组织的合理运行要保证组织行为围绕组织目标运行，使之不偏离方向，同时要保持系统或者组织的可持续发展以及与外部环境的协调性。对于独立学院而言，要保持独立学院的有效运行，必须建立健全运行机制。
第一节 独立学院运行机制内涵与特征
“体制”与“机制”，在实际运用中，人们容易把它们混为一谈，事实上，体制和机制是既有联系又有区别的概念。“机制”一词原意为“机器构造和运转的原理”，后引申为事物内部各要素之间相互作用、相互影响的运转方式。
而“体制”则为“国家机关、企业事业单位在机构设置、领导隶属关系和管理权限划分方面的体系、制度、方法、形式等的总称”。就功能而言，两者具有很强的相关性，无论是体制还是机制，都是为实现组织整体功能和目标服务的；体制是组织功能的机构静态体现，机制是组织功能实现过程的规则性动态体现。体制是有形的，机制是无形的。也就是说，体制是机制的载体，机制是体制的内涵，是体制的游戏规则和运行软件。
一、独立学院运行机制内涵
（一）概念界定
在教育范畴内，对运行机制的概念和内涵，往往都是以大学或者高等学校为研究对象。不同的学者对“运行机制”有不同的解释。如有人认为，高等学校运行机制是“参与高等学校内部运行的各要素相互作用的根本活动程序方式和相应的规范、制度”；又有人认为，“运行机制反映出来的就是高校这一整体教学各要素在发挥作用过程中相互联系、相互作用、相互制约的动态状况”；还有人认为，“运行机制是影响高校运行的内部和外部的多种构成要素之间的相互联系和作用的关系及运转方式”。
虽然不同学者对高校运行机制的认识不尽相同，但总体上可以将高校运行机制界定为：高校为实现其管理目标而与外部环境之间以及参与内部运行各要素相互作用的关系和相互协调的运转方式。
对独立学院而言，其运行机制的内涵可以理解如下：首先，从参与独立学院运行的要素看，其管理与普通高校相比更加复杂，它既具有普通高校的一般办学属性，又具有自身办学的特殊属性，它存在投资者和举办者两个办学主体。因此，独立学院运行机制的参与主体应该包括政府及其教育主管部门、母体高校和资本投资者、独立学院管理者和独立学院内部各类组织、群体和个人。其次，从要素联系的角度看，独立学院运行机制主要将涉及政府如何管理独立学院，母体高校、资本投资者与独立学院保持何种关系，独立学院管理者选择何种管理理念和管理方式，其内部各要素保持怎样的动态联系等。
（二）层次分类
根据运行机制所要实现的目标，可以将独立学院运行机制分为三种子机制：一是决策监督机制。决策机制是确保独立学院生存及发展的重要机制，是独立学院实现决策科学化和民主化的根本保障；监督机制是制约主体行为的一种机制，包括了管理者对师生员工的约束，实现有效管理；校内外各方力量对管理的参与，实现民主监督，也包括对管理活动的纠偏等。二是内在动力机制。它是独立学院通过动力要素的优化组合，激发独立学院内部积极性的机制，主要包括人才竞争机制、分配机制和激励机制。三是发展适应机制。发展适应机制是独立学院可持续发展的需要，是独立学院依靠自身力量，不断适应市场变化和环境要求，提高竞争力的运行过程，主要包括经费管理机制、产学研合作机制。
二、独立学院运行机制的特点
（一）民办公扶，市场调节
长期以来，我国政府一直扮演着高等教育资源管理者及供给者的双重角色，有限的资源使我国高等教育发展相对缓慢。独立学院采取普通高校与社会力量共同举办，由合作方承担或通过民办机制筹措经费的方式办学，正是顺应了我国高等教育大众化的发展趋势，成为高等教育体系中一支重要的补充力量。
“民办”特点在独立学院运转过程中十分明显。一是它的运行必须遵守市场法则，即要遵守供求关系和价值规律，通过自由竞争及优化资源配置来获得最大的效益。独立学院的生源、专业设置、培养模式、毕业生就业和运转经费均受到市场的影响，在经济规律的调节下，独立学院对内部资源不断进行优化配置。如浙江大学宁波理工学院根据区域特点和市场需求的情况，确定了“应用型、复合型、外向型”的人才培养目标，围绕增强毕业生的实际动手能力和社会适应能力对教学模式、教学计划等进行多次修改和完善，近几年毕业的学生得到了市场的认可，取得了一定成果。
