料，他对叶利钦说：“鲍里斯·尼古拉耶维奇，说实话，我不知道自己是否做好准备了，也搞不清楚自己是不是愿意接受，这将是非常困难的使命。”
普京的反应让叶利钦感觉有些沮丧，但他非常耐心地劝说普京接受这项使命，他讲述了自己的经历，“我来这里之前，也有过别的计划，结果生活最终走向了这里。我并不是非要来这里不可，可是环境迫使我为总统职位而战。在我看来，你的命运正迫使你作出决定。我们的国家没有那么大，你可以管理”。
普京回答说：“俄罗斯非常需要您，鲍里斯·尼古拉耶维奇。您给了我很大的帮助……或许，在任期届满的时候离开更好一些？”
过了一段时间，叶利钦望着普京的眼睛，问道：“你还没有回答我呢？”
“我同意！”这次普京作出了干脆的回答。
1999年12月31日，叶利钦发表了电视讲话：
今天，我最后一次向你们致新年贺词。但这不是全部，今天还是我作为俄罗斯总统最后一次向你们致辞。
我作出了决定，对于这个决定，我长时间、痛苦地反复斟酌。今天，在本世纪的最后一天，我将辞职。我必须这样做，跟俄罗斯一起迈进新千年的应当是新的政治家、新的人物，聪明、强健、精力充沛的新人。而我们这些已经执政多年的人，是时候引退了。
当我看到在国家杜马选举中，人们满怀希望和信任，把选票投给新一代政治家的时候，我知道，我已经完成了一生中主要的事业。我将辞职，我已经做了自己所能做的一切，接替我的是新的一代，是能够做得更多做得更好的一代。
按照宪法，我在辞职的时候签署了命令，把俄罗斯总统的职权授予总理弗拉基米尔·弗拉基米罗维奇·普京。未来3个月的时间里，依据宪法，他担任国家元首。3个月之后，将举行总统大选。我对俄罗斯人杰出的智慧深信不疑，因此，我毫不怀疑在2000年3月将作出怎样的选择。
在讲话中，叶利钦恳请俄罗斯人民原谅他，因为有些事情他想做，但却没能做到；他想用一次飞跃，以“正常的文明”代替集权社会，但没有成功。
完成了权力交接仪式后，叶利钦离开克里姆林宫。他对送行的普京说了一句“请珍爱俄罗斯！”
普京担任代总统后签署命令，“已经终止职权的俄罗斯联邦总统享有不受侵犯的权利……不能对其提起刑事和行政诉讼；此人不受拘留、逮捕、搜查、审讯或私人调查……”命令还赋予叶利钦的生活全面的保障，包括使用交通工具和警卫的权利；使用车站和机场专门的会议厅会见官方客人和代表团的权利；使用政府专用通讯线路的权利，等等。叶利钦这回可以放心地退休了。
不过，普京对总统办公厅的人事安排进行了调整。他解除了女儿塔季扬娜·季亚琴科的总统形象顾问职务；普京过去的上司——总统事务管理局局长博罗金调任俄白联盟秘书，因为他牵涉到“马贝泰克斯”建筑公司的受贿丑闻。普京的一些亲信被安插到了总统办公厅——德米特里·梅德韦杰夫、维克多·伊万诺夫、伊戈尔·谢钦、弗拉基米尔·科任。两个时代的交替开始了。
2000年3月26日，普京在总统大选第一轮投票中便以53%的得票率轻松胜出，当选为俄罗斯联邦总统。
2000年5月7日，普京的总统就职仪式在克里姆林宫安德列耶夫大厅举行。除了联邦委员会全部成员、国家杜马代表、宪法法院法官、政府组成人员、高级将领、东正教大牧首等贵宾外，还有一些特邀的贵宾参加了他的就职典礼。其中有前苏联总统戈尔巴乔夫、克格勃最后一任主席克留奇科夫、莫斯科市长卢日科夫、前总理普里马科夫、俄共主席久加诺夫、亚博卢集团领袖亚夫林斯基，还有他的老师薇拉·古列维奇、教练阿纳托利·拉赫林、在安德罗波夫红旗学院进修时的教官米哈伊·弗罗洛夫、他在圣彼得堡工作时的秘书玛丽娜·扬塔尔兹谢娃。
面对满堂的贵宾，尤其是那些熟悉的面孔，普京心潮澎湃、感慨万千。他们陪伴自己走过了人生不同的阶段，一直走到了今天（普京的父母已先后去世）。有的人在他少年时代就教导过他，有的人在他开始自己的特工生涯后培养过他，有的人在他走上政坛后帮助过他。这些人见证了普京的人生轨迹，一直看着他登上权力的顶峰。他们为普京而自豪，普京也有足够的理由为自己感到自豪。
普京讲述过他成为代总统时的心情——“我开始以代总统的身份工作时，感到一种满足……可以独立地做决定，知道自己是最后的屏障，许多事情都依赖自己。责任在我身上，我从责任感中得到快乐。”此刻，作为新一届俄罗斯总统，他的心情同样激越。
普京的就职演说铿锵有力——“我们的共同目标是让俄罗斯成为自由、繁荣、富裕、强大的文明国家，成为公民为其自豪和受世界尊敬的国家。”
正如普京当初对叶利钦说过的，这是困难的使命，是充满了挑战的命运。他即将踏上的是漫长的、跌宕起伏的征程，在未来的世界里，他可以建立赫赫功勋，也要面对艰难的局面和更大的压力。随着他的人生翻开了新的一页，俄罗斯也在告别20世纪末动荡不安的十年，走向一个新的时代。
早在1993年的时候，俄罗斯的《对话》杂志刊登了一篇题为“后叶利钦时代需要怎样的领导人？”的文章，作者弗拉基米尔·维尤尼茨基写道：俄罗斯及它的公民、未来的选民期待一名被整个社会接受的领袖，他不应当仅仅是某一个政党的代表，还应该受到大多数人的支持。他应该是一位享有政治声望的人，不仅赢得了人民理智上的承认，还得到大家感情上的认同。最大的可能是，他的成就不仅来自某一政党或者阵营，而是并非单纯地代表某些政党和组织的声音、大规模的群众运动推举的候选人。换言之，可以预见的是奉行民族和谐和妥协政策的人将赢得胜利。从政治策略的角度看，他应该是积极意义上的波拿巴主义者，在各种政治力量之间保持平衡，借助人民信任投票来化解人民之间的恐惧。通过以上这些措施，新的政治领袖将在‘威权民主’（即在保持民主传统和价值的同时，建立强势的国家政权，强化对国内经济和社会发展进程的控制）的旗帜下，建立由国家元首掌控的垂直的政权。新领袖应当促进市场经济体系的完善，使之与世界经济相融合。但是，他还需要考虑国内民众希望继承以前的社会主义制度提供的社会保障的强烈要求。所以，对他而言，社会—自由观念是唯一的选择。将这些观念整合起来的唯一途径就是‘爱国民主主义’意识形态，唯有具备这种意识形态的人才会成为‘后叶利钦’时代俄罗斯的领袖。”
这篇分析文章准确预言了普京这样的领导人的出现，尽管他发表在普京成为国家领袖的七年前。
