“辛酉政变”以后，载垣、端华、肃顺，以及其他几个政务大臣都被抓起来了，怎么处理呢？按照大逆罪，前三个人应凌迟处死，但是慈禧看到他们的判决以后说，还是对他们宽大一点吧。因为载垣是怡亲王，端华是郑亲王，这两个人都是清朝的所谓“八大铁帽子王”里面的，他们的祖先都曾经是为清王朝立过大功的。慈禧说：“对这两个人，就让他们自尽吧，自杀就完了，给他们一个全尸。”但是对肃顺这个心腹大患慈禧决不放过，说：“这个人要斩立决。”即马上要杀掉，于是把他就弄到菜市口杀掉了。
其他的五个人怎么处理？有一个人叫景寿，景寿是道光皇帝的女婿，那怎么办？原来根据朝中的议定，其他五个人都是革职，把他们发配到新疆去充军。慈禧说：“这个景寿可以革职，但是还保留他的爵位，对于其他的四个人，除了有一个是要发配新疆去充军的以外，另三个人就只是革职就完了。”
后来又有人说，应该查办这八大臣的党羽。在查办党羽的时候，共处理了六个官员、五个太监，都是跟肃顺关系很密切的。所以这次政变一共杀了三个人，处理了十六个人，总共是十九个人。政变从发动到处理完毕，也只有一个月时间。时间之短，也令人吃惊。在古今中外的政变中，恐怕死伤人数算少的了。从这方面看，慈禧因为要稳固政权，做点得民意顺民心的事情也是很有必要的。
慈禧太后上台后不久，确实有着不同常人的手腕和气魄，在统治阶级内部很快就有了颇高的威望。巩固政权比夺取政权要困难得多，走上权力之路的慈禧已经深有体会了。如今她面临的是千疮百孔的政局、纷繁复杂的朝政、瞬息万变的军机、江河日下的形势，只有拿出点成绩才能有底气说话。曾国藩、左宗棠、李鸿章等人都是当时的大英雄，拿到历史上任何时代来说也应该是响当当的。而这些人甘心受她的指挥，足见慈禧知人善用。
历史上对慈禧的评价并不是那么高，她嗜权如命、祸国殃民的形象早已深入人心了，她的功绩怎么都比不上其给社会造成的灾难。
太平天国运动（1851—1864）是清朝后期由农民领导的大规模起义。这一时期显著的变化就是，西方思想快速传到国内，被压迫的农民阶级在洪秀全的领导下，表达了废除旧有封建土地所有制的强烈愿望。这些自然成为封建势力的大患。慈禧在曾国藩的湘军、李鸿章的淮军的帮助下，镇压了太平天国运动。湘军攻破太平天国的首都天京（今南京）的时候，分阶段捕杀，三日之间，杀害太平军将士十余万人，“秦淮河尸首如麻”。
除此之外，还有很多历史遗留问题都是指向慈禧的，例如同治和慈安太后之死。同治是清代皇帝中继位最顺理成章、最没有争议的一个。咸丰皇帝有两个儿子，次子在三岁的时候便夭折了，所以同治成了皇位唯一合法继承人。
同治幼年是一个少不更事的顽童，亲政以后，作为一个青年皇帝，确实是辜负了朝野上下对他的殷切期望。同治的荒淫程度比他父亲咸丰还要厉害。他有许多后妃，却还要常常带上两个心腹太监，换上平民服装，偷偷溜出皇宫，到京师的南城娼妓区去寻花问柳，夜间不回皇宫。显然慈禧对儿子的不成器很不满，这个要强的女人觉得很没面子。
时间一长同治帝病了，御医在治病的过程中发现病情恶化，这可不仅仅是感冒发烧，于是向太后请示。慈禧太后也不正眼看他们说：“这不是天花吗？”御医冒险向慈禧说：“不能这样治，皇上的病不是痘症。”慈禧大怒，御医摘帽磕头，不再多言。1874年，年仅19岁的同治帝重病身亡。慈禧有没有为了保皇家和自己的颜面故意讳疾忌医、不惜牺牲儿子生命、促其早赴黄泉呢？如果真是如此，那么她就间接害死了自己的亲生儿子。
光绪元年（1875年）正月二十日，醇亲王奕之子载湉在太和殿正式继位。从这一天起，年仅5岁的光绪就被慈禧控制在手里，或当做争夺权力的工具，或作为显示威严的权杖。在更多的情况下，则当做她御案上不可缺少的摆设，或是任意玩弄的傀儡。
光绪帝16岁临朝亲政后，50多岁的慈禧表面退居颐和园颐养天年，实则权势依旧，裁决政事一如既往。她一方面处处限制光绪的权力，国家重要大事都要依她的懿旨去办理；一方面又通过自己的侄女——隆裕皇后及亲信太监李连英等人，暗中监视光绪的行踪。
光绪亲政后的第一件大事就是遭遇日本侵略朝鲜，进而侵略中国。光绪帝违背太后之意，决心援朝抗日，但腐败的体制导致战争失败，被迫签订《马关条约》，失地赔款。这虽使他受到重大打击，但也激发了他力图改革、富国强兵的雄心。光绪二十四年（1898年）光绪帝下诏变法，以康有为﹑谭嗣同等人推行新政。但以慈禧太后为首的守旧派反对变法，于是慈禧再次发动政变，光绪被幽禁，康、梁逃亡日本。光绪的政治抱负不能得以实现，日久天长精神更加抑郁，旧病不去，又添新愁。
后来，光绪帝病重到了不可救药的地步，《清宫医案》上说属于“正常死亡”。但不容忽视的是，光绪的整个治疗过程全部掌握在慈禧手中。奕劻是慈禧当时最得力的亲信大臣，主持皇帝治病事宜。任何医生未经批准不得进入瀛台光绪寝宫，所开出的处方也须经奕劻过目，若伪造“脉案”实在是很容易的事。后来慈禧以光绪名义颁发了两道谕旨，一命醇亲王之子溥仪入宫教养，在上书房读书；一授载沣为摄政王。那时慈禧即已预先知道，光绪会死在她的前面。所以唯一可以解释的，就是她本人决定和操纵着光绪的死期。
慈安太后即东宫太后，钮祜禄氏，原是广西右江道穆扬阿的女儿，咸丰在未做皇帝前就与她结成夫妻。慈禧权力欲极重，但1881年年初慈禧由于身患巨疾，朝政一度被慈安太后掌控着。慈禧手下有个太监安德海，平时作恶多端，被慈安除掉了，慈禧丧失了心腹大丢颜面，由此忌恨在心。还有个可能就是慈安与同治帝违背慈禧选后懿旨，这对嗜权如命、颐指气使的慈禧来说无疑是空前的打击，想“办”一个处在她下风的人并不是一件很难的事情。1881年，比慈禧小两岁的慈安暴病身亡，至今仍是清宫史上的未解之谜。