独立学院不是纯粹的“民办”，它还有“公扶”的特点。独立学院可以利用母体声誉、知名度等无形资产和品牌资源，产生较高的社会认同度；可以利用母体的师资、学科建设和实验设施等教育资源，共享母体高校的富余资源，与母体高校统筹规划，能够更有效地配置教育资源；可以利用母体高校丰富的教育经验和管理经验，在区域立足并服务区域社会发展。“依托母体”正是独立学院与其他民办高校的本质区别。
（二）政府宏观管理，社会力量广泛参与
从原有的“多而杂”的形态到现在“相对规范”的独立学院运行局面，这是政府宏观调控的结果。独立学院在创立和发展运行过程中不可避免要走许多弯路或者有部分不合规范的现象，无论是从加强管理，还是从提高教育质量的角度，政府的宏观管理必不可少。政府的宏观管理主要体现在：通过培育和完善高等教育市场，制定相关政策，对独立学院办学进行政策引导和调控；加强对独立学院办学的检查和评估，防止短期行为等；在管理上以地方政府为主，并且大力引导独立学院与区域经济发展密切结合，基本形成国家主管部门宏观控制、地方政府分级分权管理相结合，协调配套相统一的政府宏观管理的运行特点。
在政府加强宏观管理的同时，许多独立学院成立了由母体高校、资本投资方等多方力量共同参加的学校管理机构、董事会、理事会以及其他形式的组织制度，共商办学大事，解决重要问题。独立学院还积极融入区域，开展与地方经济结合的科研和人才培养工作，吸引更多的社会力量关注独立学院，并参与到独立学院的管理中来。如有些学院就专门成立专业建设指导委员会，积极吸纳政府官员、企业家和各行各业的专家作为委员，直接参与学院教学计划的制订和专业建设工作，以实现独立学院应用型人才培养与社会的“无缝接轨”。
（三）自主办学，独立运行
独立学院是独立的法人机构，具有自主办学权，在运行机制上体现出了“独立运行”的特点。独立学院在国家法规范围内，有权自主地管理学校内部的各项工作。在招生、专业和课程调整、机构设置、干部配备、教师聘任、经费使用、薪酬分配、对外联系与合作，以及技术开发与推广、社会服务等方面，都享有充分的自主权。与一般的公立高校相比，独立学院在办学经费使用权、自由资产拥有和处置权、人员聘任和使用权、报酬分配权以及自主的教学组织等方面则拥有更多的自主权。独立学院应充分行使自己的权利，积极推进内部管理体制改革，建立起主动适应经济建设和社会发展需要的运行机制。
在管理主体多元的情况下，许多人也许认为独立学院“独立运行”机制会受到种种限制。事实上，在政府的宏观管理下，虽然母体高校和资本投资者也参与独立学院的管理，但独立学院的内部事务仍然由独立学院自主处理，其独立运行的机制多数情况下不受影响。
第二节 独立学院的决策监督机制
决策机制是独立学院运行的灵魂，监督机制是独立学院规范运行的保障，受管理主体多元的影响，独立学院的决策监督机制相比普通高校更为复杂，也更具特色。
一、健全独立学院决策机制
（一）我国高校决策机制的历史演变
新中国成立之后，我国高校内部决策经历了一个由经验决策向科学决策、个人集权决策向民主参与决策转变并逐步完善的过程。
新中国成立初期，高校内部决策机制基本上是以行政为主导的个人集权制决策。根据1950年8月教育部发布的《高等学校暂行规程》的规定，全国高校实行校（院）长负责制，校长为学校的最高行政负责人，领导学校的一切事务。该规程对学术人员在学校管理中特别是学术事务管理中的作用未作明确规定，而对行政系统的职位、机构、职责等作了详细规定。1953年5月发布的《关于修订高等学校领导关系的决定》仍然强调对全国高等学校实行统一集中领导，在宏观上又强化了高等学校内部的行政决策权力。
在这一阶段，全国高校完全按上级主管部门下达的指令性计划进行管理，内部决策是以行政为主导的经验决策，内容主要是研究如何落实上级的指示和文件精神，而把学术人员民主参与问题视为影响决策效率的障碍。
改革开放以来，高校内部决策机制开始从经验决策向科学决策、由以行政为主导的个人集权决策向不断重视学术力量的民主化决策机制转变。全国高校在决策过程上形成了几个特点：一是重视重大决策前的调查研究工作，发挥决策前期论证的作用；二是逐步出台各种高等教育法规，高校内部开始注重规章制度的建设和完善，通过规章制度对决策进行约束；三是部分高校逐步设立了学术委员会和其他各专门委员会，为学校决策提供咨询参谋意见，发挥了学术力量的作用。
进入20世纪90年代，高校内部更加注重科学决策系统及决策组织的建设，更加注重学术权力在决策中的作用，许多专家教授参与了高校的决策咨询机构，为学校发展提供参谋；更加注重落实民主参与决策，在吸收校内人士参与的同时，引入社会参与的制度，以董事会方式参与决策的情况开始出现。
我国高校内部决策机制的基本演变为独立学院提供了一个方向性的指引，有一定的实践指导意义。
（二）独立学院决策机制的现状
独立学院在决策机构设置和重大事项决策时，一般会涉及举办主体和管理主体等多方因素；同时，由于按民办机制运行，独立学院也非常重视学生这个“消费群体”的意见，这些都为良好决策机制的形成奠定了基础。然而并非所有的独立学院决策机制都十分完美。在实际运行过程中，有些独立学院在决策时，经验和非制度化的现象较为严重，没有专门的议事制度和规范的议事程序，相应的决策制衡和监督体系也不完善，等等。原本董（理）事会制度的实施可以解决上述问题，但由于目前独立学院的董（理）事会制度尚处于新建阶段，其运行时间不长，很多制度还不完善，董（理）事会在参与管理过程中错位、越位等情况时有发生，造成了决策机制不.；有些独立学院十分注重决策参与的广度，但强调教师、学生及社会参与决策的形式大于内容，对决策没有实质影响，反而影响了决策的效率。这些问题都需要在独立学院的办学实践中逐步完善。
（三）独立学院决策机制的完善
1．树立科学民主的决策理念
首先决策要科学，避免片面性和主观性。独立学院一方面要成立董（理）事会，严格按照教育部《办法》的要求完善董（理）事会制度，同时，成立一些行业和企业人士参与的“决策咨询委员会”，发挥专家在独立学院的发展规划、培养目标和规格、招生和就业或者其他专门性事务等方面的作用。
其次，决策要民主。要不断完善和拓展民主参与决策的途径与渠道，鼓励和组织独立学院内部各个层次的人员参与行政事务的管理与决策，特别是通过政务公开，确保各层次人员对独立学院各项决策具有知情权与监督权。
2．规范决策程序和议事制度
建立董（理）事会等决策机构，以确保办学的多元主体参与到独立学院的决策中来。然而，仅仅设置相关机构还不行，还需要建立制度对决策的内容、方式、权责进行明确的界定并提供保障。如制定独立学院章程，明确各方在决策中所起到作用、职责分工和决策的程序；可以视实际情况建立“院长办公会议制度”、“院务会议规则”、“学术委员会议事规则”、“党政联席会议制度”等议事决策制度，按制度和程序，决策、部署各自权限和职责范围内的工作，形成高效有序的议事体系。
3．建立.通的决策信息渠道
高校的任何决策都与广大师生员工的切身利益密切相关。为此，决策的信息要通过一定的渠道传递给利益相关者，确保信息的公开、透明。一是要建立健全工会、教代会、团代会、学代会等基层组织，定期召开会议，广泛征求意见，提供决策咨询；二是独立学院领导要深入基层展开调查研究，搜集资料信息，设立领导接待日，了解群众的呼声；三是及时跟踪和吸取社会信息，实现与市场的合理沟通，不断适应市场需求。
二、完善独立学院监督机制
监督机制是保障独立学院正常运行的重要机制。独立学院是按民办机制运行的新建院校，在追求办学效益的过程中，容易在招生、教学、日常运行过程中出现一些失范行为，需要主管部门加强监督和管理；同时，独立学院的内部管理模式、管理方法均在不断探索中完善，需要校内外力量积极参与管理，实现对独立学院办学的监督，提高管理水平。
